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- PDB-3sl4: Crystal structure of the catalytic domain of PDE4D2 with compound 10D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sl4
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of PDE4D2 with compound 10D
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
キーワードHydrolase/Inhibitor / catalytic mechanism / cAMP hydrolysis / Hydrolase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / adrenergic receptor signaling pathway / heterocyclic compound binding / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / positive regulation of heart rate / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to cAMP / calcium channel regulator activity / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / scaffold protein binding / G alpha (s) signalling events / nuclear membrane / transmembrane transporter binding / cilium / apical plasma membrane / centrosome / enzyme binding / nucleoplasm / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JN4 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / molrep / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Feil, S.F.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Thiophene inhibitors of PDE4: Crystal structures show a second binding mode at the catalytic domain of PDE4D2.
著者: Nankervis, J.L. / Feil, S.C. / Hancock, N.C. / Zheng, Z. / Ng, H.L. / Morton, C.J. / Holien, J.K. / Ho, P.W. / Frazzetto, M.M. / Jennings, I.G. / Manallack, D.T. / Martin, T.J. / Thompson, P.E. / Parker, M.W.
履歴
登録2011年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
C: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
D: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,44286
ポリマ－166,0964
非ポリマー7,34782
水8,413467
1
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,41724
ポリマ－41,5241
非ポリマー1,89323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,16018
ポリマ－41,5241
非ポリマー1,63617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,09817
ポリマ－41,5241
非ポリマー1,57416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,76727
ポリマ－41,5241
非ポリマー2,24326
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.375, 111.088, 161.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / DPDE3 / PDE43


分子量: 41523.887 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 381-741 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star Rosetta
参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

-
非ポリマー , 8種, 549分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-JN4 / ethenyl 6-(ethenylcarbamoyl)-2-[(phenylacetyl)amino]-4,5,6,7-tetrahydrothieno[2,3-c]pyridine-3-carboxylate


分子量: 411.474 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N3O4S
#8: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 25% (v/v) ethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol, 100 mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日
放射モノクロメーター: K-B pair of biomorph mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 139220 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.974.80.606137761.058199.2
1.97-2.054.80.396137231.05198.8
2.05-2.144.80.273136761.105198.3
2.14-2.254.80.195137811.184198.5
2.25-2.394.80.15137561.22198.7
2.39-2.584.80.119139121.119199.4
2.58-2.8450.09139981.113199.7
2.84-3.255.30.067140541.0551100
3.25-4.095.60.048141870.9511100
4.09-505.30.035143570.841198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: molrep / 解像度: 1.9→32.621 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / FOM work R set: 0.8499 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 6400 5.03 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.1959 127229 90.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.572 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 88.64 Å2 / Biso mean: 32.3233 Å2 / Biso min: 10.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2817 Å2-0 Å20 Å2
2---2.1077 Å2-0 Å2
3---0.826 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10542 0 445 467 11454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00115050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5864085
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9220.30121440.24713348349275
1.922-1.94460.29721780.24393407358577
1.9446-1.96830.30182010.22623541374281
1.9683-1.99330.27281830.22023688387183
1.9933-2.01950.27372140.21313717393185
2.0195-2.04710.26261890.20633763395286
2.0471-2.07640.24041930.20613781397486
2.0764-2.10740.25581790.20373827400686
2.1074-2.14030.22952090.20153841405088
2.1403-2.17540.23911940.20434026422090
2.1754-2.21290.24672170.19883946416390
2.2129-2.25310.2522080.20333912412089
2.2531-2.29640.24832100.20483898410888
2.2964-2.34330.25751860.19623979416590
2.3433-2.39420.22711950.19634037423291
2.3942-2.44990.23372310.20124004423590
2.4499-2.51120.25322420.20164008425091
2.5112-2.5790.25342130.19294073428692
2.579-2.65490.21192410.18544095433693
2.6549-2.74050.21692680.18854117438594
2.7405-2.83840.21842180.18254252447095
2.8384-2.9520.22562220.20284167438994
2.952-3.08630.23762060.19074306451296
3.0863-3.24880.21222360.19874326456297
3.2488-3.45220.23032210.19244395461698
3.4522-3.71840.23062210.18624469469099
3.7184-4.09190.20672520.1774420467299
4.0919-4.68250.18662220.16334484470699
4.6825-5.89380.1892420.194532477499
5.8938-32.6210.20922650.18734470473595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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