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- PDB-3skz: Crystal structure of the 2'- deoxyguanosine riboswitch bound to g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3skz
タイトルCrystal structure of the 2'- deoxyguanosine riboswitch bound to guanosine
要素RNA (68-MER)
キーワードRNA / three-way junction / riboswitch / 2'-deoxy guanosine
機能・相同性GUANOSINE / SUCCINIC ACID / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.605 Å
データ登録者Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural principles of nucleoside selectivity in a 2'-deoxyguanosine riboswitch.
著者: Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A.
履歴
登録2011年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (68-MER)
B: RNA (68-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,56416
ポリマ－44,0382
非ポリマー1,52614
水1267
1
A: RNA (68-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9259
ポリマ－22,0191
非ポリマー9068
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (68-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6397
ポリマ－22,0191
非ポリマー6206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.806, 47.208, 227.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 RNA (68-MER)


分子量: 22018.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcribed RNA

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#2: 化合物 ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン


分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5 / 詳細: in vitro transcribed RNA
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.05 M Na-succinate, ~3.0 M ammonium sulfate, 0.5 mM spermine and 20 mM magnesium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 12208 / Num. obs: 11024 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 1046 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.605→20 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 34.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 520 4.77 %
Rwork0.2194 --
obs0.2221 10910 89.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.61 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.7938 Å20 Å2-0 Å2
2--34.9925 Å2-0 Å2
3----26.1987 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.605→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2908 88 7 3003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d15175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0251657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007141
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6047-2.86610.5271380.3962394X-RAY DIFFRACTION85
2.8661-3.27930.30541130.2592327X-RAY DIFFRACTION82
3.2793-4.12560.23711340.20132626X-RAY DIFFRACTION91
4.1256-20.03360.21331350.16993043X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02410.0231-0.03190.1230.05230.09740.2219-0.1179-0.1122-0.05460.1691-0.216-0.09540.06550.23870.4770.07670.02440.80710.09080.34270.4428-1.391322.4553
20.3478-0.1187-0.43240.04230.14010.5510.05430.1165-0.0948-0.29750.199-0.0725-0.4050.01810.14280.47180.03450.07840.6741-0.03010.36271.4940.769126.6713
30.2746-0.19830.11140.89-0.29490.1165-0.069-0.3583-0.1310.31160.11440.0115-0.24570.05250.58350.2651-0.13030.03920.4763-0.09620.24569.12311.8765-3.9012
40.0025-0.0125-0.01010.22580.16810.12510.1434-0.0286-0.00180.3396-0.028-0.06670.151-0.23590.13160.3953-0.0581-0.00160.6876-0.06330.2334-4.6414-3.0737-3.3964
50.6503-0.41280.24672.07960.55980.37880.1336-0.02290.1209-0.25820.0597-0.335-0.11730.12720.21530.4789-0.06750.08720.48920.22380.45611.28150.523-68.6889
60.0179-0.1051-0.06510.64230.40650.25920.0939-0.09430.12070.18880.0154-0.25540.1711-0.01010.1950.2434-0.1007-0.0390.42310.18720.30132.35-0.8187-72.7823
70.23940.25630.16640.42230.10510.1571-0.096-0.03750.1692-0.22470.25610.2113-0.222-0.08040.2280.15170.0581-0.02140.1444-0.03070.18649.597-3.0693-41.9137
80.0559-0.0592-0.00080.11620.01860.059-0.0623-0.2075-0.00470.00080.1557-0.10410.0115-0.07460.14120.09210.1090.21130.8398-0.07420.0867-4.56341.211-42.1991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:30)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 81:89)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 31:47)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 61:80)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 22:30)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 81:89)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 31:47)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain X and resid 61:80)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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