PDB-3sky: 2.1A crystal structure of the phosphate bound ATP binding domain ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sky

タイトル

2.1A crystal structure of the phosphate bound ATP binding domain of Archaeoglobus fulgidus COPB

要素

Copper-exporting P-type ATPase B

キーワード

HYDROLASE / P1B-ATPase / ATP binding domain / copper(II) transporter / membrane protein / AMPPNP / phosphate ion

機能・相同性

機能・相同性情報

P-type Cu2+ transporter / P-type divalent copper transporter activity / copper ion homeostasis / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Jayakanthan, S. / Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Arguello, J.M. / McEvoy, M.M.

引用

ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2012
タイトル: Conformations of the apo-, substrate-bound and phosphate-bound ATP-binding domain of the Cu(II) ATPase CopB illustrate coupling of domain movement to the catalytic cycle.
著者: Jayakanthan, S. / Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Arguello, J.M. / McEvoy, M.M.

履歴

登録	2011年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sky.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sky.ent.gz	94.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3sky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3sky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3skxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3skx-d 1k68-d 3ohw-d 6cke-1 7jw3-3 3lb2-2 1bu5-d 1lzs-d 1ilr-d 7a9y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (9) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (8) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-exporting P-type ATPase B

ヘテロ分子

30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.761, 62.909, 106.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Copper-exporting P-type ATPase B 分子量: 30138.318 Da / 分子数: 1 / 断片: ATP binding domain (UNP residues 372-636) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_0152, copB / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O30085, Cu2+-exporting ATPase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M CH3COONH4, 0.1 M Tris pH 8.5, 25 % w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月7日
放射	プロトコル: MAR325 / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→106.54 Å / Num. all: 14659 / Num. obs: 14659 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.81 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 6.69 % / R_merge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
Starting	Model	モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
Starting	Model	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→106.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 12.918 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2641	734	5 %	RANDOM
R_work	0.21427	-	-	-
obs	0.21673	13824	98.79 %	-
all	-	14659	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.795 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→106.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1977	0	18	92	2087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.284	1.979	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.985	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.947	24.565	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.942	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.378	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.65	1.5	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.149	1.5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.173	2	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.88	3	751
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.114	4.5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	58	-
R_work	0.274	952	-
obs	-	-	96.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0315	0.6145	2.3102	1.1736	0.5703	3.8786	0.2926	0.0196	-0.322	0.0114	-0.059	0.0109	0.2754	-0.1576	-0.2336	0.1617	0.0117	-0.0039	0.0725	-0.0175	0.0842	43.2038	10.7277	70.7485
2	4.2808	-1.4225	0.6342	6.6615	1.3717	4.5601	0.3019	-0.198	-0.1562	0.6237	-0.0758	0.0807	0.5678	-0.2181	-0.2261	0.2711	-0.0728	-0.0546	0.0664	0.0586	0.0988	56.2673	4.8043	89.3959
3	0.4314	1.961	0.219	5.8964	-0.0272	9.6228	0.3332	-0.1713	-0.0598	0.9506	-0.0334	-0.0856	0.2835	-0.1567	-0.2998	0.3793	-0.077	-0.0338	0.4268	0.0338	0.1623	58.7097	8.733	99.5714
4	18.2029	-4.5171	-4.7389	6.2085	-6.4787	19.415	0.52	-3.4008	5.1239	0.9252	1.2281	-1.3894	-2.2708	0.6317	-1.7481	0.4928	-0.0117	0.0381	0.7619	-0.815	1.2744	57.1475	24.9816	93.5559
5	5.6798	-2.2842	6.0514	2.3898	-3.8417	9.1354	-0.1168	-0.2315	0.5894	0.2708	-0.1518	0.0469	-0.2649	-0.1574	0.2686	0.1922	-0.0133	0.0005	0.1239	-0.0121	0.1555	56.8244	19.3304	88.0155
6	1.0075	1.2651	2.9292	1.0162	2.6746	6.3277	0.3148	0.2612	-0.3189	0.2631	0.2062	-0.2666	0.4219	0.4185	-0.5211	0.3697	0.0845	-0.093	0.2833	-0.0392	0.313	51.3084	10.6842	78.2584
7	1.967	0.4122	1.0599	2.3818	1.9004	5.9962	-0.1007	0.1513	0.0308	-0.1034	0.0903	-0.17	-0.0924	0.3676	0.0104	0.1076	-0.0124	0.0121	0.0908	0.0073	0.0427	42.2568	17.0587	66.533
8	1.5665	0.3325	-0.7539	3.6757	1.2483	3.8198	0.0464	0.066	0.159	-0.0998	-0.11	0.3069	-0.4304	-0.3003	0.0637	0.1334	0.0323	-0.0216	0.1426	-0.0143	0.0823	32.3748	19.1642	68.1287
9	5.7427	-1.8464	2.2174	12.8433	-1.2717	5.3773	-0.043	-0.4387	-0.461	0.4081	0.0016	0.8021	0.5001	-0.8421	0.0414	0.1406	-0.1246	0.0628	0.2836	-0.0512	0.1746	27.1458	4.8748	67.8916
10	0.562	-0.674	0.1496	3.8843	2.2895	3.0187	0.1266	0.0066	-0.0637	-0.1296	-0.16	0.041	0.309	0.0478	0.0335	0.1893	-0.0148	0.0201	0.1565	-0.047	0.0857	35.5548	3.4418	56.5374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	375 - 410
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	411 - 441
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	442 - 473
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	474 - 486
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	487 - 505
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	506 - 519
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	520 - 548
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	549 - 585
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	586 - 613
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	614 - 635

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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