PDB-3skb: Structural characterization of a GII.4 2004 norovirus variant (TCH05)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3skb

タイトル

Structural characterization of a GII.4 2004 norovirus variant (TCH05)

要素

Capsid

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRAL CAPSID PROTEIN / HBGA / P-domain Norovirus

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII.4/2004/NL (ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.22 Å

データ登録者

Shanker, S. / Choi, J.-M. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.V.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Histo-Blood Group Antigen Binding Specificity in a Norovirus GII.4 Epidemic Variant: Implications for Epochal Evolution.
著者: Shanker, S. / Choi, J.M. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2011年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3skb.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3skb.ent.gz	957.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3skb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sejC 3sjpC 3sldSC 3slnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sld-4 3sld-2 4x07-d 5kon-d 5iyr-d 4x0c-d 3sld-3 4wzt-d 2obt-1 5iyw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid

B: Capsid

C: Capsid

D: Capsid

E: Capsid

F: Capsid

G: Capsid

H: Capsid

I: Capsid

J: Capsid

343 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Capsid

E: Capsid

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Capsid

F: Capsid

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Capsid

H: Capsid

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Capsid

G: Capsid

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Capsid

ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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6

J: Capsid

ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	243.910, 339.120, 125.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
2	1	1	chain B and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
3	1	1	chain C and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
4	1	1	chain D and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
5	1	1	chain E and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
6	1	1	chain F and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
7	1	1	chain G and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
8	1	1	chain H and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
9	1	1	chain I and (resseq 224:337 or resseq 347:389 or resseq 400:439 or resseq 448:531 )
10	1	1	chain J and (resseq 224:337 or resseq 347:369 or resseq...

#1: タンパク質	Capsid 分子量: 34331.117 Da / 分子数: 10 / 断片: Protruding Domain (UNP Residues 221-531) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/2004/NL (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EGK8
配列の詳細	THESE MUTATIONS ARE STRAIN SPECIFIC AS UNP DOES NOT HAVE THE STRAIN SPECIFIC SEQUENCE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.36 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Sodium citrate, 0.1M HEPES and 20% Isoproponol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.22→27.566 Å / Num. all: 82797 / Num. obs: 79184 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 3.22→3.39 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 11398 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SLD

3sld

解像度: 3.22→27.566 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2447	3953	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2008	-	-	-
obs	0.203	79168	94.28 %	-
all	-	79174	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 20.001 Å² / k_sol: 0.309 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-21.6844 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-23.9384 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-20.7693 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.22→27.566 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23592	0	0	0	23592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	24300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.318	33259
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.275	8659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	3701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4412

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2190	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2190	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	3	C	2190	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	4	D	2188	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	5	E	2190	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
1	6	F	2190	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
1	7	G	2190	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	8	H	2190	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	9	I	2179	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	10	J	2126	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.22-3.2592	0.3408	144	0.2958	2697	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2592-3.3004	0.3497	161	0.2839	2625	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3004-3.3438	0.3263	118	0.2584	2601	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3438-3.3895	0.3529	132	0.2638	2642	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3895-3.4378	0.2888	128	0.2527	2610	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4378-3.489	0.3339	134	0.2494	2620	X-RAY DIFFRACTION	92
3.489-3.5435	0.275	132	0.2399	2610	X-RAY DIFFRACTION	92
3.5435-3.6014	0.2683	127	0.238	2629	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6014-3.6634	0.2954	152	0.2366	2600	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6634-3.7299	0.3196	139	0.2356	2582	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7299-3.8014	0.2687	135	0.2167	2643	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8014-3.8788	0.29	135	0.2113	2593	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8788-3.9629	0.2752	138	0.2025	2580	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9629-4.0548	0.2413	117	0.1964	2676	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0548-4.1559	0.2336	158	0.1855	2615	X-RAY DIFFRACTION	93
4.1559-4.2679	0.2244	138	0.1731	2642	X-RAY DIFFRACTION	93
4.2679-4.393	0.1781	137	0.1628	2644	X-RAY DIFFRACTION	94
4.393-4.5341	0.192	147	0.1476	2643	X-RAY DIFFRACTION	93
4.5341-4.6954	0.203	147	0.1515	2639	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6954-4.8825	0.1564	155	0.1541	2677	X-RAY DIFFRACTION	94
4.8825-5.1033	0.2073	157	0.1679	2693	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1033-5.3705	0.1939	139	0.1663	2721	X-RAY DIFFRACTION	95
5.3705-5.7042	0.2085	138	0.1776	2774	X-RAY DIFFRACTION	96
5.7042-6.1402	0.2279	142	0.1833	2819	X-RAY DIFFRACTION	98
6.1402-6.7498	0.2142	168	0.1716	2817	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7498-7.7078	0.1907	126	0.1682	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7078-9.6415	0.1902	139	0.1725	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
9.6415-27.5668	0.2495	170	0.2235	2961	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0669	-0.0947	0.0178	0.1318	-0.0288	0.0696	0.0625	0.0016	-0.0164	0.0266	0.0648	0.0091	0.0153	-0.0063	0.2738	0.0222	0.0599	-0.0539	-0.019	0.0978	0.1484	79.784	-27.5188	-5.8684
2	0.0894	-0.0181	0.019	0.0264	-0.029	0.1035	0.0381	0.0319	-0.0326	-0.0116	-0.0048	0.0601	-0.035	-0.0218	0.0688	0.1202	0.0468	-0.0431	0.1904	0.0493	0.1172	62.855	-46.8132	-11.6588
3	0.0046	-0.0319	0.0055	0.0489	0.0018	0.0055	-0.0107	0.0358	-0.0424	-0.042	-0.027	0.0424	-0.0237	-0.0309	-0.0622	-0.0047	0.0531	-0.2021	0.0058	0.0561	0.0979	67.4954	-45.5646	-14.4212
4	0.0131	-0.0726	0.0043	0.1065	-0.0233	0.0378	0.0335	0.0004	0.0424	-0.0142	0.0057	-0.0313	-0.0507	-0.0174	0.1827	0.0409	0.0963	-0.0423	-0.0921	0.103	0.1803	78.7358	-25.8146	-11.4915
5	0.008	0.0069	-0.007	0.0073	-0.0112	0.0488	-0.0123	0.0024	-0.0132	-0.0273	-0.0036	-0.0226	0.0114	0.047	-0.0546	0.0693	0.0079	0.0666	0.0973	0.0886	0.1598	88.3659	-15.8498	-8.4822
6	0.0145	0.0157	0.0015	0.027	-0.0079	0.0178	-0.0597	0.0263	-0.0537	-0.0766	0.0409	-0.0191	-0.0001	0.0579	0.0461	0.1443	0.0071	0.0235	0.168	0.0579	0.2002	87.7204	-10.806	-0.4978
7	0.0924	0.0422	0.0737	0.0652	-0.0234	0.1156	0.009	-0.1012	0.0318	-0.0018	-0.0119	0.0091	0.109	-0.0219	-0.0481	0.0367	0.0172	-0.0231	0.0904	0.0047	0.0728	25.4899	-63.8742	-16.1783
8	0.0432	-0.0384	-0.0316	0.0636	-0.0167	0.1	-0.0744	-0.0497	0.0921	0.0541	-0.0125	-0.04	-0.0002	0.0259	-0.2631	0.0883	-0.0017	-0.0346	0.1343	-0.0422	0.1176	39.4001	-52.7021	-5.8593
9	0.1155	-0.0107	-0.0336	0.0279	-0.0384	0.0354	-0.0057	-0.0955	0.1568	0.07	-0.0575	-0.0136	-0.0242	0.0167	-0.1789	-0.1342	-0.0335	-0.1141	0.0688	-0.0578	0.1546	26.019	-58.4354	-6.8485
10	0.1671	-0.0873	-0.0255	0.2423	0.1181	0.0602	0.0452	0.023	-0.0538	-0.0456	0.0033	-0.0432	-0.0115	-0.0002	0.0632	0.1089	0.0219	-0.001	0.0667	0.0126	0.133	13.4143	-74.406	-21.9547
11	0.0073	0.0105	-0.0017	0.02	-0.0013	0.001	-0.0168	0.0122	-0.0099	-0.0366	0.0125	-0.0163	0.0391	0.019	0.0581	0.1549	-0.0111	0.0361	0.1946	0.0647	0.0452	9.8271	-72.8471	-27.259
12	0.0694	0.0299	-0.0553	0.0507	0.0466	0.159	-0.031	0.0264	0.004	-0.0114	-0.041	-0.0618	0.0607	-0.0433	-0.0221	0.0424	-0.0202	0.0847	0.16	0.1163	0.2113	8.0329	-46.3175	-52.6912
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resseq 223:323)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resseq 324:352)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resseq 353:398)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resseq 399:418)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resseq 419:479)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resseq 480:517)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resseq 518:532)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resseq 223:363)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resseq 364:447)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resseq 448:512)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resseq 513:532)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resseq 223:285)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resseq 286:352)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resseq 353:483)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resseq 484:513)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resseq 514:532)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resseq 223:352)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resseq 353:502)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resseq 503:532)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resseq 223:323)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resseq 324:347)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resseq 348:418)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resseq 419:532)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resseq 223:322)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resseq 323:347)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resseq 348:418)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resseq 419:532)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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