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- PDB-3sk0: structure of Rhodococcus rhodochrous haloalkane dehalogenase DhaA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sk0
タイトルstructure of Rhodococcus rhodochrous haloalkane dehalogenase DhaA mutant DhaA12
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / catalytic pentad / alpha/beta-Hydrolase Fold / halide binding / hydrolytic dehalogenation
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Lahoda, M. / Stsiapanava, A. / Mesters, J. / Koudelakova, T. / Damborsky, J. / Kuta-Smatanova, I.
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Dynamics and hydration explain failed functional transformation in dehalogenase design.
著者: Sykora, J. / Brezovsky, J. / Koudelakova, T. / Lahoda, M. / Fortova, A. / Chernovets, T. / Chaloupkova, R. / Stepankova, V. / Prokop, Z. / Smatanova, I.K. / Hof, M. / Damborsky, J.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of haloalkane dehalogenase mutant DhaA12 from Gram-positive bacterium Rhodococcus rhodochrous NCIMB13064
著者: Lahoda, M. / Koudelakova, T. / Stsiapanava, A. / Mesters, J. / Damborsky, J. / Kuta-Smatanova, I.
履歴
登録2011年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32014年6月4日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation_author / software / Item: _citation_author.name / _software.name
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4322
ポリマ－35,3971
非ポリマー351
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.583, 68.689, 84.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 35397.043 Da / 分子数: 1
変異: W138F, 139HHTEVAEEQDH149 insertion, P150A, F152A, G179R, A180V, K183G, C184G, V253A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
遺伝子: dhaA / プラスミド: pAQN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 100 mM MES sodium salt, 20% peg 4000, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→10 Å / Num. obs: 34658 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4241 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345Mosaic CCD 225 mmデータ収集
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FBW

3fbw


解像度: 1.78→10 Å / Num. parameters: 11235 / Num. restraintsaints: 10651 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: CONJUGATE GRADIENT LEAST SQUARES REFINEMENT IN SHELXL 97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1734 -RANDOM
Rwork0.1759 ---
obs0.176 34658 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.188 Å / Luzzati d res low obs: 6.67 Å / Num. disordered residues: 15 / Occupancy sum hydrogen: 2288 / Occupancy sum non hydrogen: 2751
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2480 0 1 270 2751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0231
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.88 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 1734 -
Rwork0.1759 --
obs-34658 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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