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- PDB-3sjp: Structural characterization of a GII.4 2004 norovirus variant (TCH05) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sjp
タイトルStructural characterization of a GII.4 2004 norovirus variant (TCH05)
要素Capsid
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Norovirus Hu/GII.4/2004/NL (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Shanker, S. / Choi, J.-M. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.V.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Histo-Blood Group Antigen Binding Specificity in a Norovirus GII.4 Epidemic Variant: Implications for Epochal Evolution.
著者: Shanker, S. / Choi, J.M. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.
履歴
登録2011年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7898
ポリマ－34,3311
非ポリマー4587
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.001, 72.966, 55.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-83-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Capsid


分子量: 34331.117 Da / 分子数: 1 / 断片: Protruding Domain (UNP Residues 221-531) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/2004/NL (ウイルス)
プラスミド: pMal-C2E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5EGK8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE MUTATIONS ARE STRAIN SPECIFIC AS UNP DOES NOT HAVE THE STRAIN SPECIFIC SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M Zinc Acetate, 0.1M MES, 15% v/v Ethanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.004→50 Å / Num. all: 23706 / Num. obs: 23043 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 19.15
反射 シェル解像度: 2.004→2.04 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OBS

2obs


解像度: 2.004→28.108 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1186 5.16 %
Rwork0.1982 --
obs0.2005 22999 96.81 %
all-22999 -
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.241 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1709 Å20 Å21.3154 Å2
2---1.9401 Å2-0 Å2
3----3.2309 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→28.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2286 0 7 208 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0213211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.988837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.004-2.09520.30411470.23172670X-RAY DIFFRACTION96
2.0952-2.20560.27381430.21582805X-RAY DIFFRACTION100
2.2056-2.34380.3931390.27782720X-RAY DIFFRACTION97
2.3438-2.52460.26121580.20892806X-RAY DIFFRACTION100
2.5246-2.77850.24821550.19272806X-RAY DIFFRACTION100
2.7785-3.18010.24111530.19262781X-RAY DIFFRACTION99
3.1801-4.00470.2141390.18092433X-RAY DIFFRACTION87
4.0047-28.11110.20891520.18472792X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1948-0.05660.08610.3223-0.15210.92340.03370.025-0.0209-0.0067-0.0278-0.0652-0.13020.0727-0.01150.23650.00110.01230.21420.01140.181817.675365.39412.9022
20.6421-0.0875-0.38280.9558-0.07840.58260.1074-0.18540.06840.3513-0.129-0.0526-0.0135-0.1202-0.00840.3367-0.0292-0.04250.28070.01440.239723.217570.6123.7465
30.70581.07110.43381.70760.88470.8950.1707-0.1354-0.18020.2088-0.0788-0.29070.1205-0.0170.93820.16070.0150.00690.10930.04510.087825.255159.083511.0378
40.34220.390.02150.53930.21220.34150.0265-0.063-0.04210.028-0.0617-0.0339-0.02240.04230.00670.25060.00540.01210.23470.00060.187117.20163.0642-7.5627
50.23580.02130.1950.26790.20450.297-0.06390.2793-0.0347-0.20910.0878-0.1252-0.10630.00350.00040.3212-0.00180.04860.2422-0.00950.192819.652260.6604-15.0035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 221:292)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 293:379)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 380:428)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 429:500)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 501:531)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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