PDB-3sj3: Crystal structure of the mutant R160A.Y206F of orotidine 5'-monop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sj3

タイトル

Crystal structure of the mutant R160A.Y206F of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

lyase/lyase inhibitor / tim barrel / lyase-lyase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sj3.cif.gz	110.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sj3.ent.gz	84.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sj3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sj3_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sj3_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3sj3_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	3sj3_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sj3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmrC 3qmsC 3qmtC 3rluC 3rlvC 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nqa-1 3nqc-d 4o8r-1 4o8r-7 4nx5-d 3lv5-d 4fx8-d 3llf-d 3g1h-1 3m47-d 3nqe-d 3rlu-d 3lhy-d 4o8r-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.086, 63.834, 61.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24782.582 Da / 分子数: 2 / 変異: R160A, Y206F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris.HCl. 0.2M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→32.527 Å / Num. all: 111994 / Num. obs: 111994 / % possible obs: 98.38 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3LTP

3ltp

解像度: 1.26→32.527 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1961	5615	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1756	-	-	-
all	0.1766	111994	-	-
obs	0.1766	111994	98.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.443 Å² / k_sol: 0.415 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1059 Å²	-0 Å²	-1.0796 Å²
2-	-	2.4714 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3655 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→32.527 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	44	553	3906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.055	4788
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.573	1380
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	541
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.26-1.2744	0.3924	108	0.3663	2360	X-RAY DIFFRACTION	65
1.2744-1.2894	0.3473	159	0.3333	3429	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2894-1.3051	0.3115	202	0.301	3464	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3051-1.3216	0.2956	192	0.2924	3508	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3216-1.339	0.2758	165	0.2631	3613	X-RAY DIFFRACTION	99
1.339-1.3574	0.2643	184	0.2526	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3574-1.3768	0.267	178	0.2403	3596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3768-1.3973	0.261	167	0.2239	3588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3973-1.4191	0.2436	192	0.2144	3590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4191-1.4424	0.2165	223	0.1923	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4424-1.4673	0.2043	178	0.1881	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4673-1.494	0.1725	199	0.1813	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.494-1.5227	0.1891	196	0.1684	3590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5227-1.5538	0.175	202	0.1697	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5538-1.5876	0.1899	185	0.1704	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5876-1.6245	0.1719	194	0.1601	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6245-1.6651	0.1867	196	0.1637	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6651-1.7101	0.183	190	0.1597	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7101-1.7604	0.1741	171	0.1635	3597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7604-1.8173	0.2177	204	0.1597	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8173-1.8822	0.1734	206	0.1645	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8822-1.9576	0.2007	195	0.1667	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9576-2.0466	0.179	192	0.1654	3628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0466-2.1545	0.1888	196	0.1717	3596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1545-2.2895	0.1846	189	0.1629	3623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2895-2.4662	0.182	212	0.164	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4662-2.7143	0.1968	181	0.1719	3632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-3.1068	0.1992	198	0.1759	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1068-3.9131	0.1742	196	0.156	3631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9131-32.538	0.1869	165	0.1619	3653	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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