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万見
- PDB-3sim: Crystallographic structure analysis of family 18 Chitinase from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sim
タイトルCrystallographic structure analysis of family 18 Chitinase from Crocus vernus
要素Protein, Family 18 Chitinase
キーワードHYDROLASE / Family 18 Plant Chitinase / Tim Barrel / Chitin Binding / Glycosyl Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinase-like / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein, Family 18 Chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Crocus vernus (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Akrem, A. / Iqbal, S. / Buck, F. / Negm, A. / Perbandt, M. / Betzel, C.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystallographic structure analysis of family 18 Chitinase from Crocus vernus
著者: Akrem, A. / Iqbal, S. / Buck, F. / Negm, A. / Perbandt, M. / Betzel, C.
履歴
登録2011年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein, Family 18 Chitinase
B: Protein, Family 18 Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7175
ポリマ－60,4732
非ポリマー2433
水7,314406
1
A: Protein, Family 18 Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3883
ポリマ－30,2371
非ポリマー1512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein, Family 18 Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3292
ポリマ－30,2371
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.270, 37.080, 126.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 275 / Label seq-ID: 1 - 275

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Protein, Family 18 Chitinase


分子量: 30236.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crocus vernus (植物) / 参照: UniProt: G1K3S3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M CHES, 20 % (w/v) PEG 8000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 37995 / Num. obs: 34613 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.012 / Rsym value: 0.012 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1NAR

1nar


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.885 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21347 1831 5 %RANDOM
Rwork0.15537 ---
obs0.15838 34613 95.97 %-
all-37995 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å2-0.65 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4288 0 16 406 4710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.9315927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7285546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3324.603189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90115649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.86159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9461.52729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62624394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62731638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7094.51532
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1093MEDIUM POSITIONAL0.140.5
1008LOOSE POSITIONAL0.495
1093MEDIUM THERMAL1.642
1008LOOSE THERMAL2.2610
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 129 -
Rwork0.155 2522 -
obs--95.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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