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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sim | ||||||
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タイトル | Crystallographic structure analysis of family 18 Chitinase from Crocus vernus | ||||||
要素 | Protein, Family 18 Chitinase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Family 18 Plant Chitinase / Tim Barrel / Chitin Binding / Glycosyl Hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Crocus vernus (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Akrem, A. / Iqbal, S. / Buck, F. / Negm, A. / Perbandt, M. / Betzel, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystallographic structure analysis of family 18 Chitinase from Crocus vernus 著者: Akrem, A. / Iqbal, S. / Buck, F. / Negm, A. / Perbandt, M. / Betzel, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sim.cif.gz | 126 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sim.ent.gz | 97.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sim.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3sim_validation.pdf.gz | 456.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3sim_full_validation.pdf.gz | 465.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3sim_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3sim_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3sim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3sim | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1narS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 275 / Label seq-ID: 1 - 275
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30236.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crocus vernus (植物) / 参照: UniProt: G1K3S3*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M CHES, 20 % (w/v) PEG 8000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8123 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 37995 / Num. obs: 34613 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.012 / Rsym value: 0.012 / Net I/σ(I): 2.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1NAR 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.885 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.881 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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