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万見
- PDB-3shs: Three N-terminal domains of the bacteriophage RB49 Highly Immunog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3shs
タイトルThree N-terminal domains of the bacteriophage RB49 Highly Immunogenic Outer Capsid protein (Hoc)
要素Hoc head outer capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Immunoglobulin-like domain / phage capsid decorative protein / interaction with bacteria / bacterial surface / E.coli surface / virus surface / bacteriophage surface
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hoc head outer capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB49 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散, 3-wavelength data from a Pt derivative / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Fokine, A. / Islam, M.Z. / Zhang, Z. / Bowman, V.D. / Rao, V.B. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the three N-terminal immunoglobulin domains of the highly immunogenic outer capsid protein from a T4-like bacteriophage.
著者: Fokine, A. / Islam, M.Z. / Zhang, Z. / Bowman, V.D. / Rao, V.B. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hoc head outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3902
ポリマ－33,3661
非ポリマー241
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.540, 36.731, 62.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hoc head outer capsid protein


分子量: 33365.621 Da / 分子数: 1
断片: 3 N-terminal Immunoglobulin Domains (UNP residues 1-304)
由来タイプ: 組換発現
詳細: This structure represents the first three of four domains of Hoc from the bacteriophage RB49.
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB49 (ファージ)
遺伝子: hoc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Y442
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 800, 200 mM MgCl, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→27.7 Å / Num. obs: 18095 / % possible obs: 50.87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 23.14
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXAutosolモデル構築
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutosol位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散, 3-wavelength data from a Pt derivative
解像度: 1.951→27.691 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 36.81 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Diffraction data were anisotropic. Resolution of the dataset along the three principle mutually perpendicular directions determined by the vectors a*/|a*| + c*/|c*|; a*/|a*| - c*/|c*|, and b* ...詳細: Diffraction data were anisotropic. Resolution of the dataset along the three principle mutually perpendicular directions determined by the vectors a*/|a*| + c*/|c*|; a*/|a*| - c*/|c*|, and b* was 1.95, 2.8 and 2.7 A, respectively (resolution at which average I/sigma = 2). The data were truncated using an ellipsoid which had its principle axes along these vectors. All reflections which were outside the ellipsoid and had I/sigma(I) < 2.0 were rejected. The structure factors were modified by applying an anisotropic scaling to scale up reflections located in the weak directions of reciprocal space. The components of the B-factor scaling tensor corresponding to the principle axes of the ellipsoid were 0, -60, -35 A2, respectively.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 1766 9.76 %RANDOM
Rwork0.2181 ---
all0.2231 35571 --
obs0.2231 18095 50.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.25 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.254 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.7957 Å20 Å2-5.708 Å2
2---9.2991 Å20 Å2
3----4.9752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.951→27.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2333 0 1 90 2424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1753238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.301840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9511-2.02080.3074480.2334396X-RAY DIFFRACTION13
2.0208-2.10170.3195440.249522X-RAY DIFFRACTION16
2.1017-2.19730.3429750.2819715X-RAY DIFFRACTION23
2.1973-2.31310.4665400.3999383X-RAY DIFFRACTION12
2.3131-2.45790.31761260.3091161X-RAY DIFFRACTION37
2.4579-2.64760.3741630.30611635X-RAY DIFFRACTION51
2.6476-2.91380.36392970.2952716X-RAY DIFFRACTION85
2.9138-3.33480.30753640.25833228X-RAY DIFFRACTION100
3.3348-4.19910.26772500.1972337X-RAY DIFFRACTION72
4.1991-27.69430.19293590.15513236X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5015-0.0119-0.20050.5788-0.0360.2830.0364-0.11320.0217-0.03760.01850.1733-0.06190.00840.03010.1619-0.0112-0.05610.09280.05770.3752-38.973125.5143-55.2805
20.13390.00010.2380.3254-0.11670.5520.0567-0.3923-0.1358-0.01490.04210.12240.07440.0486-0.0530.03510.0001-0.15710.95180.21550.1568-12.752815.4445-28.8754
30.1359-0.1349-0.15970.22360.05010.56630.0485-0.05260.09280.1086-0.0069-0.2658-0.12360.3153-0.0109-0.0091-0.1051-0.04061.3264-0.07660.247415.296325.1913-2.0479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 2:89))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 90:181))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 182:304))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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