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- PDB-3shg: VBHT Fic protein from BARTONELLA SCHOENBUCHENSIS in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3shg
タイトルVBHT Fic protein from BARTONELLA SCHOENBUCHENSIS in complex with VBHA antitoxin
要素
  • VbhA
  • VbhT
キーワードTRANSFERASE/PROTEIN BINDING / AMPylation / adenylylation / toxin-antitoxin complex / Fic fold / AMP transfer / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein adenylylation / AMPylase activity / protein adenylyltransferase / protein adenylylation / regulation of cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Antitoxin VbhA-like / Antitoxin VbhA / Antitoxin VbhA / Antitoxin VbhA-like / Antitoxin VbhA domain superfamily / Bartonella effector protein, BID domain / BID domain of Bartonella effector protein (Bep) / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily ...Antitoxin VbhA-like / Antitoxin VbhA / Antitoxin VbhA / Antitoxin VbhA-like / Antitoxin VbhA domain superfamily / Bartonella effector protein, BID domain / BID domain of Bartonella effector protein (Bep) / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Protein adenylyltransferase VbhT / Antitoxin VbhA
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella schoenbuchensis R1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Goepfert, A. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Adenylylation control by intra- or intermolecular active-site obstruction in Fic proteins.
著者: Engel, P. / Goepfert, A. / Stanger, F.V. / Harms, A. / Schmidt, A. / Schirmer, T. / Dehio, C.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22012年2月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VbhT
B: VbhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6034
ポリマ－31,3032
非ポリマー3002
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.338, 40.371, 73.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-613-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VbhT


分子量: 24168.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: multiple cloning site 2
由来: (組換発現) Bartonella schoenbuchensis R1 (バクテリア)
遺伝子: B11C_100026 / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: E6Z0R3
#2: タンパク質 VbhA


分子量: 7135.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: multiple cloning site 1
由来: (組換発現) Bartonella schoenbuchensis R1 (バクテリア)
遺伝子: B11C_100027 / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: E6Z0R4
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 23% w/v PEG 3350, 0.2M di-ammonium tartrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection数: 155522
反射解像度: 1.5→45.21 Å / Num. obs: 41211 / % possible obs: 96.24 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.77 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 9.0538
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.5-1.582.040.243.119438462274.81
1.58-1.683.450.233.1520236586899.59
1.68-1.794.040.183.93222235499100
1.79-1.944.110.135.01212055160100
1.94-2.124.110.14.9196104774100
2.12-2.374.120.086.94176984291100
2.37-2.744.130.086.97157223806100
2.74-3.354.130.078.46134613257100
3.35-4.744.110.0414103432515100
4.74-45.213.940.0316.595586141999.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.16 2010/01/06データスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
精密化解像度: 1.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.562 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2069 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 41147 95.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.13 Å2 / Biso mean: 22.232 Å2 / Biso min: 7.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å20 Å2-1.23 Å2
2--1.79 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 0 20 227 2380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212201
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2841.962973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9425267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8623.525122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09315388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9381524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1711.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7951.5535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.24122103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4823891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9364.5869
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 92 -
Rwork0.336 1733 -
all-1825 -
obs--58.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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