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万見
- PDB-3shf: Crystal structure of the R265S mutant of full-length murine Apaf-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3shf
タイトルCrystal structure of the R265S mutant of full-length murine Apaf-1
要素Apoptotic peptidase activating factor 1
キーワードAPOPTOSIS / tandem beta-propeller / cytochrome c / adenine nucleotide / procaspase-9 / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / forebrain development / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to transforming growth factor beta stimulus ...Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / forebrain development / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / heat shock protein binding / Neutrophil degranulation / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to nutrient / kidney development / neural tube closure / positive regulation of apoptotic signaling pathway / brain development / ADP binding / neuron apoptotic process / cell differentiation / response to hypoxia / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helical domain of apoptotic protease-activating factors / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #370 / Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC ...Helical domain of apoptotic protease-activating factors / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #370 / Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Death-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / G-protein beta WD-40 repeat / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GAMMA-BUTYROLACTONE / Apoptotic protease-activating factor 1 / Apoptotic protease-activating factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Eschenburg, S. / Reubold, T.F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of full-length Apaf-1: how the death signal is relayed in the mitochondrial pathway of apoptosis.
著者: Reubold, T.F. / Wohlgemuth, S. / Eschenburg, S.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptotic peptidase activating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4594
ポリマ－141,8591
非ポリマー5993
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.880, 111.820, 244.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apoptotic peptidase activating factor 1 / Apaf-1


分子量: 141859.234 Da / 分子数: 1 / 変異: R265S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Sf21 / 遺伝子: Apaf1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A2RRK8, UniProt: O88879*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GBL / GAMMA-BUTYROLACTONE / DIHYDROFURAN-2(3H)-ONE / γ-ブチロラクトン


分子量: 86.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 1.4 M sodium malonate, 4% v/v gamma-butyrolactone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→20 Å / Num. all: 24831 / Num. obs: 24831 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 80.685 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.55-3.80.4434.4437496449999.4
3.8-40.2787.1123414283599.4
4-4.50.14713.3242137510499.7
4.5-50.0822.7326841327699.6
5-60.07723.5730587376299.8
6-80.05134.7324214304199.8
8-100.02564.818514109899.8
10-120.0277.54384950799.8
12-150.0273.74246134298.8
15-200.01974.5145521298.6
200.0267.9490515587.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3sfz

3sfz


解像度: 3.55→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7638 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3046 987 random
Rwork0.2297 --
all-24831 -
obs-24673 -
溶媒の処理Bsol: 55.3858 Å2
原子変位パラメータBiso max: 176.06 Å2 / Biso mean: 108.4566 Å2 / Biso min: 26.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.712 Å20 Å20 Å2
2--32.441 Å20 Å2
3----35.153 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9010 0 39 73 9122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4392
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.492.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param t
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param t
X-RAY DIFFRACTION3lig.par t

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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