PDB-3sg8: Crystal Structure of Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sg8

タイトル

Crystal Structure of Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type IVa Tobramycin Complex

要素

APH(2'')-Id

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Antibiotic resistance enzyme / Transferase / Aminoglycoside / Phosphorylation / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shi, K. / Houston, D.R. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Antibiotic-Bound Complexes of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Highlight the Diversity in Substrate Binding Modes among Aminoglycoside Kinases.
著者: Shi, K. / Houston, D.R. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2011年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sg8.cif.gz	260.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sg8.ent.gz	212.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sg9C 3sgcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dbx-d 3sg9-2 4dta-2 4dfb-2 4dt8-2 5c4l-1 4dt9-1 4dfu-1 4de4-1 5c4k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

72.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.334, 101.479, 73.455
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 35840.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL / トブラマイシン分子量: 467.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₇N₅O₉ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES, 17% PEG4000, 10% glycerol, 5% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→50 Å / Num. all: 57787 / Num. obs: 57440 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.1 % / R_sym value: 0.059
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 5717 / R_sym value: 0.349 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→33.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.41 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24208	2900	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18544	-	-	-
all	0.18828	54791	-	-
obs	0.18828	54440	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	-0.24 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4857	0	66	340	5263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	5114
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.889	1.98	6938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.83	5	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.494	25.097	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.826	15	903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.372	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.193	1.5	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.014	2	4903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.354	3	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.076	4.5	2022

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	187	-
R_work	0.222	4018	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.3874	-0.685	-2.714	8.6814	1.4282	3.559	-0.0558	0.325	0.1048	-0.8011	0.0957	1.1307	0.3046	-0.3171	-0.04	0.1929	-0.0899	-0.135	0.1433	0.0414	0.163	-18.907	8.519	-23.782
2	1.0883	-0.5859	0.4997	1.7798	-0.541	1.0117	0.0298	-0.0105	-0.0238	-0.1604	-0.032	0.2124	0.1904	0.0826	0.0022	0.1608	-0.0142	0.0481	0.1207	0.0163	0.0854	-8.589	11.557	-15.412
3	0.9477	-0.4273	0.2903	1.6749	-0.6184	1.46	-0.0063	-0.1048	-0.0446	-0.0268	-0.0077	-0.165	0.0056	0.0102	0.014	0.1014	0.0192	0.0586	0.1289	0.0177	0.076	0.975	8.653	1.612
4	1.0718	-0.4379	-0.3068	2.8252	0.3833	0.2977	0.0021	-0.0267	0.0335	0.0864	0.0199	-0.4059	-0.0382	-0.0484	-0.0219	0.161	-0.0465	0.0503	0.117	-0.0028	0.1397	-0.633	39.783	0.185
5	1.1482	0.6733	0.1741	3.0548	-0.156	0.662	0.0031	0.0152	0.0444	-0.0168	0.0435	0.0316	-0.0056	-0.0681	-0.0467	0.1169	0.0099	0.0561	0.1314	0.0205	0.0751	-1.695	11.581	-1.805
6	2.4262	-0.3205	0.1456	2.9203	-0.6281	1.2365	-0.0655	-0.2285	0.1971	0.2757	0.0492	-0.1628	-0.1075	-0.0808	0.0163	0.1635	0.0187	0.0084	0.1385	-0.0041	0.0534	1.124	15.498	8.578
7	1.7469	-1.7066	0.9516	4.2493	-1.5529	0.8509	-0.0751	-0.01	0.0087	0.3366	0.1914	0.246	-0.0985	-0.0396	-0.1163	0.1382	-0.0106	0.0708	0.1124	0.0118	0.1124	-6.879	30.222	3.053
8	3.2421	0.0962	0.8003	2.2473	0.7417	1.5978	0.0343	-0.1738	0.0169	0.0437	-0.0544	0.1784	-0.0628	-0.1322	0.0201	0.0865	0.0067	0.0309	0.1886	-0.0087	0.0783	-16.562	46.936	-20.531
9	1.5947	-0.0736	-0.3264	0.9004	0.0333	0.514	0.0743	0.0192	-0.0162	0.0126	-0.0044	-0.0201	0.0099	0.0559	-0.0699	0.0939	0.0031	-0.0016	0.1764	-0.0122	0.0676	-4.672	42.656	-24.933
10	0.7468	-0.3668	0.4184	2.5032	-0.6187	2.189	0.0002	0.0389	-0.0093	-0.1876	-0.0482	-0.3046	-0.0798	-0.0832	0.0479	0.0752	-0.0219	0.0646	0.1794	-0.0048	0.0734	10.568	43.822	-37.766
11	2.7781	1.311	0.1843	2.5573	0.8434	0.6856	0.0799	0.0171	-0.1839	0.0676	-0.0014	-0.3433	-0.0664	-0.0438	-0.0785	0.1078	-0.0194	-0.0279	0.1376	-0.0005	0.1178	4.417	13.261	-38.14
12	0.7398	-0.2737	0.0761	3.4339	-0.304	0.8404	-0.0105	0.2429	-0.1364	-0.1029	-0.0213	-0.0917	-0.0226	-0.1536	0.0318	0.0748	-0.0152	0.0372	0.1966	-0.0308	0.0874	6.326	41.583	-35.693
13	3.851	0.4389	0.6003	3.0288	-0.1231	2.1289	0.1018	0.4084	-0.4375	-0.5259	-0.1045	-0.4242	0.1426	-0.0492	0.0028	0.173	-0.0033	0.1143	0.2209	-0.0785	0.146	11.983	37.178	-44.394
14	3.4791	2.1578	0.3096	3.3325	0.6512	0.1867	-0.201	0.2207	-0.0476	-0.4022	0.2332	-0.1213	-0.0993	0.0365	-0.0322	0.1957	0.0245	0.024	0.1516	-0.0078	0.0141	0.686	23.165	-42.541

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	98 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	145 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	190 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	226 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	254 - 298
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 23
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	24 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	98 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	145 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	226 - 253
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	254 - 298

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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