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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sg0 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of an extracellular ligand-binding receptor from Rhodopseudomonas palustris HaA2 | ||||||
要素 | Extracellular ligand-binding receptor | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / ligand-binding | ||||||
機能・相同性 | Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BENZOYL-FORMIC ACID / Extracellular ligand-binding receptor 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.201 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2013 タイトル: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-coumaric acid and related aromatic acids. 著者: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sg0.cif.gz | 170.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sg0.ent.gz | 140.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. It is predicted to be a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41350.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: Rhodopseudomonas palustris, RPB_4630 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q2IR47 |
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#2: 化合物 | ChemComp-173 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.6M Sodium Citrate Tribasic, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→39 Å / Num. all: 134515 / Num. obs: 134515 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 44.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.201→38.625 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 12.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.194 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.201→38.625 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.9011 Å / Origin y: -13.5658 Å / Origin z: -10.0911 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |