PDB-3sg0: The crystal structure of an extracellular ligand-binding receptor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sg0

タイトル

The crystal structure of an extracellular ligand-binding receptor from Rhodopseudomonas palustris HaA2

要素

Extracellular ligand-binding receptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / ligand-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.201 Å

データ登録者

Tan, K. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-coumaric acid and related aromatic acids.
著者: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R.

履歴

登録	2011年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年10月14日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sg0.cif.gz	170.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sg0.ent.gz	140.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sg0_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sg0_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	3sg0_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	3sg0_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rpwC 3tx6C 3uk0C 3ukjC 4dqdC 4eyoC 4eyqC 4f8jC 4fb4C 4i1dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qsm-2 4dqd-d 6d6c-3 1l9e-1 3ix4-4 1adg-d 6cy3-d 3rp8-d 2gb0-2 4fb4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC102212

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Extracellular ligand-binding receptor

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.494, 70.301, 98.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. It is predicted to be a monomer.

#1: タンパク質	Extracellular ligand-binding receptor 分子量: 41350.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: Rhodopseudomonas palustris, RPB_4630 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q2IR47
#2: 化合物	ChemComp-173 / BENZOYL-FORMIC ACID / OXO(PHENYL)ACETIC ACID / フェニルグリオキシル酸分子量: 150.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.6M Sodium Citrate Tribasic, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→39 Å / Num. all: 134515 / Num. obs: 134515 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 44.6
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.201→38.625 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 12.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1616	6639	5.04 %
R_work	0.1496	-	-
obs	0.1502	131748	97.42 %
all	-	131748	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.194 Å² / k_sol: 0.377 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.436 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.0463 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.4823 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.201→38.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2695	0	11	527	3233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2927
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	3991
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.049	1151
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2009-1.2145	0.2926	170	0.2861	3303	X-RAY DIFFRACTION	78
1.2145-1.2288	0.2377	212	0.2708	3756	X-RAY DIFFRACTION	89
1.2288-1.2438	0.2556	199	0.2416	3893	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2438-1.2595	0.2563	211	0.2302	3983	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2595-1.2761	0.2078	227	0.2146	4006	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2761-1.2936	0.2118	208	0.1963	4059	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2936-1.3121	0.1737	200	0.1778	4099	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3121-1.3316	0.1924	228	0.1679	4117	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3316-1.3525	0.1626	240	0.153	4117	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3525-1.3746	0.1446	217	0.1491	4154	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3746-1.3983	0.1484	200	0.1434	4170	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3983-1.4238	0.1583	222	0.1393	4223	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4238-1.4512	0.14	227	0.1283	4181	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4512-1.4808	0.1484	225	0.1306	4170	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4808-1.513	0.1477	223	0.1294	4262	X-RAY DIFFRACTION	99
1.513-1.5482	0.1268	250	0.1275	4191	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5482-1.5869	0.1376	226	0.1254	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5869-1.6298	0.1424	256	0.1252	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6298-1.6777	0.1362	219	0.1269	4260	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6777-1.7319	0.1494	195	0.1271	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7319-1.7938	0.1414	223	0.1361	4282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7938-1.8656	0.1619	229	0.1395	4268	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8656-1.9505	0.1576	233	0.1425	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9505-2.0534	0.1633	204	0.1496	4302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0534-2.182	0.1464	217	0.14	4317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.182-2.3504	0.1758	231	0.1414	4326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3504-2.5869	0.1661	228	0.1519	4337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5869-2.9612	0.1771	237	0.1638	4350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9612-3.7303	0.1454	243	0.1464	4396	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7303-38.6447	0.1623	239	0.1487	4501	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.9011 Å / Origin y: -13.5658 Å / Origin z: -10.0911 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0688 Å²	-0.0073 Å²	-0.0004 Å²	-	0.0778 Å²	0.0039 Å²	-	-	0.0726 Å²
L	0.4681 °²	-0.1177 °²	-0.2564 °²	-	0.4676 °²	0.1044 °²	-	-	0.4874 °²
S	0.0307 Å °	0.0303 Å °	0.0208 Å °	-0.0024 Å °	-0.012 Å °	0.009 Å °	-0.0263 Å °	-0.0072 Å °	-0.0095 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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