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万見
- PDB-3sfm: Novel crystallization conditions for tandem variant R67 DHFR yiel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sfm
タイトルNovel crystallization conditions for tandem variant R67 DHFR yields wild-type crystal structure
要素Dihydrofolate reductase type 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / dihydrofolate reductase / antibiotic resistance / in situ proteolysis / type II DHFR / SH3 / reductase / DHF and NADPH-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methotrexate / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase, type II / R67 dihydrofolate reductase / SH3 type barrels. - #60 / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / Electron transport accessory-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrofolate reductase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Yachnin, B.J. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Novel crystallization conditions for tandem variant R67 DHFR yield a wild-type crystal structure.
著者: Yachnin, B.J. / Colin, D.Y. / Volpato, J.P. / Ebert, M. / Pelletier, J.N. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2011年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0884
ポリマ－6,7341
非ポリマー3553
水1,06359
1
A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,35216
ポリマ－26,9344
非ポリマー1,41812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.691, 67.691, 51.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase type 2 / Dihydrofolate reductase type II


分子量: 6733.513 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 21-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dfrB / プラスミド: pQE-32-derived / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pRep4) / 参照: UniProt: P00383, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FULL LENGTH OF THE EXPRESSED PROTEIN (TOTAL OF 171 residues: ...THE FULL LENGTH OF THE EXPRESSED PROTEIN (TOTAL OF 171 residues: MRGSHHHHHHGIHMERSSNEVSNPVAGNFVFPSDATFGMGDRVRKKSGAAWQGQIVGWYCTNLTPEGYAVESEAHPGSINSFPVAALERINELMERSSNEVSNPVAGNFVFPSDATFGMGDRVRKKSGAAWQGQIVGWYCTNLTPEGYAVESEAHPGSVQIYPVAALERIN) WAS CRYSTALLIZED USING IN SITU PROTEOLYSIS WITH CHYMOTRYPSIN. THIS PROCESS INVOLVES THE DEGRADATION OF THE N-TERMINAL 109 RESIDUES OF THE PROTEIN, LEAVING ONLY THE C-TERMINAL 62 RESIDUES WHICH CORRESPOND TO THE DATE BASE REFERENCE SEQUENCE RESIDUE NUMBERING OF 17-78.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M sodium phosphate, 55% MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月16日 / 詳細: Osmic Confocal Blue
放射モノクロメーター: Rotating copper anode (1.5418) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 12169 / Num. obs: 12169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.8 % / Biso Wilson estimate: 16.788 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique all: 802 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
StructureStudioデータ収集
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 2RH2

2rh2


解像度: 1.4→23.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.218 / SU ML: 0.023 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16387 626 5.1 %RANDOM
Rwork0.14445 ---
all0.14548 11533 --
obs0.14548 11533 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.816 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数443 0 24 59 526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.022507
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9171.948694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.923559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.84923.33324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.8131576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.046154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2981.5292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4122472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8723215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.924.5221
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.5133507
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.565 42 -
Rwork0.525 826 -
obs-868 98.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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