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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sfj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Tax-Interacting Protein-1 (TIP-1) PDZ domain bound to iCAL36 inhibitor peptide | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / PDZ:peptide complex / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() embryo development / negative regulation of protein localization to cell surface / receptor localization to synapse / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / receptor clustering / Rho protein signal transduction / postsynaptic density membrane ...embryo development / negative regulation of protein localization to cell surface / receptor localization to synapse / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / receptor clustering / Rho protein signal transduction / postsynaptic density membrane / neuromuscular junction / fibrillar center / beta-catenin binding / Wnt signaling pathway / cell-cell adhesion / actin cytoskeleton / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / neuron projection / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amacher, J.F. / Madden, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A CAL Inhibitor with Single-PDZ Specificity Rescues deltaF508-CFTR 著者: Cushing, P.R. / Vouilleme, L. / Amacher, J.F. / Boisguerin, P. / Madden, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11575.151 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain (UNP residues 10-112) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1145.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 36% w/v PEG1000, 0.1 M ammonium thiocyanate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.24→65.687 Å / Num. all: 66313 / Num. obs: 60547 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 27.63 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3DIW 解像度: 1.24→19.108 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 22.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.907 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→19.108 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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