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- PDB-3sdx: Crystal structure of human autoreactive-Valpha24 NKT TCR in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sdx
タイトルCrystal structure of human autoreactive-Valpha24 NKT TCR in complex with CD1d-beta-galactosylceramide
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d
  • Beta-2-microglobulin
  • NKT TCR Valpha24 chain
  • NKT TCR autoreactive-Vbeta11 chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1d / autoimmunity / self-recognition / NKT / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion ...lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / beta-2-microglobulin binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / detection of bacterium / cell adhesion molecule binding / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / lysosome / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GCY / T cell receptor alpha chain constant / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Clarke, A.J. / Patel, O. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Recognition of beta-linked self glycolipids mediated by natural killer T cell antigen receptors
著者: Pellicci, D.G. / Clarke, A.J. / Patel, O. / Mallevaey, T. / Beddoe, T. / Le Nours, J. / Uldrich, A.P. / McCluskey, J. / Besra, G.S. / Porcelli, S.A. / Gapin, L. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
E: NKT TCR Valpha24 chain
F: NKT TCR autoreactive-Vbeta11 chain
G: NKT TCR Valpha24 chain
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
D: Beta-2-microglobulin
H: NKT TCR autoreactive-Vbeta11 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,34010
ポリマ－187,7158
非ポリマー1,6252
水1,18966
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
E: NKT TCR Valpha24 chain
F: NKT TCR autoreactive-Vbeta11 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6705
ポリマ－93,8584
非ポリマー8121
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: NKT TCR Valpha24 chain
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
D: Beta-2-microglobulin
H: NKT TCR autoreactive-Vbeta11 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6705
ポリマ－93,8584
非ポリマー8121
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.041, 152.337, 85.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13E
23G
14F
24H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A6 - 280
2111C6 - 280
1121B1 - 97
2121D1 - 97
1131E1 - 203
2131G1 - 203
1141F1 - 247
2141H1 - 247

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d / R3G1


分子量: 31344.336 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, UNP residues 24-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / プラスミド: pFastBac dual / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15813
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pFastBac dual / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 NKT TCR Valpha24 chain


分子量: 22664.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#4: タンパク質 NKT TCR autoreactive-Vbeta11 chain


分子量: 28101.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL

-
非ポリマー , 2種, 68分子

#5: 化合物 ChemComp-GCY / N-[(2S,3R)-1-(beta-D-galactopyranosyloxy)-3-hydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide / beta-Galactosylceramide, Ceramide beta-D-galactoside / 1-O-β-D-ガラクトピラノシル-N-テトラコサノイルスフィンゴシン


分子量: 812.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H93NO8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1M Tris, 0.1M MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 213 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.12→122.77 Å / Num. obs: 46742 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 60.377 Å2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.12→122.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU B: 23.36 / SU ML: 0.405 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2362 5.1 %RANDOM
Rwork0.2319 ---
obs0.234 46742 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.66 Å2 / Biso mean: 61.5591 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.87 Å20 Å2-3.24 Å2
2---3.77 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→122.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12668 0 90 66 12824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02113121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9317869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.00751597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03723.947603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.999152016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7841571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6281.58038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.183212955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07935083
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9624.54913
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2104TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A2104TIGHT THERMAL0.060.5
2B775TIGHT POSITIONAL0.030.05
2B775TIGHT THERMAL0.040.5
3E1482TIGHT POSITIONAL0.040.05
3E1482TIGHT THERMAL0.070.5
4F1865TIGHT POSITIONAL0.040.05
4F1865TIGHT THERMAL0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 3.118→3.199 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 140 -
Rwork0.317 2902 -
all-3042 -
obs--88.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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