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万見
- PDB-3sds: Crystal structure of a mitochondrial ornithine carbamoyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sds
タイトルCrystal structure of a mitochondrial ornithine carbamoyltransferase from Coccidioides immitis
要素Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Valley Fever / Coccidioidomycosis / OTCase / mitochondrial / pathogenic fungus / dust-borne pathogen / Carbamoyl phosphate / L-ornithine / L-citrulline / amino acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process / amino acid binding / mitochondrial matrix
類似検索 - 分子機能
Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Coccidioides immitis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Expression of proteins in Escherichia coli as fusions with maltose-binding protein to rescue non-expressed targets in a high-throughput protein-expression and purification pipeline.
著者: Hewitt, S.N. / Choi, R. / Kelley, A. / Crowther, G.J. / Napuli, A.J. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
B: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
C: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2539
ポリマ－115,0403
非ポリマー2136
水1,15364
1
A: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2539
ポリマ－115,0403
非ポリマー2136
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area35910 Å2
手法PISA
2
B: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2539
ポリマ－115,0403
非ポリマー2136
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area35160 Å2
手法PISA
3
C: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2539
ポリマ－115,0403
非ポリマー2136
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area35730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.360, 150.360, 92.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-351-

CL

21C-351-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 349
2114B1 - 349
3114C1 - 349

-
要素

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase, mitochondrial / Ornithine transcarbamylase / OTCase


分子量: 38346.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coccidioides immitis (菌類) / 株: RS / 遺伝子: CIMG_04084 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL21, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CoimA.01230.a.MB1 PW30353 at 24.3 mg/mL against JCSG+ screen condition B2, 0.2 M PEG 3350, 0.2 M NaSCN with 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 218420b2, pH 7. ...詳細: CoimA.01230.a.MB1 PW30353 at 24.3 mg/mL against JCSG+ screen condition B2, 0.2 M PEG 3350, 0.2 M NaSCN with 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 218420b2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 29879 / Num. obs: 29749 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 59.269 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.8-2.8750.6082.66106512141213999.9
2.87-2.950.5393107112158100
2.95-3.040.473.5102012065100
3.04-3.130.3684.410085203499.9
3.13-3.230.2945.539524190899.9
3.23-3.350.2187.449552193799.9
3.35-3.470.1719.2388551794100
3.47-3.610.13112.1988711791100
3.61-3.780.10615.328273167699.9
3.78-3.960.0819.557941160899.8
3.96-4.170.06523.437697155499.8
4.17-4.430.05129.167086145699.9
4.43-4.730.04333.5666831366100
4.73-5.110.03937.596287129299.9
5.11-5.60.04631.765674118399.8
5.6-6.260.04731.1851621090100
6.26-7.230.03637.46439694799.7
7.23-8.850.02155.843976827100
8.85-12.520.01384.16305764699.8
12.520.01478.77120327872.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52.79 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.86 Å
Translation3 Å19.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.1972 / WRfactor Rwork: 0.1628 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8374 / SU B: 29.288 / SU ML: 0.26 / SU R Cruickshank DPI: 3.5844 / SU Rfree: 0.3399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 1504 5.1 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.1951 29661 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.13 Å2 / Biso mean: 55.2221 Å2 / Biso min: 11.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.1 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6928 0 6 64 6998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.959630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3425932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.22823.611252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.408151063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0311535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4531.54702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85627523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12532360
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8334.52107
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2252 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.330.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.30.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.260.5
1AMEDIUM THERMAL0.452
2BMEDIUM THERMAL0.42
3CMEDIUM THERMAL0.412
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 91 -
Rwork0.255 2019 -
all-2110 -
obs--99.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9187-0.344-0.63721.77220.71471.01540.0611-0.14460.10670.1947-0.08740.0962-0.02680.00850.02630.1392-0.01750.01770.0191-0.01690.016866.3136-20.257938.5702
21.1643-0.9904-0.39992.6480.65751.95990.08270.20160.0002-0.1897-0.1782-0.23350.15260.32420.09560.03830.06650.03680.17850.01810.12621.232-13.152322.6836
32.2404-0.85580.1542.4634-0.73561.5182-0.00020.36420.0532-0.2412-0.04270.23130.019-0.39650.0430.05530.0272-0.02680.2718-0.01560.04450.9785-37.7356-8.6195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 349
2X-RAY DIFFRACTION1A350 - 351
3X-RAY DIFFRACTION1A352 - 379
4X-RAY DIFFRACTION2B17 - 349
5X-RAY DIFFRACTION2B350 - 351
6X-RAY DIFFRACTION2B352 - 365
7X-RAY DIFFRACTION3C18 - 349
8X-RAY DIFFRACTION3C350 - 351
9X-RAY DIFFRACTION3C352 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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