PDB-3sc3: Crystal structure of a Putative DNA replication regulator Hda (Sa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sc3

タイトル

Crystal structure of a Putative DNA replication regulator Hda (Sama_1916) from SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B at 3.00 A resolution

要素

Putative DNA replication regulator Hda

キーワード

HYDROLASE REGULATOR /

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY /

HYDROLASE (加水分解酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation /

DNA複製 /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella amazonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.001 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative DNA replication regulator Hda (Sama_1916) from SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B at 3.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2011年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sc3.cif.gz	178.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sc3.ent.gz	148.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3sc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3sc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bos
類似構造データ	6mxv-d 6qds-1 5o4f-d 6rkk-1 6t5f-2 6gkf-4 6y1d-1 4jy6-2 6c3e-1 6slv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 396931

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative DNA replication regulator Hda

B: Putative DNA replication regulator Hda

ヘテロ分子

51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.440, 162.440, 162.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

詳細

ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Putative DNA replication regulator Hda / Regulatory inactivation of DnaA Hda protein 分子量: 25509.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella amazonensis (バクテリア) 株: SB2B 遺伝子: SAMA_14OCT04_CONTIG53_REVISED_GENE1514, Sama_1916 プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A1S6W5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
配列の詳細	THE CONSTRUCT (RESIDUES 18-241) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 18-241) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.26M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97799

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)

放射

モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97799 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→46.881 Å / Num. obs: 14422 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 91.955 Å² / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 10.68

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.014 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
3-3.17		1.6	16285	2175	99.9
3.17-3.28		2.7	8745	1163	100
3.28-3.41		3.6	9113	1211	100
3.41-3.57		4.9	9140	1222	100
3.57-3.76		7.5	9312	1239	100
3.76-3.99		9.8	8967	1199	100
3.99-4.29		13.1	8984	1200	99.9
4.29-4.72		16.3	9219	1230	100
4.72-5.39		18.2	9077	1218	100
5.39-6.75		17.7	9191	1246	100
	6.75	27.2	9314	1324	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
XSCALE	December 6, 2007	データスケーリング
PHENIX	1.4	精密化
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.001→46.881 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.66 / SU ML: 1.17 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2532	1449	10.06 %
R_work	0.2237	-	-
obs	0.2267	14406	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 83.041 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 199.91 Å² / B_iso mean: 121.4939 Å² / B_iso min: 86.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-29.6512 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-29.6512 Å²	0 Å²
3-	-	-	-29.6512 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.001→46.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3310	0	25	0	3335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.55	4591
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	593
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.668	1255

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
3.001-3.1082	0.384	142	0.331	1269	1411
3.1082-3.2325	0.3507	141	0.3226	1290	1431
3.2325-3.3796	0.3532	146	0.2986	1272	1418
3.3796-3.5576	0.3324	144	0.2832	1281	1425
3.5576-3.7804	0.2739	141	0.2403	1298	1439
3.7804-4.0719	0.2958	144	0.2251	1291	1435
4.0719-4.4811	0.2141	145	0.2084	1281	1426
4.4811-5.1283	0.2322	148	0.1843	1306	1454
5.1283-6.456	0.216	144	0.2096	1316	1460
6.456-38.2906	0.1943	154	0.1799	1353	1507

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.103	0.0296	0.0472	-0.0095	0.0889	0.0233	1.5144	1.5546	-1.2483	-0.8519	-0.081	1.5361	0.1964	-0.6946	-0.0002	2.044	-0.041	0.5256	2.0654	-0.4757	2.4473	40.3695	11.9674	117.971
2	4.9755	-2.445	-0.782	6.7755	-0.6714	5.9025	0.1335	-0.5295	0.4594	0.6432	-0.044	-0.0292	-0.4127	0.0451	0	1.1118	0.0469	-0.092	1.2424	-0.1298	1.2356	60.5264	10.6813	116.9135
3	-0.027	0.0921	0.0773	-0.1401	-0.009	0.0139	-0.2857	0.0089	-1.1875	0.2794	1.683	0.6906	1.0831	-2.5249	0	1.6533	0.1643	-0.2828	2.3319	0.2733	1.7208	39.8913	3.2278	120.2593
4	2.7534	-1.991	-0.789	4.7506	0.9134	4.4168	0.3077	-0.5373	-0.5023	0.4879	0.0453	-0.1312	0.2491	0.0864	-0	1.4733	0.0352	0.1231	1.3581	0.2221	1.401	23.4539	0.2123	107.6912
5	0.1295	0.1149	-0.0697	0.0079	-0.0785	0.1402	-0.1811	-1.0869	0.445	-0.1228	-0.0698	-2.0228	-0.7776	0.2292	-0.0001	1.7112	0.1255	0.0124	1.3271	0.0141	1.9525	34.3426	28.9727	100.7788
6	4.2377	-0.144	2.7663	5.0511	-0.6066	5.7466	-0.0583	-0.4185	0.4881	0.5908	0.1286	0.3744	-0.4097	-0.3926	0	1.1468	0.1063	0.0739	1.0291	-0.0101	1.2708	18.1056	21.1585	97.1512
7	0.0487	-0.1098	0.1071	-0.0964	-0.1666	-0.0594	0.4861	1.1096	-1.3206	-1.307	-0.4221	-0.188	-0.1396	0.8859	0	1.5727	-0.0207	-0.0809	1.3832	0.2286	1.92	39.7281	24.7419	91.0132
8	2.6085	-0.0952	1.3343	5.1331	0.1765	4.0871	0.2495	0.6502	0.3763	-0.1276	-0.1686	0.102	-0.076	-0.065	-0	1.1462	-0.0151	0.1009	1.3187	0.1014	1.2355	57.3607	12.8738	93.1299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 30:35	A	30 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resseq 36:168	A	36 - 168
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resseq 169:175	A	169 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resseq 176:241	A	176 - 241
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resseq 31:38	B	31 - 38
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resseq 39:168	B	39 - 168
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resseq 169:175	B	169 - 175
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resseq 176:241	B	176 - 241

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関連情報:EMDBヘッダ

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