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- PDB-3sbj: MutM slanted complex 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sbj
タイトルMutM slanted complex 7
要素
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*G)-3'
  • 5'-D(P*CP*CP*TP*GP*GP*TP*(CX)P*TP*AP*CP*C)-3'
  • Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA glycosylase / DNA repair / damage search / translocation / disulfide crosslinking / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sung, R.J. / Zhang, M. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Strandwise translocation of a DNA glycosylase on undamaged DNA.
著者: Qi, Y. / Nam, K. / Spong, M.C. / Banerjee, A. / Sung, R.J. / Zhang, M. / Karplus, M. / Verdine, G.L.
履歴
登録2011年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
B: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*G)-3'
C: 5'-D(P*CP*CP*TP*GP*GP*TP*(CX)P*TP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4144
ポリマ－37,3493
非ポリマー651
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.188, 93.541, 104.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Formamidopyrimidine-DNA glycosylase


分子量: 30581.314 Da / 分子数: 1 / 変異: Q166C, V222P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: MUTM / プラスミド: pET24B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PlysS / 参照: UniProt: P84131
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3423.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#3: DNA鎖 5'-D(P*CP*CP*TP*GP*GP*TP*(CX)P*TP*AP*CP*C)-3'


分子量: 3344.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8K, sodium cacodylate, glycerol, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.078→34.2 Å / Num. obs: 26487 / Biso Wilson estimate: 28.97 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1318 / Rsym value: 0.491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→32.685 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8522 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 1197 4.83 %
Rwork0.1979 --
obs0.1998 24779 92.98 %
all-25976 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.069 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 485.32 Å2 / Biso mean: 47.0561 Å2 / Biso min: 12.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5725 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.8346 Å20 Å2
3----4.7379 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1985 451 1 153 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8743629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7321033
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.18410.26131050.21382259236481
2.1841-2.28340.22881200.20532425254587
2.2834-2.40380.2651270.19862525265291
2.4038-2.55440.24161380.19592586272493
2.5544-2.75150.23141360.19832656279295
2.7515-3.02820.24441430.20822693283696
3.0282-3.4660.25611470.19922755290298
3.466-4.36510.21371300.17782791292198
4.3651-32.68850.2131510.19712892304397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1119-0.0995-0.02620.79610.9311.1873-0.0296-0.0690.0371-0.0822-0.13330.0999-0.1119-0.09220.12570.14270.0015-0.01980.1844-0.05240.208313.9728-4.465117.5382
28.5107-2.148-7.60257.7984.25617.5786-0.3076-0.5544-0.01091.5873-0.22091.19610.8695-0.18740.54330.4516-0.16640.12850.5763-0.11740.3274.0713-12.091127.5015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA2 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain CB2 - 12
3X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain CC5 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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