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- PDB-3sao: The Siderocalin Ex-FABP functions through dual ligand specificities -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sao
タイトルThe Siderocalin Ex-FABP functions through dual ligand specificities
要素Extracellular fatty acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Beta-Barrel / Siderophore Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to linoleic acid / stearic acid binding / response to linoleic acid / chondrocyte hypertrophy / linoleic acid binding / oleic acid binding / positive regulation of chondrocyte differentiation / embryo development ending in birth or egg hatching / muscle cell development / arachidonate binding ...cellular response to linoleic acid / stearic acid binding / response to linoleic acid / chondrocyte hypertrophy / linoleic acid binding / oleic acid binding / positive regulation of chondrocyte differentiation / embryo development ending in birth or egg hatching / muscle cell development / arachidonate binding / response to corticosterone / positive regulation of myotube differentiation / chondrocyte differentiation / fatty acid homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / response to cytokine / fatty acid binding / acute-phase response / response to toxic substance / lipid metabolic process / heart development / response to lipopolysaccharide / cell differentiation / cell population proliferation / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID / : / Chem-NKN / Extracellular fatty acid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Correnti, C. / Strong, R.K. / Clifton, M.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Galline Ex-FABP Is an Antibacterial Siderocalin and a Lysophosphatidic Acid Sensor Functioning through Dual Ligand Specificities.
著者: Correnti, C. / Clifton, M.C. / Abergel, R.J. / Allred, B. / Hoette, T.M. / Ruiz, M. / Cancedda, R. / Raymond, K.N. / Descalzi, F. / Strong, R.K.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999Author state that R26A E149A E150A are point mutants they introduced while V74L is a conserved ...Author state that R26A E149A E150A are point mutants they introduced while V74L is a conserved mutation in the gene they worked with.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular fatty acid-binding protein
B: Extracellular fatty acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4647
ポリマ－36,3982
非ポリマー1,0675
水2,414134
1
A: Extracellular fatty acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5812
ポリマ－18,1991
非ポリマー3821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Extracellular fatty acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8835
ポリマ－18,1991
非ポリマー6844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.950, 68.890, 117.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Extracellular fatty acid-binding protein / Ex-FABP / Protein Ch21 / Quiescence-specific protein / p20K


分子量: 18198.789 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: EXFABP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21760

-
非ポリマー , 5種, 139分子

#2: 化合物 ChemComp-NKN / (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate / 14:0 LPA / myristoyl lysophosphatidic acid


分子量: 382.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H35O7P
#3: 化合物 ChemComp-DBH / 2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG 4000, 0.1M Tris, 0.2M sodium acetate, 10% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.68 Å / Num. obs: 27696 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.87 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 11 / Scaling rejects: 1020
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.864.860.4173.31343727301.3594.4
1.86-1.944.870.3253.91334327271.1795.5
1.94-2.034.860.2544.61354127751.0895.6
2.03-2.134.880.1965.91360727720.9895.3
2.13-2.274.880.1547.41353027550.8995
2.27-2.444.820.1249.31358027660.8995.2
2.44-2.694.880.09511.91377827940.8294.7
2.69-3.084.950.07514.71374027680.7294.4
3.08-3.884.890.06618.11372727930.7993
3.88-44.684.840.03930.11371028160.7789.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.3Dデータ削減
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YUP and 1EW3 were superimposed and used as single search model ensemble.

1yup

1ew3


解像度: 1.8→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.962 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2333 1361 4.9 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2037 27646 94.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.3 Å2 / Biso mean: 51.0918 Å2 / Biso min: 32.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2298 0 50 134 2482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9773244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74733925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1045300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.8422.592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91615398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0551518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.86621496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6112600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97632398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3424902
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0446844
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 106 -
Rwork0.231 1888 -
all-1994 -
obs--94.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1254-0.5649-0.25474.37770.31384.2721-0.1160.2136-0.0477-0.3117-0.0031-0.32880.15180.51070.11910.1630.04460.01860.1970.01210.1138-10.708-2.382-16.732
21.1311-0.9844-0.42892.725-0.80521.4733-0.1579-0.08080.08020.04410.15810.1054-0.07520.0373-0.00020.17590.0509-0.07610.1124-0.02720.15-12.6178.688-11.277
35.41182.71043.49259.24243.46687.346-0.04160.1696-0.1866-0.67130.2575-0.1306-0.5337-0.1292-0.21590.2570.0644-0.01650.0838-0.02510.0915-13.41613.543-22.909
40.8374-1.0115-1.12893.30910.78414.7102-0.06330.03050.0032-0.1136-0.066-0.11740.0677-0.07740.12930.19890.0315-0.03990.1972-0.03390.1401-16.336-1.276-23.794
52.9827-0.4333-1.80793.1760.71425.0393-0.0416-0.22580.21450.27430.06460.07090.3350.2232-0.0230.08780.06090.00240.15430.01950.1975-12.830.31-10.568
62.0716-1.0346-0.20042.9071-1.17613.265-0.0594-0.2635-0.1137-0.04680.04050.08180.0214-0.03960.0190.1157-0.0302-0.02830.1786-0.02760.1648-28.781-2.311-46.622
72.3207-0.71030.02044.7473-2.30824.3690.0650.06170.0099-0.2069-0.0604-0.0008-0.0263-0.0895-0.00470.1364-0.0068-0.01530.1659-0.01280.1799-29.805-4.311-54.646
81.5268-0.11650.82611.79781.38272.52360.2337-0.03850.1068-0.495-0.2586-0.0194-0.33-0.09240.02480.14010.01060.05620.1194-0.00290.1473-32.1514.759-55.896
93.6367-2.07011.51731.499-0.47391.8661-0.0447-0.27730.17670.01760.0172-0.0401-0.0833-0.18680.02740.1172-0.0308-0.01410.1943-0.01610.194-27.9923.534-45.834
104.0946-1.83051.57735.31992.24743.5364-0.034-0.51220.11390.25480.2629-0.33270.3852-0.1436-0.2290.1272-0.03030.03560.21390.06260.1649-28.165-5.738-41.829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3A65 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4A86 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5A138 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6B6 - 28
7X-RAY DIFFRACTION7B29 - 57
8X-RAY DIFFRACTION8B58 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9B77 - 135
10X-RAY DIFFRACTION10B136 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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