PDB-3sa8: Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with KB83

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sa8

タイトル

Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with KB83

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / protease inhibitors / AIDS / aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
著者: Altman, M.D. / Nalam, M.N.L. / Ali, A. / Cao, H. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. / Tidor, B.

履歴

登録	2011年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sa8.cif.gz	98 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sa8.ent.gz	76.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sa8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sa8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sa3C 3sa4C 3sa5C 3sa6C 3sa7C 3sa9C 3saaC 3sabC 3sacC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ffi-d 4q1w-d 6oxw-d 1fgc-d 1f7a-d 3lzs-d 3oxx-2 1mt7-d 3em3-d 6oy2-d 3gi4-d 6oxx-d 6dh0-d 5kr1-d 3sa3-d 4mc6-d 4u8w-d 6oos-1 6vod-d 6pjc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.731, 57.739, 61.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: O38732
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-K83 / 3-hydroxy-N-[(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-1-phenylbutan-2-yl]benzamide タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 526.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₄N₂O₆S 参照: 3-HYDROXY-N-[(2S,3R)-3-HYDROXY-4-{[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](2-METHYLPROPYL)AMINO}-1-PHENYLBUTAN-2-YL]BENZAMIDE
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 24-29% ammonium sulfate, 63 mM sodium citrate, 126 mM phosphate buffer, pH 6.2, HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.979

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 28764 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	6.6	0.293	2760	1.039	1	95.4
1.55-1.62	6.6	0.235	2820	1.064	1	96.2
1.62-1.69	6.5	0.181	2830	1.089	1	96.6
1.69-1.78	6.6	0.135	2805	1.037	1	96.7
1.78-1.89	6.5	0.095	2863	0.944	1	97.3
1.89-2.04	6.4	0.068	2870	0.998	1	97.5
2.04-2.24	6.4	0.056	2894	1.063	1	97.8
2.24-2.56	6.3	0.048	2935	1.038	1	98.4
2.56-3.23	6.2	0.039	2967	0.99	1	98.7
3.23-50	5.9	0.03	3020	1.044	1	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BioCARS-developed	GUI	データ収集
HKL-2000		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a

解像度: 1.5→39.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.1961 / WR_factor R_work: 0.1659 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8892 / SU B: 2.318 / SU ML: 0.045 / SU R Cruickshank DPI: 0.0769 / SU R_free: 0.0775 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1933	1465	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1637	-	-	-
obs	0.1652	28726	96.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.7 Å² / B_iso mean: 18.4068 Å² / B_iso min: 8.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1498	0	65	168	1731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.493	2.046	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.979	3	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.039	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.843	25.172	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.672	15	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.334	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	316

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	100	-
R_work	0.191	1942	-
all	-	2042	-
obs	-	-	94.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2223	-0.616	0.2757	1.9029	-0.1016	1.7396	-0.1043	-0.2636	0.067	0.2595	0.0561	-0.0901	-0.0918	0.0186	0.0482	0.0979	0.0239	-0.0013	0.074	-0.0051	0.0089	21.0367	26.1432	29.7197
2	1.5937	-1.7451	0.0891	2.3978	-0.0647	2.6207	-0.0539	-0.0763	-0.2552	0.1029	0.0925	0.1865	0.1236	-0.1144	-0.0386	0.069	-0.0075	0.0171	0.0467	0.0133	0.0726	19.7174	17.3889	23.2459
3	1.1398	0.4701	0.3576	1.7931	-0.6389	0.658	-0.0235	0.0281	-0.0547	0.0399	-0.0654	-0.1119	-0.0779	0.0067	0.0889	0.0658	0.0031	-0.007	0.0564	0.0033	0.0423	27.804	28.3697	18.9359
4	3.0032	-0.0163	0.5725	1.9389	-0.4395	1.4904	0.0019	0.0254	-0.12	-0.0482	0.0846	0.1249	0.0001	-0.0292	-0.0865	0.0569	0.008	-0.0028	0.0303	0.0102	0.041	12.5939	26.7347	18.4958
5	5.2314	-0.9501	0.0712	2.1916	1.0176	4.9489	0.1431	-0.0848	-0.1	0.208	-0.1945	-0.5163	-0.1007	0.2986	0.0514	0.0687	-0.0319	-0.0836	0.0697	0.0823	0.1851	39.7818	30.4746	23.9872
6	17.1782	-6.1464	-2.0805	2.3175	0.086	3.9446	0.2215	0.2999	-0.6468	-0.0806	-0.0336	0.2672	-0.0386	-0.4921	-0.188	0.0203	-0.0064	-0.0051	0.0695	0.0168	0.1628	1.0162	21.461	17.9844
7	3.9174	-0.3623	0.9644	1.4712	1.6751	2.9058	0.0215	0.1992	0.0704	-0.0732	0.0115	-0.0764	-0.1196	0.3114	-0.033	0.0439	-0.0153	0.0129	0.1155	0.0359	0.0589	39.5702	31.4782	10.1972
8	5.7868	0.1232	-0.3955	5.8021	3.6276	3.3281	0.0966	0.332	0.099	-0.0761	-0.0612	0.3541	0.0902	-0.3946	-0.0354	0.0588	-0.0156	-0.0233	0.1439	0.0925	0.09	0.3383	34.2506	13.2844
9	10.0141	-1.1908	-2.1823	0.4272	0.0997	1.8829	0.0079	0.1346	-0.1766	-0.0861	-0.0318	0.0394	-0.0514	0.0182	0.0238	0.0643	0.0124	0.0083	0.0361	-0.0086	0.0206	27.658	30.3713	4.3837
10	6.2316	-2.7264	-0.6231	2.6803	-1.0587	1.4019	0.0555	0.0161	0.033	-0.0072	0.0046	0.1087	-0.0415	-0.0003	-0.0602	0.059	-0.001	-0.0045	0.0158	-0.0021	0.036	12.5012	39.4389	11.4325
11	1.2843	0.3213	-0.6235	2.8179	-1.036	3.6966	-0.0327	0.0589	0.0731	0.0054	0.0105	0.1267	-0.1209	0.0513	0.0222	0.0598	-0.0074	-0.0105	0.0368	0.0057	0.0398	29.096	33.2329	14.393
12	4.6929	-3.2964	3.884	2.9019	-2.3991	3.6449	0.2124	0.1772	-0.0755	-0.2319	-0.0668	0.1108	0.2932	0.1523	-0.1456	0.1401	-0.0098	-0.0522	0.0587	0.0177	0.084	10.4579	29.3574	12.1441
13	1.3905	-0.725	-0.2778	2.4502	-0.2981	2.3659	-0.0268	0.0271	-0.0884	-0.0258	-0.0312	-0.0991	0.0861	-0.0385	0.058	0.0623	0.0077	0.0015	0.0465	0.0003	0.065	28.7055	19.3768	19.3664
14	4.39	-1.1379	-1.767	2.1108	0.1774	2.5141	-0.1895	-0.43	-0.0415	0.1226	0.1824	0.1723	-0.0334	0.0252	0.0071	0.0835	0.0437	0.0171	0.1003	0.0241	0.0246	11.9428	28.9092	27.2054
15	3.6407	0.8419	1.479	7.7601	-11.6294	21.6258	0.0379	0.0923	-0.3746	-0.5164	-0.359	-0.2713	0.342	0.6126	0.3211	0.1751	0.0589	0.0171	0.0971	0.0355	0.1611	38.9147	23.0846	10.2803
16	6.9572	6.025	-5.3677	10.3923	-8.6986	13.9639	0.3745	-0.3045	0.2543	0.4253	0.0886	0.3631	-0.5629	-0.1676	-0.4631	0.0672	0.0385	0.0305	0.0954	0.0415	0.1612	1.653	36.6168	21.163
17	8.4981	-3.0149	-4.2494	6.3547	2.4496	16.1266	-0.0553	-0.0583	0.546	0.3884	0.051	-0.3285	-0.0577	0.2069	0.0043	0.054	-0.02	-0.0673	0.0188	0.0393	0.1445	37.5075	24.1928	24.2696
18	17.3558	-5.3162	-1.0109	8.3993	3.5639	4.5809	-0.432	0.3967	-0.0838	0.4867	0.1019	-0.1238	0.4566	0.3893	0.3301	0.0794	0.0482	0.0348	0.1036	0.0562	0.0843	2.8327	23.0951	24.3762
19	1.0747	-1.0864	1.266	2.6928	-1.7351	4.967	0.0264	0.0881	-0.066	-0.0043	-0.1199	-0.2576	0.098	0.1091	0.0935	0.0419	0.0045	0.0113	0.0457	0.0217	0.0885	35.7556	21.7534	18.2721
20	1.2678	1.5203	-2.8589	6.0489	-3.8271	6.487	-0.0623	-0.0007	0.0357	-0.0868	0.1748	0.3381	0.1551	-0.0245	-0.1125	0.0313	0.0281	-0.0102	0.0717	0.045	0.0873	4.1236	28.584	25.4445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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