[日本語] English
万見
- PDB-3s9g: Structure of human Hexim1 (delta stammer) coiled coil domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s9g
タイトルStructure of human Hexim1 (delta stammer) coiled coil domain
要素Protein HEXIM1
キーワードTRANSCRIPTION / Cyclin T-binding domain (TBD) / Cyclin T1/P-TEFb/7SK snRNA / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


7SK snRNP / 7SK snRNA binding / snRNA binding / negative regulation of viral transcription / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / P-TEFb complex binding ...7SK snRNP / 7SK snRNA binding / snRNA binding / negative regulation of viral transcription / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / P-TEFb complex binding / activation of innate immune response / heart development / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HEXIM / Hexamethylene bis-acetamide-inducible protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bigalke, J.M. / Blankenfeldt, W. / Geyer, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure and Dynamics of a Stabilized Coiled-Coil Domain in the P-TEFb Regulator Hexim1.
著者: Bigalke, J.M. / Dames, S.A. / Blankenfeldt, W. / Grzesiek, S. / Geyer, M.
履歴
登録2011年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein HEXIM1
B: Protein HEXIM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8422
ポリマ－24,8422
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.770, 70.770, 90.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 Protein HEXIM1 / Cardiac lineage protein 1 / Estrogen down-regulated gene 1 protein / Hexamethylene bis-acetamide- ...Cardiac lineage protein 1 / Estrogen down-regulated gene 1 protein / Hexamethylene bis-acetamide-inducible protein 1 / Menage a quatre protein 1


分子量: 12420.767 Da / 分子数: 2 / 断片: Cyclin T-binding domain / 変異: C297S, delta(316-318) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLP1, EDG1, HEXIM1, HIS1, MAQ1 / プラスミド: pProEx-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O94992
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate, 4% PEG 8000, 5 mM magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97943 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.5 Å / Num. obs: 13117 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 17.536 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2958 629 4.8 %RANDOM
Rwork0.23617 ---
obs0.23904 12487 99.99 %-
all-13115 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.83 Å20 Å20 Å2
2---2.83 Å20 Å2
3---5.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1270 0 0 51 1321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0312.0011711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13532136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0685156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18125.13972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.22815258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1941514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.13610788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.70710314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.442101242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.13710487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.03710469
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 41 -
Rwork0.301 920 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7351-3.4931-0.55832.78780.51050.62-0.1242-0.2487-0.1795-0.11320.16720.2382-0.0520.1255-0.0430.2388-0.0136-0.05320.147-0.05270.1297-0.7247.261167.3465
25.3962-3.3196-0.55932.21290.25910.16210.075-0.03260.1758-0.18340.0093-0.04480.0185-0.0418-0.08430.1320.0318-0.02680.1348-0.0330.07133.201144.22666.4223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B272 - 350
2X-RAY DIFFRACTION2A266 - 350

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る