PDB-3s92: Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD3 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s92

タイトル

Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with the inhibitor JQ1

要素

Bromodomain-containing protein 3

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / BRD3 / Bromodomain containing protein 3 / ORFX / RING3 like gene / RING3L / JQ1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Qi, J. / Keates, T. / Felletar, I. / Fedorov, O. / Muniz, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with the inhibitor JQ1
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Qi, J. / Keates, T. / Felletar, I. / Fedorov, O. / Muniz, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bradner, J.E. / Knapp, S.

履歴

登録	2011年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s92.cif.gz	73.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s92.ent.gz	52.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s92_validation.pdf.gz	826.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s92_full_validation.pdf.gz	826.8 KB	表示
XML形式データ	3s92_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	3s92_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/3s92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/3s92	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oo1S 3s91 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dw1-4 5a7c-4 4uyg-4 3o6u-3 6vix-1 5uer-d 5o3g-1 2oo1-2 2oo1-4 5o3g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 3

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.360, 38.020, 85.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-22- HOH
2	1	A-80- HOH
3	1	A-173- HOH
4	1	A-177- HOH
5	1	A-180- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein 分子量: 13307.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q15059
#2: 化合物	ChemComp-JQ1 / (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium 分子量: 457.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆ClN₄O₂S / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M (NH4)2Hcit, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.4 % / Av σ(I) over netI: 8.4 / 数: 106701 / R_sym value: 0.068 / D res high: 1.36 Å / D res low: 28.452 Å / Num. obs: 24181 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
4.3	28.45	98.8	1	0.021	0.021	4.2
3.04	4.3	100	1	0.025	0.025	4.6
2.48	3.04	99.7	1	0.063	0.063	4
2.15	2.48	100	1	0.065	0.065	4.3
1.92	2.15	99.9	1	0.068	0.068	4.4
1.76	1.92	99.9	1	0.114	0.114	4.4
1.63	1.76	100	1	0.193	0.193	4.5
1.52	1.63	99.9	1	0.298	0.298	4.5
1.43	1.52	100	1	0.465	0.465	4.5
1.36	1.43	99.9	1	0.73	0.73	4.5

反射

解像度: 1.36→28.452 Å / Num. all: 24205 / Num. obs: 24181 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 13 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.36-1.43	4.5	0.73	1.1	15374	3446	0.73	99.9
1.43-1.52	4.5	0.465	1.7	14789	3292	0.465	100
1.52-1.63	4.5	0.298	2.6	13883	3093	0.298	99.9
1.63-1.76	4.5	0.193	3.9	13061	2907	0.193	100
1.76-1.92	4.4	0.114	6.6	11826	2666	0.114	99.9
1.92-2.15	4.4	0.068	10.4	10708	2423	0.068	99.9
2.15-2.48	4.3	0.065	9.7	9377	2174	0.065	100
2.48-3.04	4	0.063	9.7	7390	1846	0.063	99.7
3.04-4.3	4.6	0.025	22.4	6707	1472	0.025	100
4.3-28.452	4.2	0.021	23.7	3586	862	0.021	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 50.94 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	28.45 Å
Translation	2.5 Å	28.45 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DNA		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2OO1

2oo1

解像度: 1.36→28.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.182 / WR_factor R_work: 0.1269 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.9046 / SU B: 1.955 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0568 / SU R_free: 0.0588 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1865	1233	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1314	-	-	-
all	0.1342	24200	-	-
obs	0.1342	24149	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.31 Å² / B_iso mean: 16.1558 Å² / B_iso min: 3.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→28.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	903	0	35	193	1131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.996	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.974	3.001	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.529	5	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.565	22.449	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.453	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.897	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.884	3	586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.344	3	224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.99	5	949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.998	8	443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.545	11	448
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.359	3	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	14.772	3	193
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.524	3	1711

LS精密化シェル

解像度: 1.36→1.395 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	76	-
R_work	0.281	1669	-
all	-	1745	-
obs	-	-	99.71 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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