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- PDB-3s7k: Structure of thrombin mutant Y225P in the E form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s7k
タイトルStructure of thrombin mutant Y225P in the E form
要素(Prothrombin) x 2
キーワードHYDROLASE / Serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin ...cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / ligand-gated ion channel signaling pathway / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of proteolysis / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / regulation of cell shape / heparin binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / : / positive regulation of cell growth / blood microparticle / G alpha (q) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Niu, W. / Chen, Z. / Gandhi, P. / Vogt, A. / Pozzi, N. / Pele, L.A. / Zapata, F. / Di Cera, E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystallographic and Kinetic Evidence of Allostery in a Trypsin-like Protease.
著者: Niu, W. / Chen, Z. / Gandhi, P.S. / Vogt, A.D. / Pozzi, N. / Pelc, L.A. / Zapata, F. / Di Cera, E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Molecular dissection of Na+ binding to thrombin.
著者: Pineda, A.O. / Carrell, C.J. / Bush, L.A. / Prasad, S. / Caccia, S. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Di Cera, E.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prothrombin
B: Prothrombin
C: Prothrombin
D: Prothrombin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7428
ポリマ－67,4194
非ポリマー3224
水6,918384
1
A: Prothrombin
B: Prothrombin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8714
ポリマ－33,7102
非ポリマー1612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
2
C: Prothrombin
D: Prothrombin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8714
ポリマ－33,7102
非ポリマー1612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.937, 86.813, 100.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

K

21C-402-

K

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Prothrombin / Coagulation factor II / Activation peptide fragment 1 / Activation peptide fragment 2 / Thrombin ...Coagulation factor II / Activation peptide fragment 1 / Activation peptide fragment 2 / Thrombin light chain / Thrombin heavy chain


分子量: 3995.430 Da / 分子数: 2 / 断片: Thrombin light chain / 変異: Y225P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#2: タンパク質 Prothrombin / Coagulation factor II / Activation peptide fragment 1 / Activation peptide fragment 2 / Thrombin ...Coagulation factor II / Activation peptide fragment 1 / Activation peptide fragment 2 / Thrombin light chain / Thrombin heavy chain


分子量: 29714.160 Da / 分子数: 2 / 断片: Thrombin heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.2 M K Formate, 20 % PEG 3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月17日
放射モノクロメーター: Mirror+Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 43725 / Num. obs: 43419 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -0.5 / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.934.70.3054198.2
1.93-1.974.80.2734.7198.4
1.97-2.015.10.2335.7198.7
2.01-2.055.20.2186.4199
2.05-2.095.50.1927.8199.1
2.09-2.145.70.1768.9199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREPfrom ccp4位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SHH

1shh


解像度: 1.9→35.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.089 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -0.5 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2179 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 41076 99 %-
all-41512 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4582 0 18 384 4984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224713
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.9646362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9325561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.27723.229223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28215842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9671542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6381.52823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16924549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74431890
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7934.51813
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 130 -
Rwork0.192 2923 -
obs--96.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.23910.817-1.53225.85033.25639.4486-0.13070.61320.1106-0.4458-0.05250.3272-0.3295-0.50370.18320.179-0.0489-0.00440.2364-0.00480.15248.22710.7250.734
22.80681.6143-2.09213.8912-1.5096.9345-0.25150.455-0.4259-0.73930.1852-0.26020.42-0.00770.06630.2594-0.04030.03910.2143-0.09870.24978.624-0.2958.346
32.09570.75860.36641.80381.62323.5308-0.07710.1805-0.0527-0.16360.2273-0.2805-0.23820.4393-0.15020.1607-0.06410.03550.1885-0.00710.20522.83118.95210.282
46.02556.43630.898419.5876.83765.27150.5499-0.4516-0.24791.4957-0.2553-1.1891-0.02130.6666-0.29460.4158-0.1887-0.04030.33230.03720.234826.82421.3634.619
51.7311.02470.28272.00840.45571.601-0.09150.11160.1065-0.25720.0934-0.0623-0.27550.1924-0.00190.1816-0.02580.02170.15480.00440.192118.19918.73911.588
62.65540.868-1.8463.22590.21346.6870.2075-0.3842-0.17620.4585-0.1723-0.20150.18420.2358-0.03520.1285-0.0383-0.02990.16680.04560.213415.5767.17723.31
74.40251.04541.31224.17811.31144.34830.1867-0.6176-0.03840.6109-0.1596-0.14610.16480.1647-0.0270.2105-0.0896-0.01610.27450.02360.18514.91713.2129.81
814.34574.7656-2.106913.3358-5.673414.86840.1293-1.6206-2.17060.5998-0.1253-1.43561.66660.922-0.00390.50520.129-0.11730.40840.19670.691122.7272.72423.586
96.40282.91042.09213.22561.36532.5096-0.02920.0374-0.09530.00730.0287-0.0723-0.06070.01850.00050.0802-0.01980.00880.07150.0020.100311.50711.84914.361
104.4760.1689-0.54857.9227-1.56094.9571-0.1306-0.8768-0.78840.9635-0.4357-1.73120.7461.05430.56620.42830.0811-0.15450.47630.22480.630112.2820.45219.414
1110.0644-6.77243.80811.2223-1.91596.339-0.94790.1370.2816-0.22020.44920.6236-0.8023-0.4940.49870.3873-0.1161-0.18290.36440.04060.34725.48117.12752.718
122.31331.3261-1.61343.5241-4.15199.0274-0.32350.6835-0.2517-0.80120.1912-0.06570.6651-0.14310.13230.3555-0.11690.03480.3574-0.10090.238.6251.86556.559
132.07620.31050.05422.5774-0.01541.8337-0.28980.2479-0.3396-0.12160.1575-0.38320.01620.58650.13230.2332-0.09590.04970.3604-0.00480.284422.0412.43657.905
142.33131.02251.46510.96751.6583.6452-0.35680.35370.3436-0.31670.2634-0.0363-0.4960.3130.09350.326-0.1145-0.04890.23370.04640.320723.11325.65464.752
154.85523.2132.098221.324810.05746.7146-0.03350.34420.01540.10270.0942-1.2405-0.26470.5087-0.06070.3422-0.2209-0.03570.31820.10230.281925.75623.04355.615
162.64391.15590.03862.35880.94125.7227-0.28190.42240.3942-0.42210.25040.0626-0.50150.43850.03160.3082-0.1372-0.03720.23910.08680.276620.95425.79859.789
172.23071.12480.28732.17770.27521.0767-0.19280.18820.2784-0.15470.07190.1698-0.2384-0.02070.12090.1696-0.0211-0.02520.14780.01890.207611.15518.17863.727
189.5003-2.75212.436713.23297.47226.3804-0.50170.44790.52310.27791.6181-2.6043-0.12151.7808-1.11650.2005-0.1821-0.00171.08230.05591.000931.40810.17863.395
192.92410.9935-0.04753.13281.45817.28140.0805-0.3261-0.12670.4915-0.0838-0.14360.15130.07340.00320.1932-0.03510.00920.16150.02280.201213.9146.20676.982
202.99580.66080.7172.4756-0.36842.24770.0049-0.2159-0.22550.3105-0.0317-0.25010.30850.180.02680.2107-0.0145-0.02090.22360.02040.23517.2897.39577.831
213.66041.95910.68653.81610.29083.264-0.1588-0.0073-0.11230.11580.0388-0.2248-0.04030.21360.11990.107-0.01620.00530.1104-0.00040.127414.95911.39868.583
2210.25564.0047-2.702612.4665-4.23997.32750.16810.46171.5935-0.2319-0.06781.2229-0.6786-0.4788-0.10040.29770.0736-0.11920.1743-0.00810.54145.57727.77266.97
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3B16 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4B61 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5B74 - 153
6X-RAY DIFFRACTION6B154 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7B171 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8B186 - 193
9X-RAY DIFFRACTION9B194 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10B219 - 246
11X-RAY DIFFRACTION11C1 - 4
12X-RAY DIFFRACTION12C5 - 14
13X-RAY DIFFRACTION13D16 - 35
14X-RAY DIFFRACTION14D36 - 60
15X-RAY DIFFRACTION15D61 - 73
16X-RAY DIFFRACTION16D74 - 96
17X-RAY DIFFRACTION17D97 - 139
18X-RAY DIFFRACTION18D140 - 156
19X-RAY DIFFRACTION19D157 - 171
20X-RAY DIFFRACTION20D172 - 190
21X-RAY DIFFRACTION21D191 - 230
22X-RAY DIFFRACTION22D231 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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