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- PDB-3s6s: Ancylostoma-secreted protein Ac-ASP-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s6s
タイトルAncylostoma-secreted protein Ac-ASP-7
要素Ac-ASP-7
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Pathogenesis-related Protein / SCP/TAPS
機能・相同性Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Osman, A. / Wang, C.K. / Winter, A. / Loukas, A. / Tribolet, L. / Gasser, R. / Hofmann, A.
引用ジャーナル: Biotechnol Adv
タイトル: Hookworm SCP/TAPS protein structure--A key to understanding host-parasite interactions and developing new interventions.
著者: Osman, A. / Wang, C.K. / Winter, A. / Loukas, A. / Tribolet, L. / Gasser, R.B. / Hofmann, A.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ac-ASP-7
B: Ac-ASP-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0232
ポリマ－47,0232
非ポリマー00
水1,802100
1
A: Ac-ASP-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5111
ポリマ－23,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ac-ASP-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5111
ポリマ－23,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.352, 79.153, 94.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ac-ASP-7


分子量: 23511.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)
発現宿主: Pichia Pastoris (菌類)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AS PER THE THE AUTHORS THERE IS AN UNEXPLAINED SEQUENCE MISMATCH BETWEEN THE GENBANK SEQUENCE AND ...AS PER THE THE AUTHORS THERE IS AN UNEXPLAINED SEQUENCE MISMATCH BETWEEN THE GENBANK SEQUENCE AND THE SEQUENCE IN THIS STRUCTURE. THE DNA SEQUENCING DATA IS UNAMBIGUOUS AND THE ELECTRON DENSITY CLEARLY SUPPORTS THE AUTHORS ASSIGNMENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% MPD, 0.1 M TRIS, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.93224 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93224 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61 Å / Num. obs: 18132 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.5 Å2 / Rsym value: 0.074
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2591 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→60 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2408 921 5.08 %random
Rwork0.1964 ---
obs0.1988 18085 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.188 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6512 Å20 Å2-0 Å2
2---0.0045 Å20 Å2
3----5.6466 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 0 100 2783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2163704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5491002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47060.31891380.23112690X-RAY DIFFRACTION100
2.4706-2.55030.37151260.24622698X-RAY DIFFRACTION100
2.5503-2.64140.28611750.23762641X-RAY DIFFRACTION100
2.6414-2.7470.29811570.23432624X-RAY DIFFRACTION100
2.747-2.87180.23471440.19312677X-RAY DIFFRACTION100
2.8718-3.0230.26221580.20222645X-RAY DIFFRACTION100
3.023-3.2120.261560.20922652X-RAY DIFFRACTION100
3.212-3.45940.25211120.19562713X-RAY DIFFRACTION100
3.4594-3.80640.24631460.18612686X-RAY DIFFRACTION100
3.8064-4.35460.22591390.17452645X-RAY DIFFRACTION100
4.3546-5.47650.19881500.16322673X-RAY DIFFRACTION100
5.4765-24.71410.18411130.20822696X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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