+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s6s | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ancylostoma-secreted protein Ac-ASP-7 | ||||||
要素 | Ac-ASP-7 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Pathogenesis-related Protein (感染特異的タンパク質) / SCP/TAPS | ||||||
機能・相同性 | Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Osman, A. / Wang, C.K. / Winter, A. / Loukas, A. / Tribolet, L. / Gasser, R. / Hofmann, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biotechnol Adv タイトル: Hookworm SCP/TAPS protein structure--A key to understanding host-parasite interactions and developing new interventions. 著者: Osman, A. / Wang, C.K. / Winter, A. / Loukas, A. / Tribolet, L. / Gasser, R.B. / Hofmann, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s6s.cif.gz | 76.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3s6s.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s6s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6s | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23511.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう) 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AS PER THE THE AUTHORS THERE IS AN UNEXPLAINED SEQUENCE MISMATCH BETWEEN THE GENBANK SEQUENCE AND ...AS PER THE THE AUTHORS THERE IS AN UNEXPLAINE | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% MPD, 0.1 M TRIS, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.93224 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93224 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→61 Å / Num. obs: 18132 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.5 Å2 / Rsym value: 0.074 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2591 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→60 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.188 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→60 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|