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- PDB-3s6g: Crystal structures of Seleno-substituted mutant mmNAGS in space g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s6g
タイトルCrystal structures of Seleno-substituted mutant mmNAGS in space group P212121
要素N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
キーワードTRANSFERASE / synthase / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetylglutamate kinase ArgB, GNAT domain-containing / N-Acetyl-L-glutamate kinase, fungal-type / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain / NAT, N-acetyltransferase, of N-acetylglutamate synthase / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Acetylglutamate kinase family / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily ...Acetylglutamate kinase ArgB, GNAT domain-containing / N-Acetyl-L-glutamate kinase, fungal-type / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain / NAT, N-acetyltransferase, of N-acetylglutamate synthase / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Acetylglutamate kinase family / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / MALONATE ION / Acetylglutamate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Maricaulis maris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6681 Å
データ登録者Shi, D. / Li, Y. / Cabrera-Luque, J. / Jin, Z. / Yu, X. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: A Novel N-acetylglutamate synthase architecture revealed by the crystal structure of the bifunctional enzyme from Maricaulis maris.
著者: Shi, D. / Li, Y. / Cabrera-Luque, J. / Jin, Z. / Yu, X. / Zhao, G. / Haskins, N. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
B: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
X: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
Y: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,29910
ポリマ－202,1074
非ポリマー1,1926
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
X: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,3145
ポリマ－101,0532
非ポリマー2603
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area37940 Å2
手法PISA
3
B: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
Y: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9855
ポリマ－101,0532
非ポリマー9323
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area38510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.426, 117.470, 149.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABXY

#1: タンパク質
N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase


分子量: 50526.684 Da / 分子数: 4 / 変異: I106M, I294M, L376M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Maricaulis maris (バクテリア) / 株: MCS10 / 遺伝子: argA/B, Mmar10_0365 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q0ASS9, amino-acid N-acetyltransferase, acetylglutamate kinase

-
非ポリマー , 5種, 90分子

#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG3350, 200 mM sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97471, 0.97921, 0.97934
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.974711
20.979211
30.979341
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 104589 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 2.66→2.73 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6681→37.969 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 3690 3.53 %
Rwork0.1826 --
obs0.1851 104589 95.4 %
all-109628 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.721 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9617 Å2-0 Å20 Å2
2---5.3741 Å2-0 Å2
3---12.3358 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6681→37.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13136 0 75 84 13295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2118278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8824962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6681-2.76350.32523330.27648634X-RAY DIFFRACTION82
2.7635-2.87410.34683380.25569469X-RAY DIFFRACTION89
2.8741-3.00480.34143540.24579666X-RAY DIFFRACTION92
3.0048-3.16320.31023710.222610130X-RAY DIFFRACTION96
3.1632-3.36130.28463740.213410363X-RAY DIFFRACTION98
3.3613-3.62060.26473890.190610439X-RAY DIFFRACTION99
3.6206-3.98460.24793880.172310492X-RAY DIFFRACTION99
3.9846-4.56040.21863720.14210605X-RAY DIFFRACTION100
4.5604-5.74240.24033840.158210534X-RAY DIFFRACTION100
5.7424-37.97290.22773870.17510567X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4992-0.9278-0.51723.1757-0.20942.46580.13790.012-0.0393-0.4190.298-0.6433-0.30950.3466-0.42410.57440.03540.24740.28980.05440.523739.6307-4.020176.3596
21.95180.05280.35831.0990.55711.92840.0038-0.3203-0.20260.0830.0649-0.24130.09360.6674-0.13370.23460.0764-0.00430.4889-0.13270.340443.9491-6.4165105.6313
37.16832.4465-2.00282.59661.04762.29380.1721-0.2603-0.83390.0828-0.0757-0.27620.6903-0.1181-0.05360.45660.0079-0.02620.2592-0.00910.320226.9929-16.031995.3151
41.4033-0.8511-0.78092.24941.03541.4251-0.11680.07970.1290.01090.19560.39610.0572-0.1839-0.01290.0917-0.11040.02870.109-0.00860.31377.3638-15.865478.9031
53.8808-2.5434-0.35972.13720.65592.33270.28030.5881-0.4204-0.1795-0.1872-0.18510.13280.222-0.04570.2498-0.13610.02190.4093-0.12120.413710.8407-29.484470.3854
66.1764-2.5998-1.53474.2645-4.28378.50480.03890.0432-1.4722-0.9492-1.01820.01990.64341.60110.39060.99850.1821-0.43950.7446-0.24681.10277.18938.704781.2783
74.39631.7679-0.68021.6157-1.55390.9828-0.3801-0.27840.53810.12460.08430.1010.38330.14250.14390.6025-0.1715-0.2390.59970.1370.43758.71711.3952107.0387
84.56461.89320.3931.55330.10731.2326-0.1999-0.42840.6823-0.0285-0.07290.2255-0.28350.08160.24150.629-0.1458-0.24620.59820.07090.652878.186421.6717103.0742
91.8762-0.99310.09032.8224-1.88993.0347-0.3603-0.5005-0.2266-0.0750.0964-0.92130.09530.44760.28430.43610.0389-0.19820.53950.18640.887101.767222.869694.5231
102.1803-2.16991.65463.0327-2.32241.6977-0.00740.03560.32850.3346-0.0702-0.47620.03360.40980.13020.3702-0.0226-0.13010.41440.10350.66998.3635.017783.909
110.97080.1138-0.47372.76581.82432.1961-0.473-0.0746-0.145-0.0153-0.36730.5187-0.0818-0.26070.48190.56740.2904-0.15660.66690.06620.589750.3503-17.868373.4201
122.76260.846-2.64723.6175-1.08722.4316-0.17130.30760.0106-0.47780.18290.23520.1463-0.2524-0.00230.1895-0.06170.02790.2049-0.09540.127650.774-6.453945.1849
132.17013.4116-0.01077.39041.13660.274-0.30660.1373-0.0417-0.34570.16040.5572-0.0249-0.29540.10680.4065-0.02330.0110.418-0.07720.310238.9027-24.470851.3111
143.8115-0.5584-0.70151.76160.6874.85960.13180.1751-0.9309-0.1311-0.0188-0.12250.27190.1079-0.11040.1801-0.0175-0.00390.1181-0.0070.49136.2872-46.698663.4434
152.8234-1.0345-1.50934.4528-0.89961.33090.20030.1359-0.17820.3563-0.37460.8062-0.06230.16020.13620.2713-0.16870.1120.2888-0.14410.519922.4333-42.378971.5372
167.5644-2.94841.85191.5551-0.54960.4327-1.8252-0.3420.73681.23790.94060.8483-0.2419-0.78960.72431.55230.22050.13921.2659-0.05420.832867.98720.580274.9256
172.20711.13110.11884.17110.20391.4412-0.07390.1063-0.19450.29910.1495-0.50610.50110.0493-0.0440.4811-0.0232-0.0890.2266-0.06270.407169.84626.418846.4438
181.49242.39430.8214.74350.79921.0614-0.2352-0.0333-0.34620.28310.5728-0.7833-0.20570.5006-0.37540.4608-0.0595-0.02690.4456-0.21150.644979.640325.147252.685
192.0615-1.2180.6172.0287-1.79784.19060.04440.16150.1348-0.15760.07460.28820.3631-0.1358-0.10080.30730.0018-0.0790.1868-0.0510.604573.985547.046168.0939
203.2542-1.4880.9661.6965-1.65172.8131-0.0871-0.01560.10550.422-0.1463-0.58070.0306-0.03880.2510.4299-0.0487-0.10130.2069-0.00090.570685.096945.671680.4602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:35)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 36:204)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 205:291)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 292:381)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 382:440)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 5:35)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 36:204)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 205:291)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 292:381)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 382:439)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain X and resid 5:35)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain X and resid 36:204)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain X and resid 205:291)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain X and resid 292:381)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain X and resid 382:439)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain Y and resid 10:31)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain Y and resid 40:204)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain Y and resid 205:291)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain Y and resid 292:381)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain Y and resid 382:440)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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