[日本語] English
万見
- PDB-3s63: Saposin-like protein Na-SLP-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s63
タイトルSaposin-like protein Na-SLP-1
要素Saposin-like protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / saposin / lipid-binding
機能・相同性Saposin-like / NK-Lysin / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Saposin-like protein
機能・相同性情報
生物種Necator americanus (あめりかこうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Willis, C. / Wang, C.K. / Osman, A. / Simon, A. / Mulvenna, J. / Pickering, D. / Riboldi-Tunicliffe, A. / Jones, M.K. / Loukas, A. / Hofmann, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Insights into the membrane interactions of the saposin-like proteins Na-SLP-1 and Ac-SLP-1 from human and dog hookworm.
著者: Willis, C. / Wang, C.K. / Osman, A. / Simon, A. / Pickering, D. / Mulvenna, J. / Riboldi-Tunicliffe, A. / Jones, M.K. / Loukas, A. / Hofmann, A.
履歴
登録2011年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Saposin-like protein
B: Saposin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1312
ポリマ－27,1312
非ポリマー00
水70339
1
A: Saposin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5661
ポリマ－13,5661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Saposin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5661
ポリマ－13,5661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.433, 85.433, 113.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 Saposin-like protein / Na-SLP-1


分子量: 13565.567 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Necator americanus (あめりかこうちゅう)
発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: H2L2M0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M NaCl, 20% PEG 6000, 0.1M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.94723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 7191 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 41.7 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 43 % / Num. unique all: 1021 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→24.662 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 595 4.68 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1874 7191 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.004 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.6589 Å2-0 Å20 Å2
2---10.6589 Å2-0 Å2
3---21.3178 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.662 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1400 0 0 39 1439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1471919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.584552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005248
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.7001-2.97140.27111680.21133005
2.9714-3.40040.31781530.19073027
3.4004-4.28050.20151320.16763048
4.2805-24.66340.21641420.18083040

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る