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万見
- PDB-3s5b: Crystal Structure of CED-3 Protease Suppressor-6 (CPS-6) from Cae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s5b
タイトルCrystal Structure of CED-3 Protease Suppressor-6 (CPS-6) from Caenorhabditis elegans
要素Endonuclease G
キーワードHYDROLASE / DNA fragmentation / Nuclease / DNase / protein-DNA interactions / beta-beta-alpha-metal finger nuclease / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA endonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA catabolic process / RNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA endonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA catabolic process / RNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / mitochondrial inner membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease G, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.796 Å
データ登録者Yuan, H.S. / Lin, J.L.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into apoptotic DNA degradation by CED-3 protease suppressor-6 (CPS-6) from Caenorhabditis elegans
著者: Lin, J.L.J. / Nakagawa, A. / Lin, C.L. / Hsiao, Y.Y. / Yang, W.Z. / Wang, Y.T. / Doudeva, L.G. / Skeen-Gaar, R.R. / Xue, D. / Yuan, H.S.
履歴
登録2011年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease G
B: Endonuclease G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2404
ポリマ－57,1912
非ポリマー492
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.221, 45.379, 80.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease G / CPS-6 / Endo G / Ced-3 protease suppressor 6


分子量: 28595.586 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 63-303 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
株: Bristol N2 / 遺伝子: cps-6 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q95NM6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 % / Mosaicity: 0.579 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6% Tacsimate, 0.1M MES, 25% PEG4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月31日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.796→50 Å / Num. all: 83591 / Num. obs: 44074 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.085 / Χ2: 2.233 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.832.90.34822332.0371100
1.83-1.8630.29222501.8199.9
1.86-1.930.31122362.306199.9
1.9-1.942.90.322323.16198.9
1.94-1.9830.21322642.576199.9
1.98-2.0330.17922261.979199.9
2.03-2.082.90.21122403.081198.9
2.08-2.1330.15222272.064199.9
2.13-2.230.13122811.776199.9
2.2-2.272.90.15522082.909198.3
2.27-2.3530.12122502.2831100
2.35-2.4430.11822722.624199.9
2.44-2.5530.09822512.226199.9
2.55-2.692.90.09822722.81199.7
2.69-2.8630.07622632.312199.6
2.86-3.0830.06722582.178199.7
3.08-3.3930.04722651.806199.4
3.39-3.882.70.04314401.986163
3.88-4.882.90.03220861.559189.8
4.88-502.90.02723201.154197.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.796→37.593 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8816 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 1876 4.55 %RANDOM
Rwork0.1659 ---
obs0.168 41201 90.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.36 Å2 / ksol: 0.418 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.92 Å2 / Biso mean: 16.762 Å2 / Biso min: 0.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1145 Å20 Å21.5997 Å2
2---2.9635 Å20 Å2
3---3.078 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.796→37.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3836 0 2 430 4268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0435314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0141441
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7958-1.84430.23791300.16052784291484
1.8443-1.89860.23911450.17112864300987
1.8986-1.95990.24441410.18472877301886
1.9599-2.02990.19781400.15113023316392
2.0299-2.11120.22441450.16313069321492
2.1112-2.20720.18751460.15543073321993
2.2072-2.32360.27941420.17743051319391
2.3236-2.46910.21931540.16413163331795
2.4691-2.65970.24071480.17063209335795
2.6597-2.92730.20271540.17763235338997
2.9273-3.35070.18951590.16173265342498
3.3507-4.22060.17861120.14182370248270
4.2206-37.60080.18011600.16663342350296
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.3766 Å / Origin y: -2.8635 Å / Origin z: 20.2631 Å
111213212223313233
T0.0052 Å20.0065 Å20.0196 Å2--0.0033 Å20.0136 Å2--0.0016 Å2
L0.6276 °20.1418 °20.1349 °2-0.6281 °20.0641 °2--0.4194 °2
S-0.0038 Å °0.043 Å °0.0737 Å °-0.021 Å °0.0167 Å °0.0283 Å °-0.0195 Å °-0.0207 Å °-0.0096 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA63 - 303
2X-RAY DIFFRACTION1allB60 - 302
3X-RAY DIFFRACTION1allA1
4X-RAY DIFFRACTION1allB1
5X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 470
6X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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