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- PDB-4h6q: Structure of oxidized Deinococcus radiodurans proline dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h6q
タイトルStructure of oxidized Deinococcus radiodurans proline dehydrogenase complexed with L-tetrahydrofuroic acid
要素Proline dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA8-ALPHA8-BARREL / FLAVOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


L-proline catabolic process / proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Proline dehydrogenase, bacteria and archaea / Proline oxidase family / TIM Barrel - #220 / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / FAD-linked oxidoreductase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID / Proline dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.359 Å
データ登録者Min, L. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal structures and kinetics of monofunctional proline dehydrogenase provide insight into substrate recognition and conformational changes associated with flavin reduction and product release.
著者: Luo, M. / Arentson, B.W. / Srivastava, D. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2012年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline dehydrogenase
C: Proline dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2337
ポリマ－70,3382
非ポリマー1,8955
水8,557475
1
A: Proline dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1634
ポリマ－35,1691
非ポリマー9943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Proline dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0713
ポリマ－35,1691
非ポリマー9022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.469, 95.462, 136.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proline dehydrogenase


分子量: 35168.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: DR_0814, PROLINE DEHYDROGENASE / プラスミド: PKA8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q9RW55, EC: 1.5.99.8
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-TFB / TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID / (S)-テトラヒドロフラン-2-カルボン酸


分子量: 116.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG3350, 0.1 mM Bis-tris, 400 mM TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月1日
放射モノクロメーター: BEAMLINE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.359→78.209 Å / Num. obs: 124194 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.359-1.433.70.4311.865458179180.43198.5
1.43-1.523.60.2423.262177171440.24299.8
1.52-1.623.50.1445.356071160670.14499.3
1.62-1.753.70.0948.156422150670.09499.9
1.75-1.923.60.0612.350601139070.0699.7
1.92-2.153.60.0391845230125110.03999.1
2.15-2.483.70.03121.941339110970.03199.2
2.48-3.043.50.02425.93246992080.02497
3.04-4.33.70.02126.22705873290.02198.3
4.3-78.2093.50.02321.61411040240.02394.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G37

2g37


解像度: 1.359→78.209 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.9002 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 17.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1808 11592 5.02 %RANDOM
Rwork0.1482 ---
obs0.1498 124194 95.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.83 Å2 / Biso mean: 22.2135 Å2 / Biso min: 6.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.359→78.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4334 0 128 475 4937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7546451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9531856
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.359-1.37420.28823900.2596897728791
1.3742-1.39040.30834090.24997619802898
1.3904-1.40740.25344070.22947405781298
1.4074-1.42520.26574120.21997485789798
1.4252-1.44390.24473810.20727508788998
1.4439-1.46370.24123930.19247456784997
1.4637-1.48460.2284050.19347500790597
1.4846-1.50680.23983690.18367343771297
1.5068-1.53030.22083220.16777512783497
1.5303-1.55540.23850.15987234761995
1.5554-1.58230.18753670.15417006737391
1.5823-1.6110.18894210.13547317773896
1.611-1.6420.16433660.12987653801998
1.642-1.67550.17293500.12927530788098
1.6755-1.7120.17833690.13277568793798
1.712-1.75180.17143980.13017480787898
1.7518-1.79560.17524290.13037433786298
1.7956-1.84420.17074620.11977366782897
1.8442-1.89840.17583850.11777353773896
1.8984-1.95970.17353700.12177203757394
1.9597-2.02980.1783890.12317122751193
2.0298-2.1110.16713970.12727489788698
2.111-2.20710.16483520.12647417776997
2.2071-2.32350.17323820.12817357773996
2.3235-2.46910.18593670.13757331769896
2.4691-2.65970.1744060.14887149755594
2.6597-2.92740.1834110.15546697710888
2.9274-3.3510.1943680.16117197756594
3.351-4.22190.16424160.14517050746693
4.2219-78.2090.16033140.16576805711988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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