PDB-3s55: Crystal structure of a putative short-chain dehydrogenase/reducta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s55

タイトル

Crystal structure of a putative short-chain dehydrogenase/reductase from Mycobacterium abscessus bound to NAD

要素

Putative short-chain dehydrogenase/reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ortholog / SDR

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Mycofactocin-associated mycobacterial dehydrogenases with non-exchangeable NAD cofactors.
著者: Haft, D.H. / Pierce, P.G. / Mayclin, S.J. / Sullivan, A. / Gardberg, A.S. / Abendroth, J. / Begley, D.W. / Phan, I.Q. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Marathias, V.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2011年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s55.cif.gz	792.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s55.ent.gz	653.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s55_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s55_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	3s55_validation.xml.gz	88.4 KB	表示
CIF形式データ	3s55_validation.cif.gz	122.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/3s55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/3s55	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oecSC 3pgxC 3pxxC 3sx2C 3t7cC 3tscC 4rgbC 5ej2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zzs-1 5thq-1 5thq-2 3oec-d 3w8e-1 1ybv-1 6zzq-1 1mxf-d 3ocr-1 6ffb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyabA.01326.f

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

B: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

C: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

D: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

E: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

F: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

G: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

H: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

241 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

B: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

C: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

D: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

F: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

G: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

H: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.360, 84.970, 100.890
Angle α, β, γ (deg.)	81.770, 76.780, 74.230
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	F
2	1	A
3	1	B
4	1	C
5	1	D
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 4 - 278 / Label seq-ID: 7 - 281

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	F	F
2	A	A
3	B	B
4	C	C
5	D	D
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	Putative short-chain dehydrogenase/reductase 分子量: 29408.330 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_1408c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MLR7
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MyabA.01326.f.A1 PW30378 at 27.3 mg/mL against JCSG+ screen condition D10, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 40% PEG 300, direct cryo, crsytal tracking ID 219629d10, VAPOR ...詳細: MyabA.01326.f.A1 PW30378 at 27.3 mg/mL against JCSG+ screen condition D10, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 40% PEG 300, direct cryo, crsytal tracking ID 219629d10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MyabA.01326.f.A1 PW30378 at 27.3 mg/mL against JCSG+ screen condition D10, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 40% PEG 300, direct cryo, crsytal tracking ID 219629d10, VAPOR ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 125503 / Num. obs: 119101 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.864 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.1-2.15		3.6	0.249	5.59	29160	9192	8210	89.3
2.15-2.21			0.237	6.31	33201		8420	92.7
2.21-2.28			0.235	6.6	31420		8121	92
2.28-2.35			0.196	7.33	31803		8022	93.6
2.35-2.42			0.182	7.8	30775		7753	93.8
2.42-2.51			0.184	7.54	29983		7540	94.3
2.51-2.6			0.167	8.04	29277		7362	94.9
2.6-2.71			0.155	8.53	28177		7114	95
2.71-2.83			0.139	8.92	27005		6775	95.5
2.83-2.97			0.115	10.21	25974		6519	95.8
2.97-3.13			0.097	11.56	25194		6322	96.4
3.13-3.32			0.085	12.95	23443		5888	96.5
3.32-3.55			0.073	16.01	22099		5595	96.9
3.55-3.83			0.063	19.45	20391		5225	97.2
3.83-4.2			0.057	20.76	18767		4790	97
4.2-4.7			0.052	22.67	17020		4354	97.6
4.7-5.42			0.061	18.61	15351		3886	98.4
5.42-6.64			0.079	14.28	12953		3265	99
6.64-9.39			0.05	21.25	10070		2558	99.3
	9.39		0.038	28.77	5280		1382	98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 57.1 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.76 Å
Translation	2.5 Å	45.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3oec

3oec

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / WR_factor R_free: 0.2087 / WR_factor R_work: 0.1675 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8391 / SU B: 10.696 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.2591 / SU R_free: 0.2018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	5974	5 %	RANDOM
R_work	0.1893	-	-	-
obs	0.1917	119100	94.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.03 Å² / B_iso mean: 12.2523 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	-0.18 Å²	-0.39 Å²
2-	-	0.4 Å²	0.38 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15649	0	360	1254	17263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	16373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.981	22411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.163	5	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.07	24.505	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.639	15	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.913	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	12121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.628	1.5	10747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.1	2	17196
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.902	3	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.008	4.5	5198

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1867 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	F	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
2	A	LOOSE POSITIONAL	0.28	5
3	B	LOOSE POSITIONAL	0.29	5
4	C	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
5	D	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
6	F	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
7	G	LOOSE POSITIONAL	0.3	5
8	H	LOOSE POSITIONAL	0.24	5
1	F	LOOSE THERMAL	1.81	10
2	A	LOOSE THERMAL	1.93	10
3	B	LOOSE THERMAL	1.53	10
4	C	LOOSE THERMAL	1.4	10
5	D	LOOSE THERMAL	1.73	10
6	F	LOOSE THERMAL	1.81	10
7	G	LOOSE THERMAL	1.61	10
8	H	LOOSE THERMAL	1.57	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	414	-
R_work	0.198	7780	-
all	-	8194	-
obs	-	-	89.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2733	0.021	-0.0009	0.3253	-0.0404	0.5595	0.0141	0.01	0.0282	0.0405	-0.0046	0.0153	-0.058	0.0852	-0.0095	0.0217	-0.0114	-0.0095	0.0175	-0.0016	0.0169	47.9524	-14.9839	50.0718
2	0.3432	-0.0474	0.085	0.1898	-0.0853	0.5542	0.0075	0.0402	-0.0533	-0.0042	0.0008	0.0147	0.0051	0.0694	-0.0084	0.0043	0.0052	-0.0036	0.0209	-0.0111	0.0124	46.7309	-29.4051	21.9794
3	0.3857	-0.0508	0.1782	0.2051	0.0502	0.4843	-0.0232	0.0124	0.0092	-0.0071	0.0079	-0.0008	-0.0277	-0.0414	0.0153	0.0095	0.0057	-0.0092	0.0129	-0.0025	0.0134	14.5863	-22.2508	22.4722
4	0.2524	0.0653	-0.0014	0.2068	-0.0177	0.5883	0.0084	-0.0217	-0.027	-0.0023	-0.0149	-0.0017	-0.0039	-0.061	0.0066	0.0024	0.0038	0.0003	0.0183	0.0039	0.0095	16.8278	-24.9945	53.7053
5	0.3044	-0.0528	-0.0313	0.5152	-0.1458	0.4666	0.0146	0.0272	0.0141	-0.0287	-0.0012	0.0599	0.0682	0.0134	-0.0134	0.0226	-0.0063	-0.0049	0.0102	-0.0002	0.0131	39.0528	-0.2889	-14.8288
6	0.2672	0.0893	-0.062	0.4375	-0.0697	0.3364	0.0146	-0.0324	0.0674	0.0108	-0.0029	0.049	-0.0024	0.0135	-0.0117	0.0053	0.0014	0.0054	0.006	-0.0054	0.025	40.2779	30.3987	-8.5183
7	0.286	0.1305	-0.0925	0.3651	-0.0716	0.3051	-0.005	0.0035	0.0092	-0.0211	-0.0018	-0.0268	0.0033	0.0038	0.0068	0.0066	0.0008	0.0059	0.0138	-0.0018	0.0127	72.4872	28.1086	-16.0819
8	0.2505	0.0934	0.0335	0.4435	-0.0256	0.3193	-0.0128	-0.0342	-0.0184	-0.0131	-0.0114	-0.0671	0.0049	-0.0109	0.0241	0.0126	0.0102	-0.0028	0.0098	-0.0015	0.018	70.2936	-1.3489	-4.9977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 278
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	279
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 278
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	279
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 278
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	279
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 278
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	279
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 278
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	279
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	4 - 278
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	279
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 278
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	279
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	4 - 278
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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