PDB-3s3t: Universal stress protein UspA from Lactobacillus plantarum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s3t

タイトル

Universal stress protein UspA from Lactobacillus plantarum

要素

Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

キーワード

CHAPERONE / structural genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / nucleotide-binding protein / Unknown function

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Universal stress protein UspA from Lactobacillus plantarum.
著者: Osipiuk, J. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s3t.cif.gz	511.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s3t.ent.gz	420.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s3t_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s3t_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	3s3t_validation.xml.gz	56.2 KB	表示
CIF形式データ	3s3t_validation.cif.gz	78.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zskS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1q77-2 4r2j-1 1k1e-1 3cis-1 3cis-4 4iae-3 4hgp-1 1j8d-d 5du6-d 4ppd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC102116

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

B: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

C: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

D: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

E: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

F: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

G: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

H: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

ヘテロ分子

132 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

B: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

C: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

D: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.8 kDa, 4 ポリマー
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2

A: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

C: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

D: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

F: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

G: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

H: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.9 kDa, 4 ポリマー
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5

E: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

G: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

H: Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.015, 56.187, 109.144
Angle α, β, γ (deg.)	102.130, 100.530, 90.360
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family 分子量: 15811.425 Da / 分子数: 8 / 断片: sequence database residues 4-146 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 株: WCFS1 / 遺伝子: lp_1163 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88XN4, UniProt: F9UMW3*PLUS

#1: タンパク質

Nucleotide-binding protein, universal stress protein UspA family

分子量: 15811.425 Da / 分子数: 8 / 断片: sequence database residues 4-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactobacillus plantarum (バクテリア)
株: WCFS1 / 遺伝子: lp_1163 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88XN4, UniProt: F9UMW3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 911分子

#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris buffer, 20% PEG-3000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→32.5 Å / Num. all: 81926 / Num. obs: 81926 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.257 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	6.1	0.561	2.85	2729	0.878	62
1.93-1.97	5.9	0.427		3193	0.85	71.8
1.97-2.01	5.8	0.323		3958	0.789	89.6
2.01-2.05	6.3	0.277		4244	0.793	96.5
2.05-2.09	6.4	0.231		4213	0.843	96.3
2.09-2.14	6.4	0.211		4336	0.834	96.7
2.14-2.19	6.4	0.184		4178	0.891	96.4
2.19-2.25	6.3	0.168		4333	0.959	97
2.25-2.32	6.3	0.158		4285	0.959	97
2.32-2.39	6.3	0.131		4198	0.981	96.9
2.39-2.48	6.3	0.123		4287	1.036	96.7
2.48-2.58	6.3	0.111		4315	1.158	97.1
2.58-2.7	6.2	0.1		4230	1.237	96.8
2.7-2.84	6.2	0.087		4312	1.365	97.3
2.84-3.02	6.2	0.075		4254	1.421	97.1
3.02-3.25	6.2	0.065		4305	1.567	96.9
3.25-3.58	6.1	0.056		4228	1.724	96.4
3.58-4.09	6.1	0.051		4197	1.897	94.7
4.09-5.16	5.7	0.046		4023	2.047	91.7
5.16-50	6.3	0.046		4108	2.85	93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZSK

2zsk

解像度: 1.9→32.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.543 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2207	4103	5 %	RANDOM
R_work	0.1684	-	-	-
all	0.171	81918	-	-
obs	0.171	81918	92.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.14 Å² / B_iso mean: 29.2979 Å² / B_iso min: 10.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	-0.34 Å²	0.73 Å²
2-	-	-0.72 Å²	-1.67 Å²
3-	-	-	1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8800	0	308	886	9994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	9605
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.979	13280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3	14799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.22	5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.218	24.633	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.237	15	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.452	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10753
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.798	1.5	5968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.256	1.5	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.344	2	9751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.186	3	3637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.37	4.5	3478

LS精密化シェル

解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	197	-
R_work	0.268	3867	-
all	-	4064	-
obs	-	4064	62.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8109	-0.6253	-0.256	0.868	0.3836	0.7682	0.0046	-0.2581	0.1099	0.0388	0.0773	-0.1303	-0.0141	0.071	-0.0819	0.0621	-0.0352	0.0188	0.0697	-0.0253	0.0343	9.9264	5.0059	17.1502
2	0.7912	0.6594	0.5408	0.9408	0.9169	1.2433	-0.0645	-0.0597	0.1315	-0.2233	-0.0027	0.1296	-0.4444	-0.1052	0.0672	0.2252	0.0522	0.0064	0.0547	0.0185	0.0915	-10.2589	17.3328	0.901
3	1.0451	0.4381	0.6608	0.7538	0.3105	1.1127	0.1201	0.15	-0.2498	0.0506	0.081	-0.0977	0.0651	0.1016	-0.2011	0.0157	0.0112	-0.0248	0.0449	-0.0396	0.0998	13.1348	-15.165	-4.4648
4	1.5536	0.1034	-0.0549	0.9594	0.4179	1.0496	-0.0129	0.1701	-0.019	-0.0457	0.0486	0.0607	-0.0444	-0.0582	-0.0358	0.0144	-0.017	-0.0209	0.0478	0.0342	0.048	-12.9916	-7.967	-14.3174
5	2.1572	-0.1701	-0.8934	0.4597	0.3458	0.8705	0.029	0.2637	-0.3017	-0.0128	-0.116	-0.0079	0.1022	-0.17	0.087	0.1165	0.0152	-0.0085	0.0563	-0.0378	0.0727	-17.0304	-28.2815	45.0713
6	0.9553	0.1257	0.3445	0.8242	-0.2479	1.3007	0.0463	0.1457	0.0513	-0.2373	-0.157	-0.1777	0.0174	0.081	0.1107	0.1543	0.0961	0.0786	0.087	0.0667	0.0609	3.0289	-10.312	35.1108
7	1.7305	0.679	0.3942	1.0381	0.404	0.8598	0.0697	-0.301	0.1563	0.0203	-0.1568	0.0563	0.081	-0.128	0.0872	0.0186	-0.0143	0.0158	0.0887	-0.036	0.0395	-20.3348	-10.2518	68.1583
8	1.6373	-0.1363	-0.3893	0.5897	0.3747	2.037	0.0182	-0.0474	0.2469	-0.0724	-0.0637	-0.1363	-0.0695	0.167	0.0454	0.0265	-0.0062	-0.0179	0.0388	0.0472	0.1386	5.7771	1.1283	62.1883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 146
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 146

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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