PDB-3s34: Structure of the 1121B Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s34

タイトル

Structure of the 1121B Fab fragment

要素

1121B Fab heavy chain
1121B Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / VEGF receptor domain 3

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Franklin, M.C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The Structural Basis for the Function of Two Anti-VEGF Receptor 2 Antibodies.
著者: Franklin, M.C. / Navarro, E.C. / Wang, Y. / Patel, S. / Singh, P. / Zhang, Y. / Persaud, K. / Bari, A. / Griffith, H. / Shen, L. / Balderes, P. / Kussie, P.

履歴

登録	2011年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Advisory / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s34.cif.gz	179.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s34.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s34_validation.pdf.gz	444.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s34_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	3s34_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	3s34_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s35C 3s36C 3s37C 1yy9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5chn-2 7kzc-1 1ine-d 5ggu-2 4f58-3 1kj3-1 6dwi-1 6nfn-4 6w5d-1 1ind-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: 1121B Fab light chain

H: 1121B Fab heavy chain

ヘテロ分子

46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.426, 66.426, 203.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: 抗体	1121B Fab light chain 分子量: 23245.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): MAMMALIAN KIDNEY CELLS HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	1121B Fab heavy chain 分子量: 23324.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): MAMMALIAN KIDNEY CELLS HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Na/K phosphate, pH 5.5, 40% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月22日
放射	モノクロメーター: Rigaku VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→70 Å / Num. all: 27477 / Num. obs: 26790 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 78.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YY9

1yy9

解像度: 2.2→50.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 9.662 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22311	1345	5 %	RANDOM
R_work	0.18313	-	-	-
obs	0.1852	25334	97.15 %	-
all	-	27461	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0.22 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3223	0	5	278	3506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.952	4482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3.004	5377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.06	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.701	24.286	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.06	15	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.116	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	653
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.214	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.727	1.5	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.127	1.5	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.92	2	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.561	3	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.152	4.5	1064

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	65	-
R_work	0.225	1362	-
obs	-	-	71.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8509	-2.8257	5.16	3.1043	-2.3495	5.7578	0.5257	-0.1763	-0.7325	-0.1485	0.065	0.4902	0.8907	-0.3945	-0.5907	0.0971	-0.0416	-0.0731	-0.1796	0.0445	-0.0313	-35.7813	5.8794	10.5047
2	1.3747	-0.5014	-0.6238	3.7672	2.3569	4.8234	0.0469	-0.2367	0.0089	-0.1166	0.0832	0.0206	-0.2613	0.1623	-0.13	-0.2009	-0.0233	0.0194	-0.1306	0.0259	-0.1657	-21.2385	19.9889	36.5129
3	2.6929	-0.5591	2.2759	2.5273	0.7153	5.5005	-0.0047	-0.0162	0.2296	0.1108	-0.0717	-0.235	-0.1236	-0.037	0.0764	-0.1744	0.0413	-0.0072	-0.1916	0.0325	-0.1405	-35.3639	27.3341	2.588
4	4.0639	0.5845	-0.4957	6.1219	-0.5836	2.2481	0.0424	-0.323	-0.2027	0.3126	-0.1	-0.1919	0.0693	0.2202	0.0576	-0.2099	-0.055	0.0169	-0.1127	-0.0186	-0.1727	-8.924	25.3673	27.3488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	110 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	117 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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