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- PDB-3s2f: Crystal Structure of FurX NADH:Furfural -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s2f
タイトルCrystal Structure of FurX NADH:Furfural
要素Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / FurX
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / nucleotide binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FURFURAL / PHOSPHORYLISOPROPANE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hayes, R. / Sanchez, E.J. / Webb, B.N. / Hooper, T. / Nissen, M.S. / Li, Q. / Xun, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures and furfural reduction mechanism of a bacterial zinc-dependent alcohol dehydrogenase
著者: Hayes, R. / Sanchez, E.J. / Webb, B.N. / Hooper, T. / Nissen, M.S. / Li, Q. / Xun, L.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
B: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
C: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
D: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
E: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
F: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
G: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
H: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,09250
ポリマ－286,1028
非ポリマー5,99042
水40,0832225
1
A: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
D: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
F: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
G: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,04625
ポリマ－143,0514
非ポリマー2,99521
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14830 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area47090 Å2
手法PISA
2
B: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
C: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
E: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
H: Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,04625
ポリマ－143,0514
非ポリマー2,99521
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14840 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area47040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.271, 92.854, 117.690
Angle α, β, γ (deg.)106.080, 89.970, 89.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily


分子量: 35762.754 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: JMP134 / LMG 1197 / 遺伝子: Reut_B3677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46UZ9

-
非ポリマー , 6種, 2267分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ISP / PHOSPHORYLISOPROPANE / りん酸イソプロピル


分子量: 140.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O4P
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#6: 化合物
ChemComp-FU2 / FURFURAL / フルフラ-ル


分子量: 96.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.88→46 Å / Num. all: 209479 / Num. obs: 166925 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→45.984 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8576 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 22.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 1558 93 %
Rwork0.1818 --
obs0.1821 166925 88.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.151 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.47 Å2 / Biso mean: 26.0212 Å2 / Biso min: 8.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2468 Å20.5191 Å20.6619 Å2
2---1.7967 Å21.7509 Å2
3----0.4501 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20120 0 306 2225 22651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95428388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0873212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1697568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.06460.2671220.2598124871260974
2.0646-2.13830.30181140.2471134981361280
2.1383-2.2240.31691360.2287141761431284
2.224-2.32520.26381430.2196142831442685
2.3252-2.44780.27961360.1986149611509788
2.4478-2.60110.26461370.199150461518389
2.6011-2.80190.20291480.1884156041575292
2.8019-3.08380.22681440.1844159601610494
3.0838-3.52990.18761600.1719162531641396
3.5299-4.44670.16991610.1427164691663097
4.4467-45.99620.17671570.1574166301678798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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