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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s20 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cerulenin bound Xanthomonas campestri OleA (soak) | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-[ACP] synthase III | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Non-decarboxylative Claisen Condensation Reaction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8796 Å | ||||||
データ登録者 | Goblirsch, B.R. / Wilmot, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Crystal Structures of Xanthomonas campestris OleA Reveal Features That Promote Head-to-Head Condensation of Two Long-Chain Fatty Acids. 著者: Goblirsch, B.R. / Frias, J.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s20.cif.gz | 280.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s20.ent.gz | 225.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3s20_validation.pdf.gz | 462.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3s20_full_validation.pdf.gz | 474.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3s20_validation.xml.gz | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3s20_validation.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s20 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37306.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 遺伝子: fabH, XCC0212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PDX2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 18% PEG 8000, 80 mM potassium phosphate dibasic, 100 mM sodium citrate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8796→50 Å / Num. all: 59154 / Num. obs: 59154 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 40.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8796→1.91 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 3ROW 解像度: 1.8796→30.487 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.547 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8796→30.487 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -12.1328 Å / Origin y: 15.2037 Å / Origin z: -14.4082 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A') or (chain 'B') |