PDB-3s0d: Apis mellifera OBP 14 in complex with the citrus odorant citralva...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s0d

タイトル

Apis mellifera OBP 14 in complex with the citrus odorant citralva (3,7-dimethylocta-2,6-dienenitrile)

要素

OBP14

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / unknown odorant molecules / antennae

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Apis mellifera OBP14, a C-minus odorant-binding protein, and its complexes with odorant molecules.
著者: Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Legrand, P. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

履歴

登録	2011年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s0d.cif.gz	70.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s0d.ent.gz	52.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s0d_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s0d_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	3s0d_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	3s0d_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rzsC 3s0aSC 3s0bC 3s0eC 3s0fC 3s0gC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s0f-2 3s0f-1 3s0e-d 2qgv-9 2mot-d 3s0g-1 5a1m-d 1oog-1 3rzs-d 1ooi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OBP14

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.400, 37.860, 86.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OBP14 / odorant binding protein 14 分子量: 13553.611 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-135 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 遺伝子: NP_001035313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1W640
#2: 化合物	ChemComp-CTV / (2Z)-3,7-dimethylocta-2,6-dienenitrile / citralva / (2Z)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエンニトリル分子量: 149.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.8 詳細: 1.8-1.9 M tri-sodium citrate, 25 mM CHES, pH 9.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8265
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8265 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→45.1 Å / Num. all: 30933 / Num. obs: 30933 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 10.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.24→1.27 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2517 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S0A

3s0a

解像度: 1.24→43.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.354 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18346	922	3 %	RANDOM
R_work	0.15869	-	-	-
all	0.15942	29803	-	-
obs	0.15942	29803	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.281 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.046 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→43.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	943	0	11	171	1125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.996	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.891	3	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.219	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.366	27.955	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.18	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.358	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.011	1.5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.319	1.5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.68	2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.714	3	404
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.221	4.5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.995	3	1743

LS精密化シェル

解像度: 1.24→1.272 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.472	67	-
R_work	0.354	2160	-
obs	-	2160	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.3633	1.2075	0.8083	2.2329	1.6269	3.2013	0.0844	0.0104	0.0702	0.3112	-0.0874	-0.0029	0.2948	-0.0245	0.003	0.0721	-0.0019	0.0076	0.0175	0.0025	0.016	16.053	3.4921	29.5034
2	0.1057	-0.4511	-0.1232	3.0743	-0.9317	0.2906	0.0069	0.0114	0.0488	0.0007	-0.0227	-0.0824	0.0331	0.0524	0.0158	0.0312	0.0027	0.0025	0.0315	0.0043	0.0312	18.2125	16.4627	24.5735
3	0.4715	0.4507	0.0314	1.6243	-0.3488	2.2521	0.0186	-0.0118	0.0145	0.0565	-0.0565	-0.1274	-0.0549	0.1074	0.0379	0.0136	0.0017	0.001	0.0282	-0.0036	0.0335	19.0174	24.9886	31.5804
4	0.7008	0.0989	0.8199	0.5306	-0.9202	1.2756	-0.0543	-0.1412	0.1521	0.1187	0.0177	0.0035	-0.0945	-0.0386	0.0366	0.0395	0.0076	-0.0054	0.03	-0.0143	0.0473	11.539	24.1056	35.9701
5	1.2331	0.0572	0.2829	0.3969	0.3901	0.485	-0.0432	0.0459	0.0813	-0.022	0.0497	0.0308	-0.0165	0.0145	-0.0065	0.0298	-0.0025	0	0.0259	0.0049	0.0325	10.6383	24.2408	26.0629
6	3.5481	-0.3576	1.1218	-0.2779	-0.5749	1.3161	0.0309	0.0543	-0.194	-0.0767	0.0184	0.0476	0.1078	-0.0228	-0.0493	0.0327	-0.0106	-0.0127	0.015	-0.0042	0.0589	4.4656	14.8254	21.2097
7	3.6253	1.7184	2.5918	1.8068	-1.0351	3.5347	0.2743	-0.3228	0.1245	-0.0935	0.0356	0.2313	0.4498	-0.4586	-0.3099	0.0475	-0.0455	-0.0176	0.0629	0.0113	0.0089	-1.1825	10.5775	27.1311
8	6.244	1.1699	-2.7725	0.6167	0.0158	1.8048	-0.2305	-0.0783	-0.1366	-0.0896	0.1674	-0.1014	0.2184	-0.0681	0.0631	0.0678	-0.0467	0.0171	0.0924	-0.0159	0.0089	3.7091	3.1028	37.2966
9	-0.7562	-0.1904	0.5775	5.1013	-2.2556	3.129	0.0347	-0.0643	0.0883	-0.1115	-0.0082	0.1641	0.261	-0.2342	-0.0264	0.0149	-0.0105	0.0029	0.0496	0.0098	0.0456	-3.5762	10.9746	37.2227
10	1.8517	0.2519	-0.7564	1.293	-0.2007	1.4517	0.0543	-0.0096	0.0479	-0.106	0.0464	0.164	0.0088	-0.0842	-0.1006	0.0164	0.0043	-0.0074	0.0341	0.0192	0.0552	-1.1251	25.4889	28.834
11	-0.7446	-0.7245	0.0675	4.9742	-0.9753	2.6963	0.024	-0.0036	0.002	0.1132	-0.0281	0.2495	0.0251	-0.0305	0.0041	0.0147	-0.0023	0.0049	0.0351	-0.0009	0.0438	4.4209	19.1526	36.6715
12	0.9686	0.1297	0.8318	0.0654	-0.2051	0.6614	0.0504	-0.0042	-0.0432	-0.0167	-0.0131	-0.0089	0.0788	0.0224	-0.0373	0.0522	0.0035	0.0009	0.0267	0.0004	0.0187	14.3597	9.8965	38.878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	31 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	41 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	51 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	61 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	71 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	81 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	91 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	101 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	110 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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