PDB-3s0b: Apis mellifera OBP14 in complex with the fluorescent probe 1-N-ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s0b

タイトル

Apis mellifera OBP14 in complex with the fluorescent probe 1-N-phenylnaphthylamine (NPN)

要素

OBP14

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / unknown odorant molecules / antennae

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Apis mellifera OBP14, a C-minus odorant-binding protein, and its complexes with odorant molecules.
著者: Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Legrand, P. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

履歴

登録	2011年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s0b.cif.gz	69.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s0b.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rzsC 3s0aSC 3s0dC 3s0eC 3s0fC 3s0gC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s0f-1 3rzs-d 3s0g-1 3s0d-d 3a7l-d 5nyn-d 5nyl-1 3r5r-1 1blv-d 3s0e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OBP14

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.380, 37.110, 89.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OBP14 / odorant binding protein 14 分子量: 13553.611 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-135 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 遺伝子: NP_001035313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1W640
#2: 化合物	ChemComp-FNA / N-phenylnaphthalen-1-amine / N-フェニル-1-ナフチルアミン分子量: 219.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃N
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.8 詳細: 1.8-1.9 M tri-sodium citrate, 25 mM CHES, pH 9.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8265
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8265 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→45 Å / Num. all: 32858 / Num. obs: 32858 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 12 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.22→1.25 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2387 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S0A

3s0a

解像度: 1.22→44.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.392 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18347	1666	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16697	-	-	-
all	0.16783	31192	-	-
obs	0.16783	31192	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.044 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→44.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	943	0	17	172	1132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.513	1.999	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.001	3	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.311	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.59	27.907	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.645	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.165	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.197	1.5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.479	1.5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.99	2	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.903	3	391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.561	4.5	343
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.309	3	1701

LS精密化シェル

解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	121	-
R_work	0.264	2260	-
obs	-	2260	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.365	-0.5564	0.1675	0.8921	0.0588	3.1268	0.0483	0.0281	-0.0301	-0.0873	-0.0551	0.0325	0.1248	0.0201	0.0068	0.0795	-0.0028	0.0153	0.0228	-0.0006	0.045	-15.022	-16.851	13.635
2	0.3604	-0.0853	0.293	1.7115	0.3823	0.3589	-0.0011	0.0009	-0.0009	-0.041	-0.0053	0.0495	-0.008	0.0013	0.0064	0.0535	-0.0042	0.0166	0.0222	-0.0016	0.0582	-18.452	-4.508	19.706
3	0.7046	-0.06	-0.2859	0.6302	-0.2186	1.0324	-0.0021	0.0609	0.0112	0.0136	-0.0186	0.0657	-0.0783	-0.0876	0.0206	0.0362	0.0032	-0.0035	0.0366	0.0013	0.0545	-19.163	4.635	13.014
4	0.987	0.5264	0.7419	1.0915	0.7923	1.8553	0.0265	0.1426	0.0072	-0.0448	0.0131	-0.0209	-0.0819	0.0627	-0.0397	0.0377	-0.0049	0.0048	0.0386	-0.0032	0.039	-11.608	4.128	8.428
5	0.578	-0.4681	0.1362	0.8481	0.0206	1.0224	0.0159	-0.0205	0.0114	0.0062	0.0113	0.0055	-0.027	0.0177	-0.0272	0.04	-0.0031	0.0066	0.0291	-0.0101	0.0513	-10.853	3.229	18.43
6	1.3023	0.4566	0.0335	0.9207	-0.5403	1.6195	-0.021	-0.0723	0.0228	0.1173	-0.1643	-0.0528	0.1282	0.1463	0.1854	0.0712	-0.0029	0.0036	0.0506	0.0186	0.0511	-3.843	-6.213	21.663
7	0.8118	1.0803	-0.3573	4.1467	0.7929	1.1947	0.0967	-0.0437	-0.0389	-0.1118	-0.1859	-0.3189	0.0997	0.0391	0.0891	0.144	0.0619	0.0889	0.0598	0.041	0.1117	1.139	-9.986	15.772
8	4.2298	-1.1404	-2.8876	0.8866	0.4874	3.0429	-0.0745	0.0482	-0.0744	0.0395	0.0423	0.0718	0.1827	0.0086	0.0322	0.0525	-0.0083	0.0171	0.0516	-0.0175	0.0183	-3.451	-16.086	4.925
9	0.0109	0.0424	0.0753	9.0286	1.0008	0.5906	-0.006	0.0035	0.0111	0.0782	0.009	-0.1991	0.1563	0.0483	-0.0029	0.0502	0.0016	0.0134	0.0799	-0.0546	0.0904	3.884	-8.55	6.322
10	2.1956	-0.4629	-0.3539	0.2246	0.0682	0.0574	0.0281	0.0747	0.1545	0.0693	-0.007	-0.0663	-0.0078	-0.0135	-0.0211	0.048	-0.0109	-0.009	0.0778	-0.0276	0.0655	0.887	4.769	16.239
11	0.6204	1.0686	-0.718	3.0188	0.6422	3.8383	0.0241	-0.0476	-0.0168	-0.0265	-0.0226	-0.0361	-0.0853	0.1712	-0.0016	0.0161	0.0379	-0.0217	0.13	-0.0644	0.0349	-4.331	-0.099	7.367
12	7.9224	0.1537	1.3557	0.9977	0.9473	1.087	-0.04	0.128	-0.076	0.0998	0.0384	0.0121	0.1022	0.0481	0.0016	0.1282	-0.028	-0.0019	0.0484	-0.0204	0.0125	-14.061	-9.524	4.308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	31 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	41 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	51 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	61 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	71 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	81 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	91 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	101 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	110 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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