PDB-3s0a: Apis mellifera OBP14, native apo-protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s0a

タイトル

Apis mellifera OBP14, native apo-protein

要素

OBP14

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / unknown odorant molecules / antennae

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Apis mellifera OBP14, a C-minus odorant-binding protein, and its complexes with odorant molecules.
著者: Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Legrand, P. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

履歴

登録	2011年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s0a.cif.gz	68.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s0a.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s0a_validation.pdf.gz	413.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s0a_full_validation.pdf.gz	413.7 KB	表示
XML形式データ	3s0a_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	3s0a_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rzsSC 3s0bC 3s0dC 3s0eC 3s0fC 3s0gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rzs-d 3s0d-d 3s0f-1 3s0g-1 3zrg-d 3fr2-d 1lic-d 3s0g-2 5ol5-1 3s0f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OBP14

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.410, 37.990, 86.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OBP14 / odorant binding protein 14 分子量: 13553.611 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-135 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 遺伝子: NP_001035313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1W640
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.8 詳細: 1.8-1.9 M tri-sodium citrate, 25 mM CHES, pH 9.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8265
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8265 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→45.1 Å / Num. all: 37980 / Num. obs: 37980 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 10.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.15→1.18 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2422 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RZS

3rzs

解像度: 1.15→43.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.142 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17797	1900	5 %	RANDOM
R_work	0.15484	-	-	-
all	0.15602	36080	-	-
obs	0.15602	36080	98.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.414 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.62 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.038 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→43.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	943	0	0	174	1117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.99	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.939	3	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.165	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.52	27.907	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.282	15	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.59	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.196	1.5	633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.385	1.5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.938	2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.043	3	392
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.68	4.5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.132	3	1725

LS精密化シェル

解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	128	-
R_work	0.278	2290	-
obs	-	2290	86.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.347	0.6833	0.8573	2.2944	0.9768	2.7862	0.0657	0.0239	0.0535	0.2585	-0.0641	0.0081	0.2291	-0.0502	-0.0016	0.0774	0.0003	0.0154	0.0085	-0.0037	0.01	16.076	3.6486	29.3747
2	-0.002	-0.3908	-0.0735	2.777	-0.629	0.3918	-0.009	0.0082	0.0355	0.0166	0.0151	-0.06	0.0316	0.0454	-0.0061	0.0295	-0.0023	0.0031	0.0265	0.0066	0.0278	18.2693	16.6159	24.632
3	0.1607	0.642	0.1966	1.7587	-0.1157	2.4276	0.031	0.0043	-0.0158	0.0705	-0.0402	-0.1415	-0.0695	0.0876	0.0092	0.0192	0.0011	-0.0118	0.0266	0.0038	0.0364	19.1875	25.1344	31.7697
4	0.8408	-0.1701	0.986	0.3201	-1.0043	1.0361	-0.0156	-0.1472	0.1476	0.1215	0.0034	0.0491	-0.0796	0.005	0.0122	0.0566	0.0042	-0.0028	0.0219	-0.0142	0.0579	11.5744	24.2945	36.1154
5	1.406	-0.0935	0.3538	0.9172	0.7148	0.4988	-0.061	0.0391	0.0712	-0.0144	0.0547	0.0488	-0.0087	0.0235	0.0063	0.0214	-0.0092	-0.0081	0.0225	0.0264	0.0454	10.6784	24.3429	26.3656
6	2.1937	0.1999	0.9796	-0.3164	-0.4571	1.9743	0.0067	0.029	-0.1629	-0.0674	0.0189	0.0262	0.1007	-0.0519	-0.0256	0.0255	-0.0127	-0.0303	0.0038	0.0051	0.0749	4.3997	15.0005	21.3281
7	2.3598	0.8691	3.6595	3.4179	-2.2502	4.194	0.2216	-0.3623	0.08	-0.1807	0.1599	0.2098	0.4486	-0.5681	-0.3814	0.0405	-0.0413	-0.0079	0.0775	0.0255	0.0146	-1.1393	11.0066	27.068
8	4.6201	0.5827	-1.6413	0.5004	0.0233	1.878	-0.1759	-0.0839	-0.0687	-0.0684	0.1459	-0.1023	0.1498	-0.0629	0.03	0.0494	-0.0233	0.0192	0.048	-0.0133	0.0126	3.8845	3.0878	37.3525
9	-0.5537	-0.4567	0.5005	3.9922	-2.1334	2.032	-0.0001	-0.0392	0.0671	-0.0821	0.0504	0.0872	0.0884	-0.1081	-0.0503	0.0185	-0.0031	0.002	0.0437	0.0235	0.037	-3.547	10.9796	37.3931
10	1.0873	0.5537	-0.558	0.4444	-0.4601	1.7911	0.0321	0.0006	0.0563	-0.0929	0.0559	0.1479	0.0184	-0.1324	-0.088	0.021	0.0085	-0.0174	0.04	0.0516	0.0852	-1.1501	25.5966	29.0126
11	-0.3429	0.0243	0.0968	2.0393	-1.0686	3.2317	0.0262	-0.0174	0.0632	0.0668	-0.036	0.0813	0.0515	-0.063	0.0098	0.018	-0.0049	0.0152	0.031	0.0217	0.0409	4.471	19.2953	36.9108
12	0.5462	-0.2646	0.6123	0.6778	-0.2323	0.3442	0.0337	0.0096	-0.019	-0.009	-0.0139	0.004	0.0844	0.0278	-0.0198	0.065	0.0142	-0.0093	0.0308	0.0139	0.0051	14.3636	10.0182	38.8647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	31 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	41 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	51 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	61 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	71 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	81 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	91 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	101 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	110 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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