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- PDB-3rw6: Structure of nuclear RNA export factor TAP bound to CTE RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rw6
タイトルStructure of nuclear RNA export factor TAP bound to CTE RNA
要素
  • Nuclear RNA export factor 1
  • constitutive transport element(CTE)of Mason-Pfizer monkey virus RNA
キーワードTRANSPORT PROTEIN/RNA / retroviral constitutive transport element (CTE) / RNA recognition motif (RRM) / leucine-rich repeat (LRR) motif / TRANSPORT PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / cytoplasmic stress granule ...nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote ...Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / UBA-like superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / RNA-binding domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nuclear RNA export factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Teplova, M. / Khin, N.W. / Patel, D.J. / Izaurralde, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure-function studies of nucleocytoplasmic transport of retroviral genomic RNA by mRNA export factor TAP.
著者: Teplova, M. / Wohlbold, L. / Khin, N.W. / Izaurralde, E. / Patel, D.J.
履歴
登録2011年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear RNA export factor 1
H: constitutive transport element(CTE)of Mason-Pfizer monkey virus RNA
F: constitutive transport element(CTE)of Mason-Pfizer monkey virus RNA
B: Nuclear RNA export factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5904
ポリマ－101,5904
非ポリマー00
水2,432135
1
A: Nuclear RNA export factor 1
H: constitutive transport element(CTE)of Mason-Pfizer monkey virus RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7952
ポリマ－50,7952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
2
F: constitutive transport element(CTE)of Mason-Pfizer monkey virus RNA
B: Nuclear RNA export factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7952
ポリマ－50,7952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.412, 117.048, 84.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear RNA export factor 1 / Tip-associated protein / Tip-associating protein / mRNA export factor TAP


分子量: 30509.930 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 96-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NXF1, TAP, TAP (NXF1) / プラスミド: T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UBU9
#2: RNA鎖 constitutive transport element(CTE)of Mason-Pfizer monkey virus RNA


分子量: 20284.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: enzymatic synthesis
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 2 M ammonium acetate, 0.1 M Na acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 44640 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.382.90.23142040.869192.3
2.38-2.483.10.20743071.011193.3
2.48-2.593.40.18143301.033194.2
2.59-2.733.70.16144211.04195.7
2.73-2.94.20.12944671.035197.1
2.9-3.124.90.09645261.069197.9
3.12-3.445.50.07945761.049199.1
3.44-3.936.10.07145991.053199.4
3.93-4.956.60.06246081.004199.4
4.95-506.90.06346021.042197.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3RW7 and an idealized A-form RNA 7-nt duplex

3rw7


解像度: 2.3→37.866 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 30.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 2256 5.06 %
Rwork0.2033 --
obs0.2059 44618 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.263 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 125.6 Å2 / Biso mean: 48.4009 Å2 / Biso min: 19.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.0013 Å2-0 Å21.5355 Å2
2---14.034 Å2-0 Å2
3----6.9673 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3959 2680 0 135 6774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33810138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7192815
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2966-2.34650.40231120.35482454256690
2.3465-2.40110.38921510.32882524267593
2.4011-2.46110.37261420.30962498264093
2.4611-2.52760.31031320.2952612274494
2.5276-2.6020.32321390.28522584272395
2.602-2.6860.35691240.28742628275296
2.686-2.78190.35711350.27242654278996
2.7819-2.89330.29841480.25112656280498
2.8933-3.02490.30641460.24072673281998
3.0249-3.18430.28651560.20862668282498
3.1843-3.38370.24871200.20452763288399
3.3837-3.64480.22711500.18182722287299
3.6448-4.01120.18461540.161227202874100
4.0112-4.59080.22081570.14922738289599
4.5908-5.78060.21420.14092742288499
5.7806-37.87120.19541480.14332726287497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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