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- PDB-3puq: CEKDM7A from C.Elegans, complex with alpha-KG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3puq
タイトルCEKDM7A from C.Elegans, complex with alpha-KG
要素Lysine-specific demethylase 7 homolog
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / DEMETHYLASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HDMs demethylate histones / Condensation of Prophase Chromosomes / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / mitochondrial unfolded protein response / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / transcription coregulator activity / histone binding / chromatin remodeling ...HDMs demethylate histones / Condensation of Prophase Chromosomes / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / mitochondrial unfolded protein response / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / transcription coregulator activity / histone binding / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1360 / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Herpes Virus-1 / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1360 / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Herpes Virus-1 / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Lysine-specific demethylase 7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Yang, Y. / Wang, P. / Xu, W. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2011
タイトル: Oncometabolite 2-hydroxyglutarate is a competitive inhibitor of alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenases
著者: Xu, W. / Yang, H. / Liu, Y. / Yang, Y. / Wang, P. / Kim, S.-H. / Ito, S. / Yang, C. / Wang, P. / Xiao, M.-T. / Liu, L.-X. / Jiang, W.-Q. / Liu, J. / Zhang, J.-Y. / Wang, B. / Frye, S. / ...著者: Xu, W. / Yang, H. / Liu, Y. / Yang, Y. / Wang, P. / Kim, S.-H. / Ito, S. / Yang, C. / Wang, P. / Xiao, M.-T. / Liu, L.-X. / Jiang, W.-Q. / Liu, J. / Zhang, J.-Y. / Wang, B. / Frye, S. / Zhang, Y. / Xu, Y.-H. / Lei, Q.-Y. / Guan, K.-L. / Zhao, S.-M. / Xiong, Y.
履歴
登録2010年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 7 homolog
C: Lysine-specific demethylase 7 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,74112
ポリマ－123,8912
非ポリマー85010
水14,826823
1
A: Lysine-specific demethylase 7 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3706
ポリマ－61,9451
非ポリマー4255
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Lysine-specific demethylase 7 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3706
ポリマ－61,9451
非ポリマー4255
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.592, 78.138, 102.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 7 homolog / LYSINE DEMETHYLASE / ceKDM7A / PHD finger protein 8 homolog / PHF8 homolog


分子量: 61945.496 Da / 分子数: 2 / 断片: PHD domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: F29B9.2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9GYI0, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase

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非ポリマー , 5種, 833分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 18% PEG 10000, 0.1M BIS-TRIS, 0.2M SODIUM FORMATE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月2日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 69782 / % possible obs: 99.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→50 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 3531 5.06 %
Rwork0.1875 --
obs0.1893 69782 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.673 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9219 Å20 Å2-2.4484 Å2
2---2.0521 Å20 Å2
3----2.8698 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7751 0 38 823 8612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0410773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0412952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.27550.31251340.242275X-RAY DIFFRACTION86
2.2755-2.3080.25721180.2152584X-RAY DIFFRACTION95
2.308-2.34240.2831560.21242546X-RAY DIFFRACTION96
2.3424-2.3790.28251460.21142579X-RAY DIFFRACTION97
2.379-2.4180.24941320.21732588X-RAY DIFFRACTION97
2.418-2.45970.24441540.19112616X-RAY DIFFRACTION98
2.4597-2.50440.19471560.1892605X-RAY DIFFRACTION98
2.5044-2.55260.26481250.18842628X-RAY DIFFRACTION98
2.5526-2.60470.22721480.20452708X-RAY DIFFRACTION99
2.6047-2.66130.27131320.19862638X-RAY DIFFRACTION99
2.6613-2.72320.25351370.20082670X-RAY DIFFRACTION99
2.7232-2.79130.26951460.20522683X-RAY DIFFRACTION99
2.7913-2.86670.26631420.20182661X-RAY DIFFRACTION100
2.8667-2.9510.25631390.19682678X-RAY DIFFRACTION100
2.951-3.04620.25471350.20072713X-RAY DIFFRACTION100
3.0462-3.15510.2461350.20152708X-RAY DIFFRACTION100
3.1551-3.28130.25021470.19122691X-RAY DIFFRACTION100
3.2813-3.43060.21641240.17622716X-RAY DIFFRACTION100
3.4306-3.61130.18211660.17362671X-RAY DIFFRACTION100
3.6113-3.83740.19571510.15772710X-RAY DIFFRACTION100
3.8374-4.13340.191320.15942729X-RAY DIFFRACTION100
4.1334-4.54870.18411520.14732692X-RAY DIFFRACTION100
4.5487-5.20560.17251390.1592749X-RAY DIFFRACTION100
5.2056-6.55330.20731490.18182732X-RAY DIFFRACTION100
6.5533-500.17911360.19322681X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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