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- PDB-3rvh: Crystal Structure of JMJD2A Complexed with Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rvh
タイトルCrystal Structure of JMJD2A Complexed with Inhibitor
要素Lysine-specific demethylase 4A
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase Inhibitor / Oxidoreductase / jmjC Domain / Chromatin Regulator / Dioxygenase / Transcription / Iron / 2-oxoglutarate / alpha-ketoglutarate / Demethylation / Nucleus / Oxidoreductase-Oxidoreductase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of autophagy / response to nutrient levels / HDMs demethylate histones / fibrillar center / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HQ2 / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者King, O.N.F. / Maloney, D.J. / Tumber, A. / Rai, G. / Jadhav, A. / Clifton, I.J. / Heightman, T.D. / Simeonov, A. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of JMJD2A Complexed with Inhibitor
著者: King, O.N.F. / Maloney, D.J. / Tumber, A. / Rai, G. / Jadhav, A. / Clifton, I.J. / Heightman, T.D. / Simeonov, A. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2011年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4A
B: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,63210
ポリマ－88,6532
非ポリマー9798
水6,413356
1
A: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8165
ポリマ－44,3261
非ポリマー4894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8165
ポリマ－44,3261
非ポリマー4894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.820, 149.340, 57.154
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A


分子量: 44326.273 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KDM4A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

-
非ポリマー , 5種, 364分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-HQ2 / 8-hydroxy-3-(piperazin-1-yl)quinoline-5-carboxylic acid


分子量: 273.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N3O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M CITRATE, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, 2:1 Protein:Well, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 41678 / Num. obs: 41678 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 0.887 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.294.40.62120300.738199
2.29-2.334.60.53620250.778199.6
2.33-2.384.60.49420780.773199.4
2.38-2.424.70.4320510.749199.5
2.42-2.484.70.39120340.796199.4
2.48-2.534.70.35120530.793199.8
2.53-2.64.70.30420780.788199.8
2.6-2.674.80.25920410.817199.8
2.67-2.754.70.20420420.87199.7
2.75-2.834.70.17920780.9199.9
2.83-2.944.80.1520610.935199.9
2.94-3.054.80.11420971.048199.8
3.05-3.194.80.08920771.079199.9
3.19-3.364.80.0820820.9891100
3.36-3.574.90.07520980.9511100
3.57-3.854.80.07121030.7771100
3.85-4.234.80.05820970.9881100
4.23-4.854.70.04721521.0571100
4.85-6.14.60.04121510.9561100
6.1-504.50.03422500.91198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OX0

2ox0


解像度: 2.251→45.385 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 2117 5.08 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.1781 41635 99.68 %-
all-41635 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.788 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 144.08 Å2 / Biso mean: 44.0446 Å2 / Biso min: 15.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0506 Å20 Å20 Å2
2--0.7829 Å2-0 Å2
3---1.2677 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→45.385 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5620 0 56 356 6032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0688115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1432165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.251-2.3030.33141260.23892575270199
2.303-2.36060.26951380.221125892727100
2.3606-2.42450.27971350.219226092744100
2.4245-2.49580.31791310.210625962727100
2.4958-2.57630.27571620.215925962758100
2.5763-2.66840.27811290.201325902719100
2.6684-2.77520.25471530.196125882741100
2.7752-2.90150.26281240.200526272751100
2.9015-3.05450.24921540.18626332787100
3.0545-3.24580.2141530.170626112764100
3.2458-3.49630.24661310.180226602791100
3.4963-3.8480.19641340.170426622796100
3.848-4.40440.20931500.142626762826100
4.4044-5.54750.15651480.133926922840100
5.5475-45.39430.20421490.18132814296399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0451-0.01820.00770.0077-0.00260.0016-0.2769-0.50410.38170.7902-0.16550.9376-0.0775-0.49820.05390.7906-0.2334-0.07410.69650.00580.8175-49.7519-35.3671-20.7297
21.3743-0.4539-0.01051.5882-0.2441.4060.34691.0895-0.0612-0.9111-0.5340.31170.20740.07560.01570.42430.1635-0.09140.4863-0.00610.1735-35.7068-22.6985-34.3159
31.53580.3872-0.05571.256-0.80391.3580.39020.6508-0.0845-0.2778-0.3681-0.45930.34340.60640.15790.23710.10760.19510.56230.12120.2276-13.1097-27.7652-24.2572
41.4907-0.67910.30951.54910.05340.54090.19780.35190.2033-0.3359-0.2816-0.0105-0.06410.2030.05920.23980.04580.0180.3250.05260.1917-28.4979-17.8213-26.3339
53.71310.1930.67883.5706-0.66653.3888-0.1138-0.5669-0.18770.51-0.24060.0058-0.09870.23690.35740.402-0.02350.07140.32830.00510.2769-29.6029-27.5712-5.6761
62.68691.7758-0.72374.03830.1122.3230.1058-0.0457-0.20530.0071-0.2195-0.5608-0.07620.11060.01420.2146-0.02410.05020.22050.02390.2587-24.9301-35.0402-12.3552
72.3412-1.10320.43422.0121-0.97891.05580.1940.1474-0.0937-0.2518-0.18690.24210.03820.1068-0.00020.19960.0032-0.03250.2448-0.03940.2012-33.5795-23.5018-22.0184
81.6724-1.0742-1.04692.667-0.13672.2250.0749-0.0698-0.20850.2253-0.00050.2406-0.2309-0.2909-0.04460.27770.0349-0.02820.3085-0.06470.4143-47.274-13.6944-13.1023
92.4819-0.42420.91751.0563-0.81830.78440.1207-0.3517-0.14670.3077-0.3231-0.8114-0.20960.585-0.08230.5366-0.29850.05581.089-0.25551.4866-18.9667-43.0180.9421
103.0702-0.2343-0.45742.2665-0.2551.70040.09850.44360.0147-0.72210.0604-0.57880.33290.1194-0.1340.4856-0.00990.04920.22610.00150.2298-31.2061-55.132-9.8124
110.9412-0.20290.161.19850.90511.1556-0.10870.00580.0018-0.13230.17740.48810.2267-0.51240.05350.3042-0.1984-0.13470.4260.04250.2796-56.3436-56.03663.0524
122.6616-0.67721.01820.65650.76942.5973-0.00290.1730.4421-0.40490.14640.3523-0.1477-0.34840.08580.2983-0.0203-0.12530.33710.14920.3238-54.3548-41.438-1.6102
131.6664-0.07670.00360.88380.11731.33070.0742-0.0464-0.2774-0.29510.1226-0.14730.5822-0.1476-0.13190.4271-0.0555-0.06580.1534-0.00040.2531-39.958-61.0017-0.834
143.37230.6838-1.17192.55450.10652.79650.0793-0.9890.20450.4976-0.1828-0.104-0.25720.07320.20570.3379-0.0248-0.08070.4355-0.04820.3817-38.1357-48.004417.9859
150.9977-0.4756-0.34071.4498-0.15951.39090.0138-0.01840.0837-0.0820.1211-0.22540.1144-0.03-0.08520.2221-0.0541-0.02510.14550.0030.2523-38.9727-48.76082.277
161.8665-0.99651.07122.7822-0.58391.8595-0.0649-0.16970.02470.0506-0.0338-0.09070.1259-0.0266-0.00130.28670.0464-0.02580.28590.01380.4133-22.8558-61.561212.996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 3:11)A3 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 12:70)A12 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 71:123)A71 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 124:213)A124 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 214:240)A214 - 240
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 241:254)A241 - 254
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 255:307)A255 - 307
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 308:353)A308 - 353
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 5:9)B5 - 9
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 10:64)B10 - 64
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 65:103)B65 - 103
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 104:128)B104 - 128
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 129:211)B129 - 211
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 212:241)B212 - 241
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 242:294)B242 - 294
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 295:354)B295 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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