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- PDB-3ruy: Crystal Structure of the Ornithine-oxo acid transaminase RocD fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ruy
タイトルCrystal Structure of the Ornithine-oxo acid transaminase RocD from Bacillus anthracis
要素Ornithine aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / alpha and beta protein / PLP-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-proline biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine aminotransferase, bacterial type / Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 ...Ornithine aminotransferase, bacterial type / Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Ornithine-oxo acid transaminase RocD from Bacillus anthracis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J.S. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine aminotransferase
B: Ornithine aminotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1442
ポリマ－86,1442
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.120, 98.291, 126.783
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ornithine aminotransferase / OAT / Ornithine-oxo-acid aminotransferase


分子量: 43072.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: rocD, BA_1154, GBAA_1154, BAS1071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q81TV3, ornithine aminotransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細pyridoxal-5-phosphate covalently bound to lysine 255

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG3350, 12.5mM suberic acid, 12.5mM sebacic acid, 12.5mM hexadecanedioic acid, 12.5mM dodecanedioic acid, 40% ethanol, 100mM HEPES, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.65 Å / Num. all: 26350 / Num. obs: 25718 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 67.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2598 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→33.98 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7795 / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.5 / σ(I): 2.1 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2321 1268 4.97 %random
Rwork0.1958 ---
all0.1984 26122 --
obs0.1976 25490 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.835 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 177.09 Å2 / Biso mean: 86.45 Å2 / Biso min: 33.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4317 Å20 Å2-0 Å2
2--24.7062 Å20 Å2
3----18.2745 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→33.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6005 0 0 84 6089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7488330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05940
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0412258
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 100 -
Rwork0.319 2253 -
all-2364 -
obs-2104 82.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80080.5936-0.41380.5367-0.06521.58130.2121-0.2356-1.19440.8898-1.6166-0.73750.98581.1208-0.60960.4938-0.0205-0.34231.33180.010.9766-2.766613.415818.4122
20.4489-0.26420.28240.4464-0.28830.4804-0.0573-0.13970.29350.03510.0124-0.31990.4262-0.1867-0.00490.3742-0.0338-0.08210.4502-0.08330.5728-8.344719.90092.53
31.2726-0.4169-0.74850.3260.49260.6884-0.13960.20980.2223-0.3070.36520.27530.4091-1.23140.72110.4273-0.2582-0.15690.69250.03820.397-31.5159.89124.7992
40.72660.23590.60630.4826-0.52013.44210.08160.4497-0.039-0.241-0.14350.32870.44460.7117-0.10680.6465-0.1635-0.11490.413-0.03840.5202-26.1215-0.6074-5.7945
51.7031-0.5523-0.6130.72730.88791.6911-0.1708-0.295-0.6727-0.48030.1803-0.32670.79870.57170.0251.0268-0.02-0.06470.37060.01240.8241-13.0701-14.7487-0.7237
60.3877-0.4139-0.17630.3367-0.01271.3779-0.0640.12-0.3374-0.0598-0.2775-1.14910.50531.7806-0.00680.98580.3002-0.07440.6427-0.02530.8889-2.1033-11.71494.3446
72.05970.19250.24790.7881-0.14130.1926-0.12810.8208-0.2015-0.52510.243-0.01160.81930.58570.02120.92350.07960.02030.4192-0.16320.556-8.7699-6.9623-12.0383
81.2912-0.4640.2170.57040.28520.38320.1539-0.7205-0.4848-0.02650.146-0.83560.8174-0.0251-0.03670.7697-0.0503-0.03120.3153-0.0290.5375-20.5238-1.4812-2.4115
92.20160.75230.3141.53790.29113.2955-0.37950.6154-0.4577-0.21320.2392-0.14730.6978-0.0996-0.01080.42370.0644-0.0460.2265-0.05180.4492-8.22968.8311-7.6296
100.3027-0.19530.23720.27860.08390.2527-0.1007-0.44430.04740.66720.716-0.36340.94110.268-00.64810.1203-0.11030.65070.09410.60256.679513.38052.0431
110.61320.7240.14580.8189-0.05830.5774-0.46430.17620.1755-0.54820.41-0.36590.0412-0.65580.00620.381-0.0067-0.0090.4433-0.04820.58340.824219.8795-7.6435
120.36490.0006-0.45270.20970.47481.3385-0.82351.4547-1.2021-0.48-0.118-0.08250.48971.3987-0.16420.9399-0.5294-0.12471.3814-0.23690.7717-37.6103-2.9817-0.5479
130.88360.2519-0.21531.52580.25621.9763-0.0847-0.11080.1741-0.01110.15160.22240.1355-0.37480.00240.3715-0.1203-0.03550.70520.05080.4844-29.105410.933713.9788
141.92360.3621-0.33930.80570.04531.1306-0.3271-0.6804-0.0153-0.10050.5618-0.07270.4233-0.04460.18830.6279-0.0205-0.140.47260.27130.4052-10.7768-5.767921.0914
151.15960.14660.38890.0187-0.12641.5178-0.2908-0.7142-1.20360.3920.24520.46251.0306-0.7754-0.06451.0605-0.1407-0.10230.55490.36590.9557-19.4738-19.23914.6926
160.81860.8511-0.28560.83720.34950.823-0.0952-0.5525-0.32630.50950.0364-0.20030.6466-0.1406-0.27820.8676-0.0098-0.09840.83180.30770.5862-17.9914-7.69528.3786
170.34560.564-0.31911.1341-0.82370.65720.2401-0.98510.1286-0.0596-0.1968-0.38770.19741.22230.00190.4115-0.0153-0.11430.67380.10270.406-16.20058.767718.8089
180.8583-0.84210.02311.8791-0.77041.60650.2704-0.7163-0.22120.228-0.07260.81970.2828-1.13330.14690.6995-0.45420.01251.08220.3530.7699-43.1663-5.342925.7049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:27)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 28:58)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 59:83)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 84:105)A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 106:145)A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 146:175)A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 176:253)A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 254:276)A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 277:349)A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 350:369)A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 370:396)A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 3:27)B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 28:83)B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 84:145)B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 146:175)B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 176:276)B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 277:307)B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resseq 308:396)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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