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万見
- PDB-3rsd: STRUCTURE OF THE D121N VARIANT OF RIBONUCLEASE A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rsd
タイトルSTRUCTURE OF THE D121N VARIANT OF RIBONUCLEASE A
要素RIBONUCLEASE A
キーワードHYDROLASE / ENDONUCLEASE / RIBONUCLEASE A / SITE-DIRECTED MUTAGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Schultz, L.W. / Quirk, D.J. / Raines, R.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: His...Asp catalytic dyad of ribonuclease A: structure and function of the wild-type, D121N, and D121A enzymes.
著者: Schultz, L.W. / Quirk, D.J. / Raines, R.T.
履歴
登録1998年2月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7071
ポリマ－13,7071
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.520, 38.400, 53.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE A


分子量: 13707.342 Da / 分子数: 1 / 変異: D121N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: BL21 / 器官: PANCREAS / プラスミド: PBXR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化手法: batch method / pH: 5.2
詳細: LYOPHILIZED D121N RNASE A WAS DISSOLVED IN UNBUFFERED WATER TO A CONCENTRATION OF 60MG/ ML. CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED IN SMALL SILICONIZED TUBES USING THE BATCH METHOD. A SOLUTION (25UL) ...詳細: LYOPHILIZED D121N RNASE A WAS DISSOLVED IN UNBUFFERED WATER TO A CONCENTRATION OF 60MG/ ML. CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED IN SMALL SILICONIZED TUBES USING THE BATCH METHOD. A SOLUTION (25UL) OF THE ENZYME WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 95% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL IN 0.10 M MES BUFFER, PH 5.2. CRYSTALS APPEARED WITHIN SEVERAL MONTHS., batch method
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlenzyme11
247.5 %(v/v)MPD11
30.05 MMES-NaOH11

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年8月28日 / 詳細: LONG MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 15756 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0.33 / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.019 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rsym value: 0.057 / % possible all: 75
反射
*PLUS
% possible obs: 89 % / Num. measured all: 28480 / Rmerge(I) obs: 0.019
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.055

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XCALIBREデータ削減
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
XDSデータ削減
XCALIBREデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RPH

1rph


解像度: 1.6→30 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
all0.177 15756 -
obs-15756 88 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 257 Å2 / ksol: 0.75 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 0 0 100 1056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0119805
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.1513238
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.15970
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0052825
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.00914050
X-RAY DIFFRACTIONt_it1
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.026950
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.10
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.00525
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.00950

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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