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- PDB-3rrm: S. cerevisiae dbp5 l327v bound to nup159, gle1 h337r, ip6 and adp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rrm
タイトルS. cerevisiae dbp5 l327v bound to nup159, gle1 h337r, ip6 and adp
要素
  • ATP-dependent RNA helicase DBP5
  • Nucleoporin GLE1
  • Nucleoporin NUP159
キーワードHYDROLASE / RecA / DEAD-box / HEAT-repeat / beta-propeller / ATPase / Helicase / mRNA-export / Nuclear Pore
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / cellular bud tip / regulation of translational termination / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / NLS-bearing protein import into nucleus / ATP-dependent activity, acting on RNA ...nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / cellular bud tip / regulation of translational termination / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / NLS-bearing protein import into nucleus / ATP-dependent activity, acting on RNA / structural constituent of nuclear pore / inositol hexakisphosphate binding / RNA export from nucleus / regulation of translational initiation / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / translational termination / ribosomal small subunit export from nucleus / translation initiation factor binding / protein export from nucleus / enzyme activator activity / phospholipid binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / transcription corepressor activity / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GLE1-like / mRNA export factor GLE1-like / GLE1-like superfamily / GLE1-like protein / Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. ...GLE1-like / mRNA export factor GLE1-like / GLE1-like superfamily / GLE1-like protein / Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Helicase conserved C-terminal domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / ATP-dependent RNA helicase DBP5 / Nucleoporin NUP159 / mRNA export factor GLE1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Montpetit, B. / Thomsen, N.D. / Helmke, K.J. / Seeliger, M.A. / Berger, J.M. / Weis, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: A conserved mechanism of DEAD-box ATPase activation by nucleoporins and InsP6 in mRNA export.
著者: Montpetit, B. / Thomsen, N.D. / Helmke, K.J. / Seeliger, M.A. / Berger, J.M. / Weis, K.
履歴
登録2011年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年5月18日ID: 3PEZ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32020年10月14日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ref_seq_dif.details ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DBP5
B: Nucleoporin GLE1
C: Nucleoporin NUP159
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5956
ポリマ－121,4843
非ポリマー1,1123
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)186.912, 67.982, 132.392
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DBP5 / DEAD box protein 5 / Helicase CA5/6 / Ribonucleic acid-trafficking protein 8


分子量: 44171.973 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 91-482 / 変異: L327V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DBP5, RAT8, YOR046C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P20449, RNA helicase
#2: タンパク質 Nucleoporin GLE1 / Nuclear pore protein GLE1 / RNA export factor GLE1


分子量: 34274.719 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 244-538 / 変異: H337R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BRR3, D1049, GLE1, RSS1, YDL207W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q12315
#3: タンパク質 Nucleoporin NUP159 / Nuclear pore protein NUP159


分子量: 43037.168 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 2-387 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP158, NUP159, RAT7, YIL115C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P40477

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非ポリマー , 3種, 3分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 200 mM KOAc, 20 mM sarcosine, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 29961 / Num. obs: 29961 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.9-33.50.66829661.015199.7
3-3.123.60.52829851.087199.8
3.12-3.273.60.35829691.097199.8
3.27-3.443.70.24529771.079199.9
3.44-3.653.80.17329761.0911100
3.65-3.943.80.11729841.0581100
3.94-4.333.90.08129911.097199.8
4.33-4.963.90.05930001.035199.8
4.96-6.243.90.06730221.061199.9
6.24-503.80.03630910.99199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ELVES精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→48.268 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2608 1516 5.06 %Random
Rwork0.2285 ---
obs0.2303 29959 98.84 %-
all-29959 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.733 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 126.46 Å2 / Biso mean: 61.2709 Å2 / Biso min: 34.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.0547 Å20 Å26.3592 Å2
2---1.2471 Å20 Å2
3---14.3017 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8259 0 64 0 8323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5611497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9113213
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8753-2.96810.35561170.33672290240788
2.9681-3.07420.36281290.32225962725100
3.0742-3.19730.29821400.299825922732100
3.1973-3.34270.31871460.278625792725100
3.3427-3.51890.3051420.256225902732100
3.5189-3.73930.22271120.230426482760100
3.7393-4.02790.27551440.215225892733100
4.0279-4.4330.22831350.19426232758100
4.433-5.07390.23371490.177825992748100
5.0739-6.39020.241480.223426362784100
6.3902-48.27450.23211540.205427012855100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9201-0.03831.33831.7817-0.04424.27610.38310.1323-0.1727-0.2691-0.40640.26480.7004-0.438500.8512-0.0377-0.08670.5829-0.12370.546777.0592-25.517553.2605
23.8653-1.14660.41454.3833-0.43262.3805-0.025-0.26890.22710.2338-0.1842-0.21310.0645-0.0909-0.00010.4318-0.0137-0.03040.4217-0.07870.65393.5327-9.263527.2218
34.98830.981-1.24882.4118-0.73122.5409-0.01760.25650.1686-0.14490.05450.02790.1239-0.360900.40030.0506-0.06620.4939-0.01550.433965.6947-9.219416.6317
44.0931-0.15260.22721.8850.39852.50240.0629-0.4480.20040.1972-0.1909-0.02570.0832-0.1828-0.00010.5046-0.08550.06470.4305-0.05840.437889.3567-7.684.8625
50.00250.0005-0.00270.0007-0.00110.0018-0.3132-0.0346-0.26880.0836-0.3837-0.2734-0.07910.07760.00060.97920.2650.09362.410.16130.856478.037-20.984438.6338
60.09780.0352-0.01580.0158-0.00810.031-0.12270.0809-0.16810.1962-0.1309-0.49550.22660.1852-0.0010.5899-0.08210.12970.8343-0.10410.706877.9757-12.36916.0971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain a and resseq 90:295a90 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2chain a and resseq 299:482a299 - 482
3X-RAY DIFFRACTION3chain b and resseq 244:538b244 - 538
4X-RAY DIFFRACTION4chain cc0
5X-RAY DIFFRACTION5chain a and resseq 1a1
6X-RAY DIFFRACTION6chain b and resseq 1b1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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