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- PDB-3i5o: The X-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3i5o | ||||||||||||
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Title | The X-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellopentaose | ||||||||||||
![]() | Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein | ||||||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / cellulose / carbohydrate-binding protein / periplasmic binding protein / cellopentaose | ||||||||||||
Function / homology | ![]() peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Cuneo, M.J. / Hellinga, H.W. | ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide ...Title: Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold. Authors: Cuneo, M.J. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 269.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 214.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2o7iSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 2 - 583 / Label seq-ID: 4 - 585
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.988763, -0.024936, -0.1474), Vector: Details | The biological unit is a single polypeptide chain. There are two biological units in the deposited files. | |
-
Components
#1: Protein | Mass: 68728.625 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M NaCacodylate, pH 6.5, 0.2M Magnesium acetate, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 6, 2006 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. all: 205603 / Num. obs: 205603 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.456 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. measured obs: 93763 / Num. unique obs: 31437 / % possible all: 83.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2O7I Resolution: 1.5→48.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.802 / SU ML: 0.01 / σ(F): 1.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.652 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.44 Å2 / Biso mean: 23.436 Å2 / Biso min: 9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→48.67 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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