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- PDB-3rqz: Crystal structure of metallophosphoesterase from Sphaerobacter th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rqz
タイトルCrystal structure of metallophosphoesterase from Sphaerobacter thermophilus
要素Metallophosphoesterase
キーワードHYDROLASE / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / phosphoesterase / ZN binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphoesterase MJ0912 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Metallophosphoesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chang, C. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of metallophosphoesterase from Sphaerobacter thermophilus
著者: Chang, C. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallophosphoesterase
B: Metallophosphoesterase
C: Metallophosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,26210
ポリマ－82,8103
非ポリマー4517
水4,972276
1
A: Metallophosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7343
ポリマ－27,6031
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Metallophosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7343
ポリマ－27,6031
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Metallophosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7934
ポリマ－27,6031
非ポリマー1903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.838, 72.838, 123.006
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Metallophosphoesterase


分子量: 27603.463 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_1642 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D1C4A9
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M MES pH 6.0, 10% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.789
11-H, H+K, -L20.088
11-h,-k,l30.123
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 53258 / Num. obs: 53210 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique all: 2641 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SHELXD位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.735 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1504 2726 5.1 %RANDOM
Rwork0.1235 ---
all0.1249 53112 --
obs0.1249 53112 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.84 Å2 / Biso mean: 34.1809 Å2 / Biso min: 17.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å20 Å2
2---1.58 Å20 Å2
3---3.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5700 0 10 276 5986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0215963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9428172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.165744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78322.925294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53315879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.641558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2731.53702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19926002
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20832261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9554.52170
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.65935963
LS精密化 シェル解像度: 1.949→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 186 -
Rwork0.147 3637 -
all-3823 -
obs-3823 97.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2395-0.0184-0.06940.06260.03970.220.0007-0.00140.0051-0.00080.0021-0.002-0.00660.0085-0.00280.00570.0002-0.00180.0049-0.00030.023912.565825.8371-0.0956
20.1649-0.06170.01270.06320.00330.10140.0026-0.01160.00640.00220.0011-0.0201-0.01350.0209-0.00370.0083-0.00370.00140.0101-0.00230.027918.951351.153514.1529
30.2475-0.1076-0.04580.28690.01060.47010.0087-0.006-0.00870.0073-0.00220.0236-0.0006-0.0309-0.00650.0022-0.00080.00230.00260.00090.0227-5.212760.836528.3671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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