PDB-3rqb: Crystal Structure of Conserved Protein of Unknown Function with H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rqb

タイトル

Crystal Structure of Conserved Protein of Unknown Function with Hot dog Fold from Alicyclobacillus acidocaldarius

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta sandwich / hotdog fold

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / Acyl-CoA thioesterase C-terminal domain / Acyl-CoA thioesterase, double hotdog domain / Acyl-CoA thioesterase, double hotdog domain / : / Acyl-CoA thioesterase N-terminal domain / Porin / HotDog domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kim, Y. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Conserved Protein of Unknown Function with Hot_dog Fold from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rqb.cif.gz	219.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rqb.ent.gz	180 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rqb_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rqb_full_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示
XML形式データ	3rqb_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	3rqb_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5m8l-4 3sq7-1 5m8p-4 4dwr-3 6bk1-d 5m8n-4 4pex-2 5m8r-3 5m8m-2 4tz5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100327

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.645, 109.645, 192.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-284- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 30759.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア) 株: DSM 446 / 遺伝子: Aaci_2638 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: C8WTQ0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate:Acetic Acid pH 4.5 30% (v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→47.48 Å / Num. all: 17458 / Num. obs: 17458 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 53.55 Å² / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 832 / R_sym value: 0.877 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→47.478 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	1777	10.55 %	random
R_work	0.175	-	-	-
all	0.179	16840	-	-
obs	0.179	16840	95.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.933 Å² / k_sol: 0.315 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.6992 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.6992 Å²	-0 Å²
3-	-	-	17.3984 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4132	0	3	51	4186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4267
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	5844
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.757	1516
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	761

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.8011-2.8835	0.3176	127	0.2576	1135	1262	80
2.8835-2.9765	0.3314	131	0.252	1185	1316	84
2.9765-3.0829	0.3311	133	0.2469	1198	1331	85
3.0829-3.2063	0.3748	136	0.2337	1225	1361	86
3.2063-3.3521	0.3055	137	0.2125	1231	1368	86
3.3521-3.5288	0.2967	140	0.199	1262	1402	88
3.5288-3.7498	0.2542	139	0.1687	1244	1383	87
3.7498-4.0391	0.2698	142	0.1559	1282	1424	88
4.0391-4.4452	0.2328	143	0.1456	1291	1434	88
4.4452-5.0875	0.1811	146	0.1264	1310	1456	89
5.0875-6.4062	0.2581	149	0.153	1338	1587	89
6.4062-42.5891	0.2231	161	0.1418	1449	1610	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.149	1.0244	1.3082	3.722	1.8656	2.391	0.2493	-0.33	-0.0483	0.5522	0.0268	-0.1174	0.3421	-0.1386	-0.1537	0.4776	-0.0122	-0.0168	0.5496	-0.0394	0.6049	55.9033	56.2636	99.3283
2	0.441	0.485	0.2092	0.9428	0.8408	1.0683	0.0063	-0.0082	0.1521	0.1012	-0.0892	0.1288	-0.0435	0.3514	0.0435	0.4738	0.0835	-0.0163	0.4447	0.0293	0.5771	59.2682	48.5489	89.5673
3	0.9392	-0.3403	-0.4178	0.9359	-0.0328	0.6782	0.2299	-0.2559	0.0523	-0.062	0.0299	-0.0152	0.0944	0.0606	-0.0987	0.2871	0.0327	0.0037	0.3214	0.0358	0.297	51.8907	63.1381	90.4382
4	0.9449	-0.1043	-0.4813	0.9214	0.7625	1.3922	0.0702	-0.2074	-0.0696	-0.0867	0.2771	-0.1932	-0.2494	0.244	-0.2081	0.413	0.0042	0.0163	0.3828	0.0282	0.3382	58.8076	65.2273	90.1711
5	0.7609	0.5689	-0.0504	1.1141	-0.1015	0.888	0.15	-0.1264	-0.3214	0.2332	-0.1795	-0.2715	-0.052	-0.0171	0.0596	0.3344	-0.0469	-0.0409	0.3432	0.0412	0.3591	59.0647	64.7355	87.5302
6	0.1717	0.0993	0.0035	0.8952	-0.1028	0.307	-0.0792	-0.127	-0.0066	-0.0797	0.2234	0.3976	-0.0533	-0.2031	-0.0121	0.38	-0.0192	0.0105	0.3795	-0.0263	0.4475	30.4378	59.1994	80.6591
7	1.7544	-0.228	-0.1012	0.6605	0.5198	0.8501	-0.353	-0.0735	-0.7173	0.051	0.1947	0.1949	0.5268	-0.0283	-0.1097	0.4637	0.0361	0.0228	0.3842	-0.0999	0.6745	44.802	39.8223	83.5632
8	0.4343	-0.0337	0.0598	0.6973	0.6855	1.0399	-0.2219	0.0369	-0.631	-0.114	0.1015	0.5039	-0.0601	0.0259	0.117	0.4687	-0.0463	0.1372	0.3622	-0.0451	0.673	40.8579	44.9352	79.9864
9	0.9034	0.3896	-0.1284	0.3928	-0.4484	0.7756	0.0058	-0.0722	-0.4208	-0.1192	-0.0935	-0.2148	-0.0526	-0.0629	0.0489	0.3004	-0.0451	0.0093	0.23	-0.0147	0.3801	45.1637	52.6161	78.6172
10	0.2235	-0.1297	0.0185	0.4353	0.1162	0.0276	0.1271	0.0917	0.3071	0.0611	-0.1601	-0.0808	-0.0702	-0.0779	-0.0074	0.4599	0.008	-0.0076	0.3649	0.0037	0.5919	40.256	54.479	76.8038
11	0.6382	-0.761	-0.37	1.1895	0.6349	0.359	0.2417	0.0875	0.451	-0.5641	0.125	-0.4614	0.0009	-0.0264	-0.2057	0.4712	-0.012	0.0122	0.2593	0.0246	0.5002	51.7444	53.0489	71.7961
12	1.5042	-0.2833	0.6118	0.9192	0.4501	0.6626	0.1726	0.0505	0.2427	0.1355	-0.0119	-0.6162	0.0569	0.0451	-0.032	0.3633	-0.0193	0.0012	0.4128	0.063	0.5332	64.5305	82.7842	67.5553
13	3.9198	-0.3482	-1.2547	1.0455	-0.0586	0.3901	0.4282	0.3224	0.552	-0.108	-0.1961	0.0369	0.1576	-0.1511	-0.0322	0.5011	-0.0409	0.0182	0.4756	0.0221	0.3828	53.3731	80.6232	69.9687
14	0.631	-0.0614	-0.0635	0.2117	0.1114	0.2332	-0.057	-0.2003	-0.0843	-0.1235	0.0448	-0.0321	0.2064	0.0284	0.0812	0.3705	0.0193	0.0985	0.3372	-0.0521	0.3445	62.591	68.5075	71.3312
15	1.1465	-0.2167	-0.1366	1.3362	-0.3203	0.2294	-0.1522	-0.2648	-0.1496	0.2113	0.1761	-0.2633	-0.004	-0.0329	0.0489	0.2301	-0.034	0.0153	0.2372	0.0592	0.2728	62.9915	73.8	77.2035
16	0.6655	-0.4676	0.4047	0.3677	0.0305	0.6551	0.047	0.2427	-0.0757	0.08	0.0257	0.0929	-0.0504	0.1799	-0.0183	0.2747	-0.038	0.0446	0.2984	-0.0185	0.2624	54.9981	65.5158	68.2701
17	0.4521	-0.2407	0.206	0.1592	-0.0217	0.2891	-0.0759	0.1395	-0.1306	-0.0959	0.0248	0.0441	-0.0951	-0.0104	-0.0042	0.3708	-0.0038	0.0295	0.396	0.0133	0.2707	40.438	76.7268	58.6987
18	0.7971	-0.1178	0.1312	0.6425	-0.1771	0.048	0.1131	0.2251	-0.1624	-0.1256	-0.0152	0.0503	-0.265	0.0551	0.1483	0.2492	0.0119	0.029	0.253	-0.0176	0.1548	44.2868	68.9439	65.9948
19	0.9367	-0.7972	-1.4763	1.2333	0.6734	3.4978	-0.3095	-0.075	0.0857	0.2	-0.2909	0.1766	0.2387	0.2435	-0.0318	0.3647	0.0256	-0.0384	0.3575	-0.1084	0.4183	40.2676	70.6653	74.7992

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 22:37)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 38:66)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 67:87)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 88:110)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 111:131)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 132:153)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 154:178)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 179:239)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 240:253)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 254:268)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 4:25)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 26:50)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 51:66)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 67:87)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 88:130)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 131:178)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 179:253)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 254:268)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)