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万見
- PDB-3rq8: Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rq8
タイトルCrystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis soaked with P1,P5-Di(adenosine-5') pentaphosphate
要素ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
キーワードlyase/lyase substrate / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-biology / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / lyase (リアーゼ) / lyase-lyase substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / metabolite repair / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / NADHX epimerase activity / NADPHX epimerase activity / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
YjeF C-terminal domain signature 1. / Carbohydrate kinase, predicted, conserved site / YjeF C-terminal domain signature 2. / ATP/ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / Carbohydrate kinase / YjeF C-terminal domain profile. / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Identification of unknown protein function using metabolite cocktail screening.
著者: Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Chertihin, O. / Jha, K.N. / Herr, J.C. / Lesley, S.A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Structure summary
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0334
ポリマ－30,1761
非ポリマー1,8573
水3,063170
1
A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子

A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子

A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子

A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,13416
ポリマ－120,7064
非ポリマー7,42812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area19300 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area36770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.904, 91.904, 169.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-356-

HOH

21A-369-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase


分子量: 30176.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU38720, yxkO / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL
参照: UniProt: P94368, ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.18 M Magnesium Cloride, 19%(v/v) PEG 400, 10%(v/v) Glycerol, 0.09 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: MIRRORS
回折測定詳細: 1.00 degrees, 1.00 sec, detector distance 140.00 mm / 手法: scans
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.101 / 数: 378514
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 28945 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 28.226
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.876 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 378514

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KYH

1kyh


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 4.305 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 1467 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.167 28895 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.74 Å2 / Biso mean: 27.829 Å2 / Biso min: 9.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2107 0 85 170 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6762.0123089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94633563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3395276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69824.25387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86715343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6071511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.51377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2821.5561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56422208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.683873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3714.5881
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 118 -
Rwork0.205 1968 -
all-2086 -
obs--98.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8926-0.17830.05621.14560.10790.8676-0.0391-0.0434-0.09850.0723-0.01420.07090.1155-0.09370.05330.0747-0.01360.02460.0529-0.00890.0071-4.781-23.229-18.636
20.74150.254-0.10551.1512-0.07250.5788-0.03890.0702-0.1039-0.1-0.021-0.09310.09740.020.05990.11890.00970.03560.071-0.03080.02854.772-26.548-29.904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2A150 - 276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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