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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpz
タイトルCrystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis co-crystallized with ATP/Mg2+ and soaked with NADPH
要素ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
キーワードlyase/lyase substrate / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-biology / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / LYASE / lyase-lyase substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / NAD(P)HX epimerase activity / metabolite repair / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
YjeF C-terminal domain signature 1. / Carbohydrate kinase, predicted, conserved site / YjeF C-terminal domain signature 2. / ATP/ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / NAD(P)H-hydrate dehydratase / YjeF C-terminal domain profile. / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-NPW / ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Identification of unknown protein function using metabolite cocktail screening.
著者: Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Chertihin, O. / Jha, K.N. / Herr, J.C. / Lesley, S.A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Structure summary
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3114
ポリマ－30,1761
非ポリマー1,1353
水4,540252
1
A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子

A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子

A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子

A: ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,24616
ポリマ－120,7064
非ポリマー4,54012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area15710 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area36510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.920, 91.920, 169.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-363-

HOH

21A-370-

HOH

31A-456-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase


分子量: 30176.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU38720, yxkO / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL
参照: UniProt: P94368, ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-NPW / BETA-6-HYDROXY-1,4,5,6-TETRAHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 763.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H32N7O18P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.005 M ATP, 0.18 M Magnesium Cloride, 13.5%(v/v) PEG 400, 10%(v/v) Glycerol, 0.09 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: MIRRORS
回折測定詳細: 1.00 degrees, 9.00 sec, detector distance 140.00 mm / 手法: scans
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.086 / 数: 281605
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 57168 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 25.913
Cell measurementReflection used: 281605

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KYH

1kyh


解像度: 1.51→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.246 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, refinement counts Friedel's pair. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.148 2895 5.1 %RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.135 57159 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.39 Å2 / Biso mean: 21.147 Å2 / Biso min: 11.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2107 0 73 252 2432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222285
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1552.0063142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.2433681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2955290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29424.40993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89715356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.151512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0431.51398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8922250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9483887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7134.5885
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.549 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.157 221 -
Rwork0.144 3943 -
all-4164 -
obs--99.86 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.308 Å / Origin y: -24.649 Å / Origin z: -23.727 Å
111213212223313233
T0.0505 Å2-0.0029 Å20.0281 Å2-0.0185 Å2-0.0095 Å2--0.0339 Å2
L0.4311 °2-0.0771 °20.0549 °2-0.643 °20.0316 °2--0.3643 °2
S-0.0286 Å °0.0157 Å °-0.0967 Å °-0.0005 Å °-0.0206 Å °0.017 Å °0.0713 Å °-0.011 Å °0.0492 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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