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- PDB-3bgk: The crystal structure of hypothetic protein SMU.573 from Streptoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bgk
タイトルThe crystal structure of hypothetic protein SMU.573 from Streptococcus mutans
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha/beta three layer sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / NAD(P)HX epimerase activity / metabolite repair / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate kinase, predicted, conserved site / YjeF C-terminal domain signature 2. / ATP/ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / NAD(P)H-hydrate dehydratase / YjeF C-terminal domain profile. / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liang, Y.H. / Zhou, Y.F. / Yang, C. / Su, X.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of Streptococcus mutans protein SMU.573 solved from the anomalous signal measured with in-house chromium radiation
著者: Liang, Y.H. / Zhou, Y.F. / Li, L.F. / Su, X.D. / Yang, C.
履歴
登録2007年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2303
ポリマ－34,0961
非ポリマー1342
水30617
1
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,92012
ポリマ－136,3834
非ポリマー5368
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area11250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.527, 96.527, 56.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / SMU.573


分子量: 34095.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: SMU.573 / プラスミド: pET-28a (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8DVC0
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.49M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91M Potassium phosphate dibasic, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 2.2909 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: multilayers optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.2909 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 10 % / Av σ(I) over netI: 32.1 / 数: 93650 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.1 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9331 / % possible obs: 80.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955099.110.0531.0712.3
3.934.9599.510.0471.04312.2
3.443.9394.710.0481.1038.9
3.123.449710.0491.11211.5
2.93.1210010.0551.04912
2.732.999.910.061.18311.7
2.592.7385.510.0711.2627.5
2.482.5966.910.0780.9186.1
2.382.4843.810.091.0784
2.32.3813.110.0991.1642.3
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 8542 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.86 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Mean I/σ(I) obs: 20.4 / Num. unique all: 629 / Rsym value: 0.078 / % possible all: 69.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1S14.9030.3530.5290.2790.801
2S28.5280.3220.3850.4641.018
3S35.2620.3010.4520.4131.051
4S42.8650.2960.5330.3971.186
5S40.5260.2780.4110.6070.97
6S43.6970.2470.420.0570.909
7S24.9540.3520.60.0930.595
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 9331
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.64-10045.20.793503
5.24-6.6448.60.826513
4.56-5.2444.80.834515
4.13-4.5645.90.841509
3.82-4.1354.80.81506
3.59-3.8251.30.798511
3.39-3.5952.50.772505
3.25-3.3950.40.822511
3.12-3.2549.40.811511
3.02-3.12520.785510
2.92-3.02560.755513
2.84-2.9251.90.771519
2.76-2.8451.60.767508
2.7-2.7655.20.788506
2.62-2.762.70.707509
2.55-2.6260.60.663511
2.48-2.5570.20.624503
2.32-2.4872.90.549668

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 9.284 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 413 4.8 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 8521 93.98 %-
all-10130 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.225 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---1.98 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.317 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2020 0 6 17 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.071.9642805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1035274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.09124.78971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45915327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.484156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21448
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.267
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1120.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4151.51362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7822173
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0173706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6144.5632
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 26 -
Rwork0.294 426 -
all-452 -
obs-426 67.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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