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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rpz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Bacillus subtilis co-crystallized with ATP/Mg2+ and soaked with NADPH | ||||||
![]() | ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase | ||||||
![]() | lyase/lyase substrate / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-biology / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / LYASE / lyase-lyase substrate complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / metabolite repair / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / NADHX epimerase activity / NADPHX epimerase activity / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of unknown protein function using metabolite cocktail screening. 著者: Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Chertihin, O. / Jha, K.N. / Herr, J.C. / Lesley, S.A. / Joachimiak, A. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3rnoC ![]() 3ro7C ![]() 3roeC ![]() 3rogC ![]() 3roxC ![]() 3rozC ![]() 3rphC ![]() 3rq2C ![]() 3rq5C ![]() 3rq6C ![]() 3rq8C ![]() 3rqhC ![]() 3rqqC ![]() 3rqxC ![]() 3rrbC ![]() 3rreC ![]() 3rrfC ![]() 3rrjC ![]() 3rs8C ![]() 3rs9C ![]() 3rsfC ![]() 3rsgC ![]() 3rsqC ![]() 3rssC ![]() 3rt7C ![]() 3rt9C ![]() 3rtaC ![]() 3rtbC ![]() 3rtcC ![]() 3rtdC ![]() 3rteC ![]() 3rtgC ![]() 3ru2C ![]() 3ru3C ![]() 1kyhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30176.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P94368, ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#4: 化合物 | ChemComp-NPW / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.005 M ATP, 0.18 M Magnesium Cloride, 13.5%(v/v) PEG 400, 10%(v/v) Glycerol, 0.09 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: MIRRORS |
回折測定 | 詳細: 1.00 degrees, 9.00 sec, detector distance 140.00 mm / 手法: scans |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
Reflection | Av R equivalents: 0.086 / 数: 281605 |
反射 | 解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 57168 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 25.913 |
Cell measurement | Reflection used: 281605 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KYH 解像度: 1.51→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.246 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, refinement counts Friedel's pair. U VALUES RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.39 Å2 / Biso mean: 21.147 Å2 / Biso min: 11.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.51→1.549 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.308 Å / Origin y: -24.649 Å / Origin z: -23.727 Å
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